В конце 50-х годов прокуратура Франкфурта-на-Майне начала расследование дела по факту исчезновения Бормана. По итогам разбирательства в 1961 году прокурор земли Гессен Ф. Бауэр заявил, что М. Борман жив, но определить место его пребывания не представляется возможным. Однако уже в феврале 1961 года старший сын бывшего рейхсляйтера НСДАП Хорст-Адольф Борман на допросе сообщил, что неоднократно беседовал с отцом в Латинской Америке.
Выкраденный израильскими спецслужбами и доставленный в Иерусалим Эйхман заявил, что бывший «наци номер два» жив. По его словам, Борман использовал тот же маршрут, которым уходил и сам Эйхман: через горные перевалы в Австрию и Италию, затем на корабле в Испанию, откуда на субмарине в Южную Америку.
В 1964 году редактор немецкого журнала «Штерн» И. фон Ланг вместе с А. Аксманом, бывшим главой гитлерюгенда, отправился на мост близ станции Лертер в центральном Берлине, где Аксман, по его словам, своими глазами видел трупы Бормана и Штумпфеггера, погибших в ночь с 1 на 2 мая 1945 года. Показания бывшего руководителя гитлерюгенда, выходившего из рейхсканцелярии вместе с Борманом, гласили следующее. Борман действительно двинулся вслед за немецким танком. От взрыва танка рейхсляйтер не пострадал и вместе с остальными добрался до бомбоубежищ Лертерского вокзала. Там все переоделись в гражданское. На Инвалиденштрассе группу остановил советский патруль, но принял их за дезертиров фольксштурма. Русские солдаты были настроены дружелюбно и не собирались их арестовывать. По непонятным причинам Борман (всегда являвший собой пример хладнокровия и расчетливости) вместе со Штумпфеггером вдруг отделились от остальных и двинулись по Инвалиденштрассе, не обращая внимания на окрики советских солдат. Солдаты открыли огонь. Получив ранения, оба раскусили ампулы с ядом.
Однако при раскопках, проведенных в указанном Аксманом месте в июле 1965 года, не удалось обнаружить никаких человеческих останков.
Арестованный в 1965 году бывший штурмбаннфюрер СС Зонненберг, скрывавшийся в Аргентине под именем К. Родигеса, показал, что после похищения Эйхмана бывшие нацисты создали в странах Латинской Америки «организацию самозащиты». Зонненберг утверждал, что среди руководителей этой организации он видел Бормана, проживавшего в то время в Бразилии.
Через несколько лет грянула очередная сенсация. После выхода в отставку в 1968 году руководитель западногерманской разведки Р. Гелен сделал сенсационное заявление, о том что М. Борман — советский шпион. Он был якобы завербован в 1920–21 годах, когда участвовал в террористических операциях на территории Прибалтики.
Добившись от Гитлера полной свободы действий, М. Борман якобы создал широкую сеть шпионских радиопередатчиков, благо даря чему советское командование узнавало обо всех стратегических планах германского командования. В последние дни войны Борман якобы присоединился к советскому танковому отряду, пробившемуся к рейхсканцелярии и сразу же повернувшему обратно.
Далее Гелен заявил, что разведке Западной Германии удалось обнаружить присутствие Бормана на секретной и строго охраняемой государственной даче в Советском Союзе, где остаток жизни (до 1956 года) он выполнял обязанности консультанта правительства по германским вопросам. Однако эта версия в силу своей явной фантастичности не вызвала доверия в кругах исследователей истории Второй мировой войны.
В свою очередь, «английская» версия утверждала, что Борман являлся британским агентом. 2 мая 1945 года ему удалось выбраться из Берлина и добраться до города. Плена, где Борман открылся британскому резиденту. Сотрудники Интеллидженс сервис доставили своего суперагента в Лондон, после чего надежно укрыли.
В декабре 1972 года «дело» Бормана вновь удивило весь мир. В Западном Берлине при рытье траншеи между Лертерским вокзалом и Инвалиденштрассе были обнаружены останки двух людей. Это было совсем недалеко от того места, где шли первоначальные раскопки, в которых принимал участие Аксман. Эксперты заявили, что предположительно останки одного из трупов принадлежат М. Борману, а другие — личному врачу Гитлера Л. Штумпфеггеру.
Во время патологоанатомического обследования выяснилось, что на зубах обоих трупов имеются осколки стекла, аналогичного стеклянной оболочке медицинских ампул. В конечном итоге удалось без тени сомнений идентифицировать скелет личного врача Гитлера.
Со вторым скелетом — предположительно Бормана — дело обстояло сложнее. С одной стороны, были совпадающие приметы: тот же рост, деформация надбровной дуги. Зубной техник Эхтман опознал изготовленный им зубной мост. Но точных описаний следователи не имели, поскольку незадолго до окончания войны Борман уничтожил все свои медицинские документы.
Тем не менее, по истечении положенного времени Франкфуртский апелляционный суд, который занимался поисками Бормана, выступил с заявлением, где утверждалось, что исследования позволяют с полной определенностью говорить о том, что скелеты принадлежат Борману и Штумпфеггеру, а потому розыск Бормана официально прекращается.
