Один из английских исследователей писал, что к 1937 году «среди коллег по СС Эйке имел ужасную репутацию необузданного и порочного человека. Подозрительный, вздорный, начисто лишенный чувства юмора, снедаемый болезненными амбициями Эйке был истинным фанатиком-нацистом, отдававшим всего себя делу политической и расовой «литургии» с рвением неофита».
Запустив механизм системы концлагерей, Эйке с такой же энергией занялся преобразованием охранных подразделений СС «Мертвая голова» в военизированные формирования. Солдаты из подразделений «Мертвая голова» одну неделю месяца охраняли заключенных, а три остальные недели проводили в занятиях, включавших в себя изнурительную строевую и физическую подготовку, изучение оружия и политучебу. Те из солдат, кто не выдерживал испытания или не проявлял должного послушания, исключались из рядов СС или переводились в общие части СС (Allgemeine SS).
Особенно Эйке был увлечен насаждением среди своих солдат духа так называемого «кровного братства». В результате его подчиненные были еще более сплоченны, чем их коллеги в вермахте. Под прямым влиянием Эйке большинство его солдат официально отреклось от религиозной веры, что часто приводило к разрыву отношений между молодыми эсэсовцами и их семьями. Солдаты предпочли семье верность своему командиру. Тех из солдат, кому некуда было поехать во время отпусков, Эйке приглашал к себе домой, чтобы дать возможность ощутить тепло домашнего очага. В конечном итоге дивизия Эйке представляла собой свору молодых и кровожадных волков, готовых выполнить любой приказ своего командира-вожака.
С началом Второй мировой войны Эйке со своими тремя полками направился вслед за вермахтом в Польшу. Его солдаты не вступали в бои с польской армией, а в сотрудничестве с руководимой Р. Гейдрихом службой безопасности (СД) сформировали печально знаменитые айнзатцгруппы (Einzatzgruppen — группы особого назначения), занимавшиеся истреблением и конфискацией имущества польских граждан, в особенности политических деятелей, священнослужителей, представителей интеллигенции и евреев.
В октябре 1939 года Гитлер по совету Гиммлера решил создать моторизованную дивизию СС «Мертвая голова». Командовать ею был назначен Т. Эйке. Дивизия СС «Мертвая голова» состояла из 3 мотопехотных полков, артиллерийского полка, саперного, противотанкового и разведывательного батальонов и всех административных и вспомогательных подразделений, которые должны были быть по штату в моторизованной дивизии. Дисциплину Эйке внедрял в своей обычной манере. Один бывший охранник, недовольный жесткой муштрой, подал рапорт с просьбой о переводе обратно в лагерь. Эйке немедленно одобрил эту просьбу, но отправил этого солдата туда в качестве заключенного. Больше просьб о переводе не поступало.
24 июня 1941 года моторизованная дивизия СС «Мертвая голова» в составе группы армий «Север» форсировала Двину в районе Двинска (Даугавпилса), сломила ожесточенное сопротивление советских войск в Центральной Литве и прорвала так называемую «линию Сталина». В начале июля автомобиль, в котором Т. Эйке возвращался на свой командный пункт, подорвался на советской мине. Эйке получил тяжелое ранение, изувечившее его правую ногу. После экстренной операции его эвакуировали в Берлин, где он долгое время находился на излечении.
Другой, менее фанатичный человек постарался бы избежать вторичного направления на Восточный фронт. Но уже в сентябре 1941 года Эйке вновь вернулся к исполнению обязанностей командира дивизии. К концу ноября 1941 года потери дивизии составили около 9 тыс. человек, что составляло примерно 60 процентов первоначальной численности.
В феврале 1942 года дивизия «Мертвая голова» вместе с пятью другими немецкими дивизиями оказалась в котле под Демянском. Но в мае 1942 года после ожесточенных боев дивизии удалось пробиться, образовав узкий коридор близ Демянска.
В ноябре 1942 года дивизия «Мертвая голова» была преобразована в панцергренадерскую и переброшена для отдыха в южную Францию. Но уже в феврале 1943 года дивизия вновь оказалась на Восточном фронте, приняв участие в боях за Харьков. Этот месяц стал последним для Т. Эйке. Днем 26 февраля 1943 года, обеспокоенный отсутствием радиосвязи с танковым полком, он сел в легкий одномоторный самолет, чтобы с воздуха разобраться в обстановке. Подлетая к деревне Артельное, самолет попал под ураганный пулеметный огонь и был сбит. На следующий день эсэсовцы извлекли из-под обломков самолета обгорелые останки своего шефа и похоронили его в соседней деревне Отдохнино.
