Северному летучему отряду революционных моряков Балтики предписывалось наступать от Нарвы на Ревель. Помощь ему должна была прийти от десанта, высаженного на эстонский берег с линкора «Республика».
О выступлении на фронт сводного отряда балтийских моряков П. Е. Дыбенко известил «всех» 1 марта со страниц газеты «Рабочая и крестьянская Красная армия и Флот»:
«Всем Советам (по радио)
Сегодня выступает отряд тов. Дыбенко, объявивший красный террор немецкой буржуазии.
В отряд вошли матросы, пехотные части, артиллерия и кавалерия. Отряд будет действовать партизански.
Вся Балтика, Северная Россия и Сибирь спешно формируют отряды, которые входят в этот отряд.
Всех отпускных и демобилизованных солдат отряд будет привлекать в свои ряды.
Всем трусам смерть!
Да здравствует революционная война!
В бою под станцией Йевве (около 45 километров западнее Нарвы) отряд красных балтийцев (1600 человек, по другим данным – около 1000 человек), не имевший полевой артиллерии и расстрелявший почти все имевшиеся патроны, был вынужден отойти по железной дороге к Петрограду. За отход отряда от Нарвы и самовольный отъезд с фронта Павел Дыбенко был исключен из партии большевиков.
Он предстал перед судом революционного трибунала. Его товарищ по Совнаркому Н. В. Крыленко (будущий нарком юстиции в самый разгар сталинских репрессий 30-х годов) требовал для него смертной казни. Но военные эксперты убедительно доказали, что матросский отряд был не способен решить ни задачу «прорыва к Ревелю», ни «обороны Нарвы».
Дыбенко тяжело переживал случившееся. Но работал, как и прежде. Руководил заседаниями Морской коллегии. Принимал в Кронштадте боевые корабли, совершившие знаменитый Ледовый поход из Гельсингфорса. Прдбирал надежных матросов в отряд охраны поезда с членами Совнаркома, переезжавшего из Петрограда в Москву.
Когда советское правительство перебиралось из Петрограда в Москву, Совнарком принял решение (сказалась роль Троцкого) снять Дыбенко с занимаемого поста наркома по морским делам. Тот себя к такому уже подготовил: «Конечно, я виноват в том, что моряки добежали до Гатчины».
Вместе с женой Павел Дыбенко уехал на Украину (Коллонтай вышла из состава Совнаркома в знак протеста против Брест-Литовского мира). Там он встретился с В. А. Антоновым-Овсеенко, который направил его на подпольную работу в Севастополь, чтобы там готовиться к боям за освобождение Крыма от германских войск.
Дело выглядело весьма серьезным. В Симферополе стоял штаб 52-го кайзеровского корпуса. Большей частью в Севастополе стояла 217-я пехотная дивизия. Внутри полуострова был расквартирован 1-й Баварский шефский полк. По южному берегу стояли части 15-й Ландверной дивизии. Дыбенко же мог рассчитывать пока только на подпольщиков.
В Севастополь бывший председатель Центробалта добрался под чужим документам, в одежде мастерового человека, имя на руках явочные адреса. По доносу провокатора Дыбенко был арестован немецкой комендатурой. В симферопольской тюрьме содержался в кандалах. Когда в Москве стало известно о его аресте, то германскому командованию было сделано предложение обменять приговоренного к расстрелу (за попытку побега) Дыбенко на группу пленных кайзеровских военных.
Освобожденному бывшему наркому, исключенному из рядов партии большевиков, доверяется должность… комиссара 1-й бригады 1-й Украинской советской дивизии, сформированной из партизанских отрядов. Она участвует в освобождении города Харькова, который становится столицей Советской Украины.
Вскоре командующий Украинским фронтом В. А. Антонов-Овсеенко поручает Дыбенко сформировать Особый отряд. Германские войска уходили в свои пределы, требовалась военная сила для установления советской власти на территории, которая нахдилась под оккупацией. Войска Антанты высадились в портовых городах Черноморья. Уже шла Гражданская война.
Особый отряд был сформирован. В него вошли четыре пограничных полка, батальон особого назначения, матросский бронепоезд и более мелкие подразделения. Набралась немалая сила: 7269 штыков, 319 сабель, 32 пулемета, 10 орудий. В документах отряд Дыбенко называли «Особой группой войск Дыбенко».
Отряд в ожесточенных боях с петлюровцами освобождает железнодорожные узлы Мерефа, Лозовая, Павлоград. Выигрывается тяжелый двухдневный бой за Синельниково. В ходе рукопашного боя отрядного командира спасает его 17-летний ординарец, заслонивший собой Павла Дыбенко от сабельного удара.