Отдельный протокол оговаривал условия базирования советского флота на островах. Решили, что объекты ВМФ будут обслуживаться и охраняться соответствующим штатным составом, а для защиты районов базирования от нападения с моря и с воздуха предоставлялось право постройки береговых и зенитных батарей любых калибров, постов наблюдения и связи, прожекторов. Эстонские торговые корабли могут беспрепятственно заходить на все рейды и гавани, кроме Кыйгусте, а легкие силы Балтфлота до возведения необходимой инфраструктуры на островах базироваться в порту Рохукюла. Был оговорен порядок снабжения и посещения судами третьих стран районов базирования флота, причем полностью сохранялся суверенитет Эстонии, но учитывались и интересы советского флота. Отдельно подписали протокол соглашения «о сохранении военной тайны», устанавливавший цензуру на публикации в прессе сведений о дислокации и перемещении воинских частей.
Любопытно, что в составе советской комиссии не оказалось ни одного юриста, ни представителей наркомата иностранных дел, ни приличного переводчика. Поэтому Мерецков, докладывая Ворошилову об итогах работы, просил «более тщательно проверить эстонский текст».
В соответствии с этими договоренностями уже 12 октября в Таллин прибыл отряд советских военных кораблей под командованием капитана 1-го ранга Птохова в составе лидера «Минск», эскадренных миноносцев «Гордый» и «Сметливый».
Оставшиеся до ввода войск дни обе стороны провели в лихорадочной подготовке к знаменательному событию. Главнокомандующий Лайдонер 15 октября обратился к народу Эстонии с оптимистической речью, в которой отметил, что работа по реализации Пакта о взаимопомощи проводилась в атмосфере взаимного доверия и понимания, и он надеется, что население встретит войска Красной Армии спокойно и все отношения будут строиться на взаимном доверии. В заключение министр сказал: «Мы связали судьбу своего государства и своего народа в некотором смысле с Пактом о взаимопомощи с Советским Союзом, который в связи с этим вновь подчеркнул неизменность своей мирной политики и желание продолжать ее… Мы хотим прямо и откровенно выполнять этот пакт и уверены, что его также выполнит и Советский Союз. Мы знаем, что косвенные трудности войны все же легче переносить, чем ужасы и убытки на непосредственном поле брани. Весь народ должен быть готов нести жертвы, и понятно, что большую часть придется понести зажиточным слоям. Пойдем единодушно навстречу будущему, продолжая работу на благо своего государства, народа и отечества».
Еще через два дня генерал Лайдонер подписал постановление, запрещающее на период передвижения советских войск в места дислокации использовать радиостанции, поддерживать телефонную связь с иностранными государствами, носить «за пределами закрытых помещений» оборудование для фотографирования и киносъемки (естественно, и производство любой съемки), «рисовать карандашом или красками или иным путем делать заметки», публиковать сведения военного характера в прессе, а также находиться в Таллине и приграничных уездах иностранным гражданам и лицам без гражданства. К нарушителям предполагалось применять широкий диапазон мер наказания — от штрафа до предания суду военного трибунала.
Министр внутренних дел А. Юрима распорядился на девять дней прекратить торговлю алкогольными напитками в приграничной полосе, а также на расстоянии 5 километров в обе стороны от шоссейных и железных дорог, по которым будут двигаться красные полки.
Советский наркомвнудел товарищ Берия, озабоченный политико-моральным состоянием военнослужащих и прогнозируемыми поползновениями иностранных разведок внедриться в части РККА в шпионских целях, специальной директивой «об оперативном обслуживании» приказал особистам тщательно проверить сеть стукачей в воинских частях «с точки зрения полного и равномерного охвата всех звеньев воинских соединений — от штабов до отдельных подразделений»; для работы с ней создать «крепкий кадр резидентов».
Как-то так совпало, совершенно случайно, что именно в начале октября Гитлер выступил в рейхстаге с речью, в которой объявил, что Германия приступает к ликвидации групп немецких национальных меньшинств в Восточной и Юго-Восточной Европе. Рейхсканцлер призвал «лиц немецкой национальности», проживавших в Прибалтике, возвращаться в Фатерлянд и включаться в строительство арийского рая. При этом германские, советские и прибалтийские официальные круги в трогательном согласии старались уверить весь мир, что между вывозом немцев на родину и договорами о взаимопомощи нет абсолютно никакой связи, а наличествует лишь стремление «к установлению четких национальных границ» и защите народов от расовых и национальных «трений».
