Выступая 31 октября на сессии Верховного Совета СССР, Молотов заявил, что «особый характер указанных пактов взаимопомощи отнюдь не означает какого-либо вмешательства Советского Союза в дела Эстонии, Латвии и Литвы, как это пытаются изобразить некоторые органы заграничной печати. Напротив, все эти пакты взаимопомощи твердо оговаривают неприкосновенность суверенитета подписавших его государств и принцип невмешательства в дела другого государства. Эти пакты исходят из взаимного уважения государственной, социальной и экономической структуры другой стороны и должны укрепить основу мирного, добрососедского сотрудничества между нашими народами. Мы стоим за честное и пунктуальное проведение в жизнь заключенных пактов на условиях полной взаимности и заявляем, что болтовня о «советизации» Прибалтийских стран выгодна только нашим общим врагам и всяким антисоветским провокаторам» (В этой же речи Вячеслав Михайлович впервые публично озвучил претензии к Финляндии, отметив, что отношения с ней «находятся в особом положении». Оказывается, финская граница «нависла» над городом Ленина, и с этим нельзя мириться. Но, вместо того чтобы покорно подписать предложенный Москвой договор, финское правительство приступило к скрытой мобилизации и частичной эвакуации жителей приграничных районов. Кстати, почти одновременно было сделано предложение Турции «укрепить» советскими базами проливы Босфор и Дарданеллы, после чего Анкара немедля заключила договоры о взаимопомощи с Англией и Францией).
Первоначальные опасения части общественности прибалтийских государств в отношении намерений СССР постепенно отступали на задний план, сменяясь у обывателей благодушными настроениями: «Слава богу, все идет как будто хорошо, все успокоились, а так вначале боялись… И Красная Армия нас действительно охраняет, и немцы уехали…» Эстонская элита даже начала интересоваться перспективами отдыха на советских курортах.
Конечно, по мере реализации договоров о взаимопомощи возникали самые разнообразные проблемы, для решения которых неоднократно проводились переговоры разного уровня и были заключены соглашения, конкретизирующие отдельные пункты пактов. Ими регулировались вопросы аренды, железнодорожных перевозок, организации строительства, связи, коммунального обслуживания, санитарного обеспечения и юридического положения военнослужащих, о военторгах, о порядке движения советских грузов, въезда и выезда комсостава и их семей. Для контроля за реализацией условий пактов и разрешения спорных вопросов создавались смешанные комиссии. Постепенно советские войска обживались на новых квартирах. Флот осваивал гавани Балтийской и Либавской военно-морских баз: в Таллин перебазировались четыре дивизиона из состава 1-й и 2-й бригад подводных лодок, один лидер, три эскадренных миноносца, дивизион торпедных катеров, дивизион сторожевых катеров, две плавбазы, вспомогательные суда; в Палдиски — 24-й дивизион 3-й бригады подводных лодок с плавучей базой для них; в Либаву — дивизион подводных лодок, крейсер «Киров» и два эскадренных миноносца.
Несмотря на неизбежные трения, стороны в целом соблюдали условия договоров и демонстрировали подчеркнутое дружелюбие. К примеру, генерал Лайдонер «отдал приказ по армии об изучении знаков различия и званий начальствующего состава РККА, о вежливом отношении к военнослужащим РККА и обязательном приветствии их военнослужащими эстонской армии».
Но несмотря также на заверения прибалтийских и советских лидеров на невмешательство во внутренние дела Эстонии, Латвии и Литвы, сам факт присутствия на их территории советского военного контингента влиял как на внутриполитическую обстановку в этих странах, так и на само понятие «суверенитета», который съеживался и уменьшался, подобно шагреневой коже.
15 ноября посол Италии в Эстонии В. Чикконарди сообщал в Рим: «Советский Союз вновь занимает сейчас те территории на восточном побережье Балтийского моря, которые принадлежали Российской Империи. Балтийские государства все же не инкорпорированы. Существует их номинальный суверенитет. В трех Балтийских государствах число находящихся там вооруженных сил, значительно превышающее количество войск каждого государства, наталкивает на мысль о своего рода протекторате, скрытой оккупации… Вступление советских войск в Эстонию обозначило начало ввода чрезвычайного положения в жизни государства. Под контролем находятся почта, телеграф, телефон. Строгие предписания регулируют пребывание иностранцев в республике, которое, кстати, запрещено в столице и в некоторых других местах. Запрещено в печати публиковать и обнародовать информацию военного характера. Запрещено пользоваться фотоаппаратами и кинокамерами… Эстония и Латвия оказываются экономически совершенно изолированными. Можно предсказать даже их полную экономическую зависимость от Советского Союза, таким образом, и с этой точки зрения существование малых Балтийских государств в качестве независимых является для них непосильным».
