Великий князь пытался уладить проблему дипломатическим путем. Однако посольство Ивана Федоровича Товаркова провалилось. В марте 1471 г. с обращением к новгородцам выступил митрополит Филипп. Он убеждал их не изменять православию и не впадать в «латинскую прелесть». С предложением о посреднической миссии между Москвой и Новгородом выступил Псков. Однако Борецкие не только отвергли все попытки урегулирования вопроса, но и потребовали от псковичей поддержать сепаратистов.
6 июня 1471 г. начался поход московских войск под командованием Д.Д. Холмского и Ф.Д. Хромого против мятежного Новгорода. Вскоре выступили еще две военные группировки — под началом воеводы Стриги-Оболенского и самого Ивана III. Против Новгорода выступили также силы Тверского княжества. Была взята и сожжена Руса, сожжена флотилия новгородцев на оз. Ильмень. Пленным новгородцам воеводы велели «носы, уши и губы резати». В знак презрения к изменникам москвичи не брали себе их доспе хи, как того требовала средневековая традиция, а бросали их в воду.
12 июля великокняжеские войска вторглись непосредственно в Новгородскую волость. 14 июля на р. Шелони было разбито 40-тысячное войско под командованием Василия Казимира и Дмитрия Борецкого. В плен кроме них попала пролитовская верхушка новгородского боярства: Кузьма Григорьев, Яков Федоров, Матвей Селезнев, Павел Телятев, Кузьма Грузов, 24 июля четверо из них: Дмитрий Борецкий, Василий Губа Селезнев, Еремей Сухощек, Киприан Арбузьев — были казнены в Русе как государственные изменники.
Новгород был вынужден капитулировать. 11 августа 1471 г. был подписан Коростынский мирный договор. Новгород признал себя «отчиной» великого князя, обязывался прекратить всякие самостоятельные сношения с Литвой, которые были квалифицированы как изменнические. Сохранялся лишь ряд формальных суверенных прав Новгородской республики, которые были окончательно ликвидированы в ходе походов на Новгород Ивана III в 1475 и 1478 гг. Во время последнего похода были арестованы Марфа Борецкая и ее внук Василий Федорович. 7 февраля их отправили в Москву вместе с другими заключенными новгородскими изменниками: Иваном Кузмичом Савелковым, Акинфом с сыном Романом, Юрием Репеховым, Григорием Арбузьевым, Марком Панфильевым. Имущество арестованных было конфисковано в пользу московского престола.
Новгородская измена начала XVII в.
Н.и. и связанные с ней события, произошедшие в Новгороде в эпоху Смуты, во многом имели местную окраску в силу традиционных сепаратистских настроений, бытовавших в различных социальных слоях горожан. Стремление к полной самостоятельности либо отпаданию от русского престола под вассалитет ее извечных противников, главным образом Швеции, обуславливались многими зачастую весьма сложными причинами. Речь идет, в частности, о географическом положении Новгорода, его экономических, торговых, политических, а также культурных связях с Западом.
В период Смуты шведы решили воспользоваться ослаблением центральной власти в Московии и присоединить к себе ряд исконных русских земель. И в первую очередь — Новгород и Псков.
Летом 1611 г. в разгар польской интервенции войска шведского короля под предводительством Делагарди вторглись в пределы русской территории, захватили ряд населенных пунктов и осадили Новгород. Защищавший город московский воевода В.И. Бутурлин (см. соотв. ст.) вступил со шведами в переговоры для заключения перемирия. Попав под влияние прошведски настроенной части населения, воевода в ходе этих переговоров обсуждал вопросы отделения Новгорода от Москвы. Более того, он дал понять шведам, что все русские земли и сословия хотели бы видеть на русском престоле представителя шведского королевского дома.
Вскоре В.И. Бутурлин вывел свои войска из города, а шведские войска возобновили осаду. Представители горожан заключили с Делагарди перемирие и дали возможность шведским войскам оккупировать Новгород. Была достигнута договоренность о направлении в Швецию посольства для определения условий перехода к ней новгородских земель. В состав посольства вошли представители прошведской партии, которые от имени всех русских земель призвали на московский трон сына шведского короля. Король, однако, согласился послать в Московию своего брата герцога Карла Филиппа, прибывшего в Выборг и ожидавшего там посольство «всех русских земель». Убедившись в том, что посоль ство к нему не торопится, он обратился с запросом к новгородцам. Однако в Новгороде к этому времени обстановка резко изменилась. Жители города узнали об изгнании поляков из Москвы, а затем об избрании на престол Земским собором Михаила Романова. В этих условиях прошведская партия фактически потеряла влияние.
Новости из Москвы дошли, наконец, и до шведов. Карл Филипп спешно вернулся в Стокгольм, а Делагарди возобновил военные действия, однако существенных успехов не достиг. Убедившись в усилении сопротивления русских войск под Псковом, шведы вскоре заключили с московским правительством мир.