О своей болезни Франц Яковлевич впервые известил брата Ами в письме от 6 декабря 1695 года: «Я же чувствую себя не совсем хорошо. Возвращаясь из степи, или пустыни, я упал и ударился правым боком о камень… Дражайший брат, прошу вас извинить меня — я не в состоянии написать другим (почерком. —
Брата Исаака Франц в тот же день тоже известил о своей болезни: «Извините за почерк. Я лежу в кровати, не могу писать на столе из-за моего нарыва на правой стороне».
Надежды на выздоровление в течение пятнадцати дней не оправдались. Болезнь истязала Лефорта с некоторыми перерывами до конца его дней и явилась причиной его смерти в сравнительно молодом возрасте.
Как могло случиться, что Франц Яковлевич, будучи прекрасным наездником, так неудачно упал с лошади? В письмах брату он ни словом не обмолвился о причине своего падения. Можно было бы подумать, что его лошадь оказалась норовистой и сбросила седока. Но ведь Лефорт имел широкий выбор — по его словам, его конюшня насчитывала несколько десятков лошадей, и вряд ли он мог выбрать такую, которая не слушалась его. Быть может, лошадь поскользнулась на земле, покрытой тонким слоем льда? Но и это кажется автору маловероятным, поскольку ранние морозы не могли придать земле твердость, не поддающуюся воздействию шипов подковы. Еще одной причиной падения Лефорта могло быть нетрезвое состояние наездника. Позволительно высказать догадку, что Лефорт и умалчивает о причине своего падения именно потому, что счел неудобным называть ее. Но это, конечно, всего лишь авторская догадка.
Особенно мучительны для Лефорта были переезды. Болезнь не дала ему возможности уехать в Воронеж вместе с Петром и задержала его в Немецкой слободе. В письме брату Исааку от 28 февраля 1696 года он сообщал о том, что царь «отправился в Воронеж, город на Дону, для устройства галер, пока я не поправлюсь». Петр обменивался с Лефортом письмами, в которых неизменно проявлял заботу о здоровье своего друга.
Сохранилось несколько писем Лефорта Петру. Часть из них написана адмиралом собственноручно по-русски, но латинской транскрипцией. 8 марта 1696 года он писал царю: «Дай Бог тебе здорова на многи лета. А я, слава Бог, получе». Через пару дней целых два письма. В одном он сообщал царю: «Я рад бы ад суди (отсюда. — Н.П.) скоро ехать. Бог знать, как на дороге рана моя будет. Здесе на дурной жить везде пустой, и крушина многи». В другом извещал Петра: «Я от своей скорби малою отраду себе слышу. После отъезду милости вашей была у меня огневица дня с три, да проволилась другая рана подле прежней. Материя (гной.
Тридцатого марта Лефорт пишет царю, что вот-вот покинет Москву, несмотря на то, что болезнь не отступает: «…Против 31 числа марта я в путь свой поеду, хотя с великою трудностью. В болезне моей дохторы, как могли, свое добро чинили, однако ж не смогли ту рану ростравить — по прежному мала и материя худо идет, а круг ней твердо, что камень. Чаю себе дорогою, что мне от скорби своей способней будет».