3. Передать в IV Управление НКВД СССР 9-е отделение 4-го спецотдела со всем личным составом и техническим оборудованием».
Перед IV Управлением стояли следующие задачи.
1. Организация и проведение диверсий на коммуникациях, промышленных предприятиях, сооружениях и аэродромах противника.
2. Сбор военной, экономической и политической информации в интересах руководства страны и Красной армии.
3. Организация партизанских отрядов, помощь партийным и советским органам в развитии партизанского движения.
4. Учет, выявление и уничтожение представителей оккупационных властей, германской агентуры, предателей, пособников оккупантов.
5. Борьба против антисоветских националистических формирований.
6. Инженерно-саперные и иные работы на «угрожаемых территориях».
Начальником Управления стал старший майор госбезопасности П. А. Судоплатов, его заместителями — старший майор госбезопасности Н. Д. Мельников и майор госбезопасности В. А. Какучая. Впоследствии, 20 августа 1942 года, после возвращения из Турции, заместителем Судоплатова был также назначен старший майор госбезопасности Н. И. Эйтингон. Яков Серебрянский оставался на прежней должности, а затем возглавил отделение в негласном штате IV Управления.
О некоторых эпизодах работы Я. И. Серебрянского во время войны рассказывает П. А. Судоплатов:
«К августу 1942 года “Красная капелла” в Берлине, включавшая агентов военной разведки и НКВД, была уничтожена. Но в Германии уцелел ряд важных источников информации и агентов влияния. Некоторые агенты гамбургской группы, созданной Серебрянским и Эйтингоном, не связанные с группой Харнака — Шульце-Бойзена и осевшие в концернах “Фарбен индустри” и “Тиссен” в Гамбургском порту, уцелели и ушли в подполье. <…>
Операцию “Березино” [в 1944 г.] разработал начальник 3-го отдела IV Управления полковник Маклярский, я поддержал идею операции. Планировалась заманчивая радиоигра с немецким Верховным командованием. О ее замысле во исполнение указания Ставки было доложено лично Сталину, Молотову, Берии. Санкция на проведение операции была получена.
Для непосредственного руководства этой операцией в Белоруссию на место событий выехали мой заместитель Эйтингон, Маклярский, Фишер, Серебрянский и Мордвинов».
Весной 1943 года, после отмены 9 февраля прежних специальных званий. в органах госбезопасности была проведена переаттестация сотрудников. Я. И. Серебрянский имел звание старшего майора госбезопасности, такое же, как у П. А. Судоплатова и Н. И. Эйтингона. Он должен был получить звание комиссара госбезопасности, но до июня 1943 года числился в старом звании и ходил без погон. Вероятно, это было связано с тем, что Серебрянский. как приговоренный к расстрелу, вызывал сомнения у ряда руководителей НКВД, а с апреля 1943 года — НКГБ и СМЕРШ. И только через четыре месяца Серебрянскому было присвоено звание полковника.
Шестого ноября 1943 года Я. И. Серебрянский был переведен в особый резерв IV Управления по должности руководителя группы на правах начальника отделения. Он лично подготовил и перебросил в тыл противника несколько оперативных групп и агентов-одиночек, которые успешно справились с возложенными на них задачами. Некоторые начатые им операции еще долгое время будут храниться под грифом «Особой важности».
За заслуги в борьбе с фашистскими захватчиками Я. И. Серебрянский был удостоен орденов Ленина и Красного Знамени, а также медалей «За оборону Москвы», «Партизану Отечественной войны» I степени и «За победу над Германией».
После окончания Великой Отечественной войны Я. И. Серебрянский принял самое активное участие в ряде специальных программ IV Управления НКГБ — МГБ СССР. Одной из известных ныне операций является привлечение к сотрудничеству бывшего начальника Верховного командования ВМФ Германии (OKL) гросс-адмирала Эриха Редера, который, находясь с 1943 года в отставке, в мае 1945-го попал в советский плен. Яков Исаакович выступил в роли немецкого бизнесмена, якобы проживавшего «под домашним арестом» на даче П. А. Судоплатова. Ему удалось убедить Редера, чтобы тот восстановил свои знакомства и связи среди высших политических, военных и промышленных кругов послевоенной Германии. В обмен на это советская сторона гарантировала гросс-адмиралу отсутствие обвинений от СССР как военному преступнику на Нюрнбергском процессе. Подчеркнем, что это было стратегически взаимовыгодное сотрудничество, а не банальная вербовка осведомителя из числа генералитета.
Вторая известная операция с участием Я. И. Серебрянского связана с Палестиной, и произошла она уже после реорганизации наркоматов в министерства и образования МГБ СССР 15 марта 1946 года.
В 1920-1930-х годах Серебрянский создавал агентурную сеть в боевом сионистском движении на Ближнем Востоке. Однако в 1938 году в связи с арестом почти всего оперативного состава «Группы Яши» агентурные позиции советской разведки в Палестине были свернуты. Во время Великой Отечественной войны Серебрянскому отчасти удалось восстановить утраченное через Еврейский антифашистский комитет. А в апреле 1946 года старые контакты срочно понадобились.
