Крушение некогда всесильного министра бумерангом ударило и по Я. И. Серебрянскому, а вместе с ним — по многим другим специалистам тайной войны, которым по роду служебной деятельности вольно или невольно приходилось выполнять приказы Берии. Новый хозяин Кремля Н. С. Хрущев даже после ареста самого сильного из противников смертельно боялся его грозной тени и потому спешил избавиться от всех, кого считал людьми «хитрого мингрела». Началась очередная «партийная война», как всегда сопровождавшаяся чисткой. Двадцать первого августа 1953 года по ложному обвинению в причастности к «заговору Берии» были арестованы П. А. Судоплатов и Н. И. Эйтингон. Через три месяца после ареста Павла Анатольевича всех принятых им на службу бывших «врагов народа» снова уволили, а 8 октября Я. И. Серебрянский снова был арестован. Причем роковую роль в его судьбе сыграло ходатайство Судоплатова о восстановлении Серебрянского в ВКП(б) в 1941 году. Якова Исааковича обвинили в том, что он избежал высшей меры наказания в начале войны только благодаря заступничеству «изменника». А тому инкриминировались преступные связи с «врагами народа» — Серебрянским, Малли, Сосновским, Шпигельглазом и другими великими нелегалами!
Из воспоминаний Анатолия Яковлевича Серебрянского:
«Вечером 7 октября 1953 года я, как всегда, пожелал отцу и маме спокойной ночи. Я не мог предположить, что отца я больше никогда не увижу, а с мамой буду разлучен на долгие три года.
Днем 8 октября возвращаюсь из института. В прихожей меня встречает незнакомый человек в штатском. Дверь в кабинет отца, выходившая в прихожую, открыта. В ней слышатся звуки падающих на пол книг.
“Ваши родители арестованы. Заканчивается обыск”.
“За что?”
(Абсолютно нелепый вопрос.)
“Надо будет — вам объяснят”.
В голове пусто. Молча наблюдаю, как с полок снимают книги, бегло просматривают и бросают на пол.
Через некоторое время все уходят, опечатав в квартире две комнаты из трех».
В ходе следствия по уголовному делу, возбужденному в 1953 году против Я. И. Серебрянского, никаких доказательств его вины как участника «заговорщической деятельности Берии» не нашли. Однако и выпускать таких людей. как Серебрянский. Судоплатов и Эйтингон, партийная верхушка не собиралась. Профессионалы тайной войны, никогда не участвовавшие в борьбе партийных кланов за власть, тем не менее «слишком много» знали об участии Хрущева, Кагановича, Маленкова, Молотова и других «верных соратников Сталина» и — еще недавно — «друзей Берии» в политических репрессиях 1930-х годов. И тогда, следуя указаниям партийных инстанций, было реанимировано старое уголовное дело за номером Н-15222. «Служители Фемиды» вновь признали осуждение четы Серебрянских в 1941 году законным и обоснованным. Двуличие и подлость «политической изнанки» проявились в полном объеме!
Двадцать седьмого декабря 1954 года на основании представления Генеральной прокуратуры СССР Президиум Верховного Совета СССР отменил свое собственное решение от 9 августа 1941 года об амнистии Я. И. и П. Н. Серебрянских. На Полину Натановну также решили завести уголовное дело. И это при том, что уже началась реабилитация граждан, незаконно репрессированных ранее. Дело было направлено в Верховный суд СССР с единственным «послабляющим» предложением — заменить расстрел, меру наказания, вынесенную Серебрянскому ранее, 25 годами лишения свободы с отбыванием срока в исправительнотрудовом лагере.
Но и после этого интенсивные допросы Серебрянского продолжались. Меры физического воздействия к нему не применялись, однако постоянно оказывалось психологическое давление с целью получения нужных признательных показаний. Сердце разведчика-нелегала, много повидавшего за годы работы, не выдержало: 30 марта 1956 года в Бутырской тюрьме на очередном допросе у следователя Военной прокуратуры генерал-майора П. К. Цареградского Я. И. Серебрянский скончался от сердечного приступа на 64-м году жизни.
Из воспоминаний Анатолия Яковлевича Серебрянского: «1956 год. Приходит вызов из Военной коллегии Верховного Суда. Приезжаю. Большой кабинет. За столом какой-то важный чин. Сухо сообщив мне о смерти отца, он неожиданно спрашивает:
“А вы знаете, что ваш отец был эсером?”
“Знаю”, — автоматически отвечаю я. Немая пауза. Пустота». Борьба за реабилитацию Якова Исааковича и Полины Натановны Серебрянских была невероятно тяжелой. Понадобилось целых десять лет, чтобы восстановить справедливость в отношении Полины Натановны. Она вышла из тюрьмы 12 августа 1955 года, но только 4 августа 1966 года Военная коллегия Верховного Суда Союза ССР в составе председательствующего генерал-майора юстиции Терехова, полковника юстиции Курбатова и подполковника юстиции Смирнова, пересмотрев уголовное дело, сняла с нее все ранее выдвигавшиеся обвинения.
Из воспоминаний Анатолия Яковлевича Серебрянского:
«Примерно через месяц-другой после возвращения в СССР [1962 г.] Вилли Фишер разыскал меня.
Телефонный звонок:
