Устав от постоянного напряжения, Генрих III умер в тысяча пятьдесят шестом году, успев перед смертью назначить нового папу Виктора II взамен усопшего в тысяча пятьдесят четвертом году Льва IX. Гильдебранд, уже весомая фигура в католической церкви, оказался зажат между влиятельными римскими домами и императором и не воспротивился императору, даже сам съездил в Германию узнать его решение. Но далее римский двор начал вести себя уже по-другому: то, что было нормой для могучего Генриха III, стало невозможным для его наследника шестилетнего Генриха IV.
Притихшие при императоре-отце удельные немецкие князья при императоре-сыне начали снова бунтовать, не желая подчиняться младенцу или его матери, императрице Агнессе. Восстала Лотарингия под рукой вернувшегося в родные земли с войсками супруги Готфрида Бородатого, венды вырезали имперскую армию. В тысяча пятьдесят седьмом году усоп ставленник императора-отца Виктор II. Гильдебранд приложил все усилия и возвел при помощи римской партии в курии в сан папы кардинала Фридриха, аббата Монтекассинского монастыря и родного брата мятежного Готфрида. Новый папа принял имя Стефан IX. Но время, отведенное новому папству, было ничтожным. Стефан погиб при неясных обстоятельствах в тот момент, когда Гильдебранд ехал для переговоров с воюющими сторонами в Центральную Германию. Итальянские бароны быстро посадили на освободившееся папское кресло Бенедикта X. Такой поворот заставил объединиться бывших врагов – императрицу Агнессу и Готфрида Бородатого, брата умершего Стефана. При участии Гильдебранда они возвели на папский престол Николая II. Чтобы усилить давление на римских патрициев, Гильдебранд заключил союзный договор с норманнами, захватившими юг Италии и Сицилию. В тысяча пятьдесят девятом году тосканская и лотарингская армия с севера и норманны с юга захватили Рим и вернули Николаю контроль над Ватиканом.
Далее дела развивались еще быстрее. Сразу после воцарения в Ватикане Николай, с подачи своего верного советника, принял декрет, по которому папу должны избирать только священнослужители, без вмешательства светских властей, то есть римских баронов и императора.
В тысяча шестьдесят первом году умер и Николай II. Гильдебранд, финансовый глава Римской церкви и ее министр иностранных дел, приложил все усилия и заставил кардиналов избрать на папство Александра II, не спрашивая согласия императора.
Такой ход, а именно – полное пренебрежение согласием германского императора, не остался незамеченным. При поддержке императрицы Агнессы немецкие епископы избрали своего папу, Кадала. Началась война, где на стороне Александра II активно действовали норманны. Успех одержали сторонники Рима – в тысяча шестьдесят четвертом году Кадала изгнали из Германии, и в том же году на соборе в Мантуе Германия признала папой Александра.
До тысяча семьдесят третьего года Гильдебранд правил от имени Александра II, а после смерти Александра римский народ чуть ли не насильно возвел Гильдебранда в папы под именем Григория VII. После избрания тот сразу начал те самые реформы церкви по ее освобождению от германского императора и других светских властей, о которых так долго мечтал и почву для которых так усиленно готовил. Одновременно началась борьба внутри церкви с практикой продажи церковных должностей и нарушением священнослужителями целибата. Это вызвало недовольство юного императора и тех верховных служителей церкви, кто получал свои наделы и епархии из его рук. Для начала взбешенный самоуправством Генрих IV собрал немецких епископов и низложил Григория VII, вернее, попробовал сделать это. В ответ тот отлучил императора и его приверженцев от святого причастия и церкви. Это послужило добрым поводом для новой вспышки восстаний: швабы и баварцы начали избирать нового императора, войско под угрозой вечного проклятия и отлучения покинуло Генриха.
Чтобы заслужить прощение папы, германский император три дня в январе тысяча семьдесят восьмого года стоял босиком на снегу перед домом маркграфини Матильды в Каноссе, дочери Беатриче Тосканской и Бонифация и приемной дочери Готфрида Бородатого Лотарингского, у которой гостил папа Григорий VII.
