Доминирование Неккера над революцией, однако, продолжалось недолго. Шлёцер ещё сдержанно приветствует взятие Бастилии (видя в этом акте «урок для всех угнетателей, во всех странах мира») и бурно – закон о изъятии церковных имуществ в пользу нации. Революционные «эксцессы» не вызывают у него осуждения. Кровь невинных жертв, уверен он, «падёт на вас, деспоты, и ваши гнусные дела, которые сделали необходимой эту революцию». Однако в начале 1790 года он вынужден признать: «Революция уже непонятна самим её зачинателям, ввергнута в безграничную охлократию». Свобода, напоминает он своим читателям, заключается в возможности беспрепятственной реализации своих человеческих и гражданских прав. Но «становится ли нация свободной, если вместо одного деспота, которого она сумела сбросить со своей шеи, взваливает на себя 700 ещё худших?» (имеется в виду Национальное собрание).
Его симпатии вновь возвращаются к монархии (но монархии, которая усвоила уроки революции), и казнь Людовика XVI он называет убийством.
В декабрьском номере 1793 года Шлёцер призвал германских монархов немедленно приступить к заблаговременным преобразованиям, чтобы предупредить распространение революции на немецкие земли: «Мы, немцы, нуждаемся в реформах; невозможно оставаться всегда в исконном состоянии, которое есть, собственно, беспорядочная средневековая груда; но от революций храни нас Бог! В них мы не нуждаемся, но можем их и не страшиться: всё то, что должно произойти, осуществится рано или поздно в результате осторожных и мягких перемен!»
Но те, к кому был обращён этот призыв, сочли подобный образ мыслей «санкюлотизмом». Журнал Шлёцера был запрещён к изданию.
На исходе XVIII века мыслями гёттингенского профессора истории, статистики и политики вновь завладевает Россия. В 1796 году, едва закончив университетский курс с дипломом доктора права, в Москву уезжает старший сын Шлёцера, Христиан. По его собственным словам, это было бегство от отцовского деспотизма: «Очень рано, уже в середине двадцать второго года моей жизни, невыносимый произвол и взбалмошность, которыми характеризовалось обращение со мною со стороны отца, не оставили мне иного выхода, кроме как отказаться впредь от какой бы то ни было поддержки с его стороны и, рассчитывая лишь на собственные силы, пуститься в неизвестность и самостоятельно добиваться подобающего положения в жизни в чужом огромном мире». На первых порах он устроился простым учителем в домах видных представителей немецкой колонии, а в 1801 году (всё-таки при ходатайстве отца) получил место ординарного профессора Московского университета на кафедре политической экономии и дипломатики. Свои жизненные цели молодой Шлёцер формулировал с предельной ясностью: «Я знаю только две вещи, которые заставляют меня ощущать полный душевный подъём: это честь и приобретение денег» (письмо к матери от 26 апреля 1801 года); отца он известит, что надеется в Москве «заработать почёт и деньги» (письмо от 7 июля 1802 года). Старший Шлёцер мог утешить себя тем, что его блудный сын является, по крайней мере, его точной копией.
Сам он в своих научных исследованиях всё чаще вновь обращался к русской тематике. Иначе и быть не могло для того, кто некогда признался, что «охота к русской истории сделалась у меня страстью». Его научный аппетит подогревала университетская библиотека, которая регулярно пополнялась огромным количеством книг и рукописей из России – их высылал, до девяти посылок в год, гёттингенский выпускник, «первоприсутствующий член» Медицинской коллегии барон Григорий Фёдорович фон Аш (1729—1807). «Коллекция Аша» превратила Гёттингенский университет в крупнейший центр зарубежной славистики.
Шлёцер с одобрением следил за валом публикаций летописных списков – уже известных ему, а также недавно найденных. Это был настоящий издательский бум, исходивший из трёх центров: Академии наук, Московского университета и Синодальной типографии. За три десятилетия, истекших после отъезда Шлёцера из России, вышли отдельные тома Лицевого летописного свода, Академический и Синодальный списки Новгородской первой летописи, несколько редакций Сибирского летописного свода, Львовская, Воскресенская, Софийская первая летописи, Типографская летопись, Летопись о многих мятежах, Двинской и Архангелогородский летописцы, Нижегородский летописец, Русский временник.[36]
Труды по древней русской истории, выходившие из-под пера российских коллег, вызывали у Шлёцера гораздо меньше энтузиазма: «Всё, до сих пор в России напечатанное, ощутительно дурно, недостаточно и неверно». Он сетовал, что «эти господа продолжали, как и прежде, в свободное время заглядывать в две-три рукописи, сравнивать их слегка и выбирать из разнословий то, которое понравится, не разбирая, принадлежит ли это слово Нестору, или вписано глупым переписчиком». В результате «русская история начала терять ту истину, до которой довели её было Байер и его последователи, и до 1800 г. падение это делалось час от часа приметнее».