Согласно утвержденному царем Федором Привилею, все выпускники Академии, избравшие светскую карьеру, независимо от их происхождения, будут «милостиво пожалованы в приличные чины их разуму». Диплом выпускника Академии должен был стать пропуском к высокому государственному положению. Более того, царь обещал не жаловать придворных чинов (стольников, стряпчих и т.п.) никому, кроме юношей знатнейших фамилий, выпускников Академии и лиц, совершивших выдающиеся военные подвиги. Независимость Академии от Патриаршего престола влекла за собой некоторую сомнительность будущего положения выпускников, стремящихся проявить себя на духовном поприще, тем более что позиция Медведева в вопросах просвещения резко расходилась с позицией главного «мудроборца» патриарха Иоакима Савелова, печально прославившегося кострами для «еретиков», преследованием передовой мысли и неуемным властолюбием.
«Мудроборцы» утверждали, что «вся славянин по природе народа своего омерзается от учения и художества немецкого» (то есть иностранного). Медведев видел в этом клевету на славянские народы. Он отнюдь не приветствовал бездумное заимствование чужой моды, нравов, обычаев, ведущее к расточительству и даже разорению государств. Сильвестр признавал необходимость защиты православия от «повреждений» со стороны католической и протестантской пропаганды, сам выступал против назначения в университет преподавателей, чья вера была сомнительной. Но против идеи культурного и научного изоляционизма просветитель боролся бескомпромиссно.
Согласно Привилею, в учебную программу университета обязательно включались славянский, латинский и греческий языки, все основные гражданские и духовные науки, начиная от грамматики, поэтики, риторики, математики, астрономии, геометрии, диалектики, логики — до метафизики, этики и богословия. По примеру других университетов Европы в Москве должны были изучаться светская и церковная юриспруденция, медицина «и прочие все свободные науки, ими же целость Академии… составляется».
«Не подобает верным прельщаться через философию», — утверждали «мудроборцы». Русским, по их мнению, вполне достаточно начальной школы на греческом языке и с греческими учителями, чтобы правильно понимать и переводить православную церковную литературу с Востока, а не «забавляться около физики и философии». Нет, отвечал Медведев, россияне во всем могут и должны иметь свое разумение. Именно национальная наука и высшее образование для всех, желающих приобщиться к «свободным мудростям», есть источник силы и славы государства. Только собственными учеными людьми, только знанием «все царства благочинное расположение, и твердое защищение, и великое распространение приобретают!».
Автор Привилея, готовившийся стать ректором первого московского университета, но вынужденный оказаться вновь жалким беглецом, скрывающимся от врагов в далеком Бизюкове монастыре, понимал, что не политические его взгляды, а именно конфликт с «мудроборцами» стал причиной жестоких преследований. Еще не зная, сколь страшные обвинения будут ему предъявлены, еще до того, как следственная комиссия в Троице начала стряпать «заговор Шакловитого и Медведева», Сильвестр понял, что судьба его решена. Патриарх Иоаким, посланный Софьей в Троице-Сергиев монастырь для мирных переговоров с ее братом Петром, явственно выступил на стороне «петровцев», оказался среди победителей. Его вклад в ниспровержение правительства регентства был столь велик, что ему не составляло никакого труда испросить у царя головы своих противников. Медведеву оставалось только бегство.
Достаточно хорошо представляя методы «мудроборцев», Сильвестр, по его собственным словам, из Москвы «побежал августа против 31 числа от страха: опасался того, что святейший патриарх так же бы великому государю на него каких слов не принес». Этот мотив — страх перед патриархом — подтверждают и другие участники событий. Действительно, клеветнические обвинения против Медведева были добыты розыскной комиссией в Троице только 30–31 августа, и знать об их содержании глава Заиконоспасского монастыря не мог. Ловить его начали только через день после бегства, 1 сентября.
