Славяне не должны изучать латынь и читать латинские книги, утверждали противники просвещения, иначе народ неизбежно «напитается ядом ереси латинския», погибнет исконное благочестие, рухнут устои. Иерусалимский патриарх Досифей в своих посланиях московскому патриарху Иоакиму разражался страшными угрозами читателям книг по-латыни, призывая книги сжечь, а укрывателей их казнить. На словах признавая истину, что «ученье — свет, а неученье — тьма», «мудроборцы» требовали ограничить науки изучением греческого языка и чтением книг по-гречески. Учиться у благочестивых греков, которые всегда были и должны оставаться образцом для Руси, невзирая на то что у самих «греков» (православного духовенства на Востоке) в это время не было своих университетов, а значительная часть «благочестивых» книг издавалась в католических и протестантских типографиях на Западе, — такова была позиция отечественных «грекофилов».
Конечно, и это был шаг вперед со стороны консервативных сил. «Греческие» учителя, особенно окончившие западноевропейские университеты, могли помочь русским ученикам овладеть основами схоластических знаний, расширить их представления об античном ученом наследии. Но этот шаг был сделан в условиях набирающей силу научной революции XVII века, круто менявшей представления о мире, способах и возможностях его познания. Следовать пути, предложенному (причем вынужденно) «мудроборцами», значило лишь закрепить отставание России в области наук на позициях, уже пройденных Западной Европой. Не напрасно, совсем не напрасно противники просвещения постоянно требовали «угасить малую искру латинскаго учения, не дать той раздмитися и воскуритися, да не пламень западнаго злоумысленнаго мудрования, растекшись, попалит и в ничто обратит православия восточнаго истину!» Каким образом приобщение России к достижениям научной революции могло «попалить» истину православия, «мудроборцы» не объясняли. Для них важно было одно — связать науку с ересью — и «не пущать!».
В это сложное время скончался Симеон Полоцкий, завещав «единомудрому себе в науках Сильвестру Медведеву, ученику своему» собрание рукописей, библиотеку и миссию борьбы за просвещение России. Медведев с честью принял на себя обязанности Полоцкого как придворного поэта, настоятеля Заиконоспасского монастыря, передового бойца с «мраком невежества». При поддержке царя Федора Алексеевича Сильвестр смог вновь открыть училище в Заиконоспасском монастыре, уже не для четырех, как при Симеоне, а для нескольких десятков учеников — исходную базу для будущего университета. Просвещенный монарх настолько близко сошелся с ректором славяно-латинского училища, что даже писал ему собственноручные записки (дело по тем временам невиданное). Зимой 1682 года царь Федор сделал еще более решительный шаг, утвердив своей подписью подготовленный Сильвестром Медведевым документ об основных принципах организации и деятельности первого московского университета.
Привилей (документ о принципах организации) Московской Академии до настоящего времени является замечательным памятником борцам за просвещение России в XVII столетии. Ряд заложенных в нем идей и сейчас сохраняет актуальность. Первое высшее учебное заведение России должно было быть максимально автономным, независимым ни от каких соображений и требований, кроме научных и просветительных. Помимо дотаций из казны Академия имела собственные источники доходов (земли, монастыри, пожертвования). Она управлялась выборным ученым советом, избиравшим из своей среды ректора и самостоятельно определявшим учебную программу. Совет без участия церковных властей решал, является ли какое-то положение или направление еретическим, а если является — в какой форме ему противостоять. Не менее серьезно наука защищалась и от светских властей. Студента нельзя было не то что забрать в армию (или еще куда-либо), но даже судить: суд осуществлял академический совет. В случае тягчайшего уголовного обвинения лишь совет мог разрешить арест студента. Студента из податных сословий (крестьянина или горожанина) нельзя было преследовать за долги или недоимки, так как это могло помешать учению! Содержались студенты на средства Академии.
Целью Академии были подготовка просвещенных деятелей русского государства и церкви и развитие национальной науки. Врата Академии распахивались перед представителями всех сословий и национальностей Российского государства без ограничений. Правда, прием на службу иностранных преподавателей ограничивался вероисповедными соображениями. Всем им становились доступны любые факультеты и царская библиотека. Особое внимание Медведев уделил правам выпускников Академии, закрепляя за ней важное место в государственной системе.
