Центр страны с Будой стал турецкой провинцией (вилайетом), управлявшейся назначаемым из Стамбула пашой, турецкие чиновники собирали подати с местного христианского населения, свободно продолжали существовать католическая и протестантская конфессии, шла османизация системы управления, территория вилайета служила той базой турецких войск, откуда они осуществляли набеги на территории других государств, сделав границу военной зоной. В 1543 г. турки захватили религиозную столицу Венгрии резиденцию архиепископа Эстергом, земли в Южном Задунавье и между реками Дунай и Тиса. Трансильвания и комитаты в Затисье остались во владении сына Яноша Запольяи — султан признал Яноша Жигмонда своим вассалом при условии выплаты ежегодной дани. Трансильванское княжество окончательно обособилось от других венгерских земель, но во многих отношениях унаследовало традиции Венгерского королевства.
Интересы Трансильвании (в славянской традиции Семиградья), население которой было полиэтнично (венгерское дворянство, немецкие города, саксонские, секейские и румынские крестьяне, цыгане, еврейские общины), ее правители отстаивали не только от Габсбургов, но часто и от поддерживавших их господарей Молдавии и Валахии, хотя за помощь в войне против Фердинанда I в 1529 г. Янош Запольяи передал господарю Молдавии Петру Рарешу в лен значительную часть земель (ныне входят, как и вся Трансильвания, в состав Румынии). Фердинанду I и его наследникам отошла западная и северная часть Среднего Подунавья, сохранившая название королевства Венгрии. Центры венгерской государственной и церковной жизни переместились в города к северу от Дуная (совр. Словакия) — в Пожонь (Братиславу), которая на три столетия стала столицей габсбургской Венгрии, и в Трнаву, превратившуюся в центр венгерского и словацкого католицизма. Экономическую основу габсбургской Венгрии по-прежнему составляли горнорудные города на территории современной Словакии. Венгрия при Габсбургах сохранила самостоятельные государственные учреждения, державшие дистанцию по отношению к Вене, которая стремилась уважать венгерскую государственную и социальную специфику. Общим для всех габсбургских владений в Центральной Европе являлся созданный в 1556 г. Военный совет в Вене, учреждение которого было продиктовано войнами с османами. Основное управление Венгерским государством сосредоточивалось в Венгерской палате и губерниуме во главе с палатином, который замещал почти постоянно отсутствовавших королей. При Габсбургах магнаты сохранили политический вес в стране и почти неограниченную власть в своих владениях. Крупнейшие магнатские семьи — Батори, Эрдёди, Надашди, Зриньи, Турзо — продолжали практически руководить страной, давая решительный отпор попыткам усиления королевской власти.
