В политической жизни страны при Рудольфе II наступило резкое обострение отношений. Под давлением папского нунция в Чешской канцелярии — верховном учреждении королевства, где сохранялось равновесие католиков, и протестантов, — в 1599 г. все должности были переданы католикам. В других земских учреждениях значительно усилились представители «испанской партии» — решительно настроенные католики. В 1602 г. начались рекатолизация подданных на королевских и церковных землях и новые гонения на Чешских братьев. Оппозиция на сейме, руководимая Вацлавом Будовцем, известным гуманистом и дипломатом, смогла остановить это наступление, однако вытеснение чиновников-протестантов из учреждений продолжалось. В этой обстановке австрийский эрцгерцог и наследник трона Матиас и решил осуществить свой план детронизации брата, используя недовольство сословий Австрии, Венгрии, Моравии неудачами Рудольфа II во внутренней и внешней политике, усугубленными в сущности проигранной войной с турками (1593–1606). Матиасу нужно было привлечь на свою сторону чешские сословия. В апреле 1608 г. его войска вторглись в Моравию, что вызвало переворот, и к власти пришел крупнейший магнат-протестант, политик европейского масштаба Карел Старший из Жеротина, покровительствовавший Общине чешских братьев. Став «некоронованным королем Моравии», он присоединился к австро-венгерской конфедерации, которую возглавлял Матиас. Единственной опорой Рудольфа II остались чешские сословия, что вынудило его пойти на уступки. Официально передав власть над Австрией, Венгрией и Моравией брату, император под нажимом чешских сословий утвердил в 1609 г. Маэстат (чеш. Rudolfuv majestat от нем. Majestatsbrief — «императорская привилегия») о религиозной свободе, являвшийся переработанным текстом Чешской конфессии 1575 г. Этот документ, даровавший религиозную свободу евангелическим сословиям в Чехии, по своему содержанию и значению стал вершиной толерантности в государственном праве Европы. Он предусматривал равноправие конфессий и свободу отправления всех христианских культов, причем эта свобода распространялась на все категории подданных земель чешской короны. Конфессии объявлялись равными перед законом, протестантским сословиям разрешалось созывать свои съезды без разрешения монарха, под их управление передавались консистория и Пражский университет. Вскоре аналогичный Маэстат был издан для Силезии, подчиненной чешской короне. Больше всех от принятия Маэстата 1609 г. выиграла Община чешских братьев, уравненная в правах с другими церквами. Однако Рудольф II допустил роковую ошибку: в целях усиления в стране католицизма, чьи позиции подорвал Маэстат 1609 г., и отстранения Матиаса от наследования чешского трона, в 1611 г. он пригласил в Прагу войска из Пассау, немецкого епископства, возглавлявшегося его двоюродным братом Леопольдом. Кризис во владениях Габсбургов и вторжение иностранного войска в страну, осуществленное в нарушение законов государства, привело к тому, что чешские сословия, изгнав солдат, отказали в поддержке Рудольфу II. Генеральный сейм земель чешской короны, состоявшийся в 1611 г., используя дискредитацию «испанской партии», потребовал восстановить влияние сеймовой оппозиции на назначение верховных чиновников в государстве и созыв крайских съездов, а также утвердить право заключения военно-оборонных союзов между землями чешской короны и соседними государствами. Единство оппозиции ослаблялось партикуляризмом отдельных земель и противоречиями внутри сословий, прежде всего между дворянством и городами. В этой обстановке, используя потерю Рудольфом II авторитета и способности к управлению, Матиас добился избрания на чешский престол. Рудольф II сохранил за собой титул императора и возможность уединиться в Праге среди своих научно-художественных коллекций.
Краткое правление Матиаса (1611–1619), ставшего в 1612 г. императором, принесло мир; подспудно продолжалась работа по реставрации габсбургской власти и католицизма. Наследник бездетного Матиаса Фердинанд Тирольский зарекомендовал себя ревностным католиком и сторонником сильной власти. Протестантская оппозиция смирилась с его избранием, и Фердинанд II перешел к решительным действиям, которые привели в 1618 г. к чешскому антигабсбургскому восстанию, ставшему началом Тридцатилетней войны.
Для Венгрии XVI столетие стало самым трагическим периодом в истории. Полиэтническое королевство, в котором жили мадьяры, хорваты, словаки и другие народы, после подъема во второй половине XV в., когда политика короля Матьяша Корвина вывела государство в лидеры региона, вступило сначала в полосу ослабления королевской власти, а затем и дезинтеграции как следствия турецкой агрессии. Войны с османами становятся главным фактором не только венгерской, но и европейской истории XVI в., находя отражение в изменении коллективной психологии и в произведениях литературы. В экономике преобладающей оставалась аграрная сфера, горожане составляли 2 % населения, в большинстве своем это были немцы.
