Центральным событием стала крестьянская война 1514 г. под руководством Дьёрдя Дожи. Войско крестоносцев, собранное по инициативе венгерских прелатов и в основном состоявшее из крестьян, повернуло оружие против самих прелатов. Война показала недовольство крестьянства своим социально-экономическим положением и статусом. В ней, как и во многих движениях Средневековья, выразилась глубоко укоренившаяся в сознании низших слоев общества (крестьяне, городской плебс, бедное мелкое дворянство, низший клир) мечта о «царстве Божием на земле». Данный, по сути своей эсхатологический, миф получил конкретные формы «справедливого королевства» во главе с «крестьянским монархом», т. е. политическая модель феодального средневекового государства сохранялась, но существенно изменялось его социальное наполнение. Эта черта, а также христианско-религиозный компонент в идеологии восставших делают крестьянскую войну 1514 г. в Венгрии одним из последних в Европе вооруженных выступлений социальных низов, типологически относящихся к Средневековью. Последствия жестокого подавления крестьянской войны были значимы для всего королевства. И. Вербёци разработал новый законник, «Трипартитум», по которому крепостное право приобретало крайние формы: крестьянин не обладал никакими правами, становился полной собственностью феодала, который считал его почти животным, обязанным лишь выполнять сельскохозяйственные работы. Законник зафиксировал равноправие дворян и магнатов, их совместное участие в государственной власти на основе идеологии «святой венгерской короны». Согласно ей, высшие сословия составляют «политическую нацию», владеющую христиански сакрализованным символом государственности — короной св. Иштвана, которую «нация» передает избранному ею королю. Знать сохраняет ему верность, если монарх не нарушает законов, свобод и обычаев государства. Это идеология сословной монархии с минимальным представительством сословий (города не входили в государственное собрание) при доминировании дворянства в системе государственного управления, причем интересы государства в целом, постулируемые в пышных выражениях, на деле никто не обязывается защищать, ибо не обозначен механизм мобилизации в кризисных ситуациях.
Такая специфика венгерского строя обусловила фактический распад государства после роковой битвы при Мохаче в 1526 г. В начале 20-х годов XVI в. резко обострилась борьба дворянских партий за власть, а доходы королевской казны сократились до минимума. У молодого короля не имелось даже средств на обед, и он вынужден был ходить в гости к баронам. Османскую угрозу венгерское дворянство не воспринимало всерьез, поэтому не оказало королю военной поддержки. Поэтому решительная победа турок при Мохаче стала неожиданностью, а ее катастрофические для христианской Европы последствия на несколько веков определили ход военной и внешней политики европейских стран.
Вскоре после битвы у Мохача победоносные войска османского султана захватили и практически уничтожили столицу венгерского королевства Буду. При этом почти полностью погибла ее ренессансная архитектура, некогда являвшаяся гордостью короля Матьяша Корвина. Затем османское войско с огромной добычей вернулось на Балканы, а в Венгрии началась ожесточенная борьба за трон, еще более истощившая страну. Государственное собрание в Секешфехерваре поддерживало «национального» короля Яноша Заполняй, вдовствующая королева на основе династического договора 1506 г. признала королем Фердинанда I Габсбурга, к тому времени уже получившего чешскую корону. Он и был избран венгерским монархом в конце 1526 г. Так как события 1527 г. в Италии усилили позиции империи и Габсбургов, часть венгерских магнатов перешла на сторону Фердинанда I. Янош Заполняй бежал в Трансильванию, воеводой которой он являлся с 1510 г., а затем в Польшу и стал искать помощи против Габсбургов у султана Сулеймана Кануни. В 1528 г. султан признал Яноша Заполняй законным венгерским королем, и тот принес султану вассальную присягу. До 1541 г. не утихала война в Венгрии между двумя королями, по сути гражданская. На сторону каждого из них перебегали крупные и мелкие дворяне, поэтому границы двух венгерских королевств постоянно менялись. Некоторые группировки магнатов, созывая «бескоролевские парламенты», пытались свергнуть обоих правителей. В 1536 г. турки захватили Славонию, принадлежавшую Яношу Запольяи. Наметилось сближение двух королей, завершившееся миром 1538 г., по которому Фердинанд I объявлялся единственным претендентом на венгерскую корону после смерти Яноша Запольяи, не имевшего на тот момент наследников. Но в 1540 г. у него от брака с Изабеллой (Эльжбетой), дочерью короля Польши Сигизмунда I, родился сын Янош Жигмонд (Сигизмунд). Через месяц Янош Запольяи умер, а епископ Варада Дьёрдь добился в нарушение договора с Габсбургами избрания младенца на трон, что было утверждено в Стамбуле. Фердинанд I в 1541 г. осадил Буду, но османские войска ее вновь взяли и разграбили. Теперь Венгрия была поделена на три части.
