Прожекты Шелихова получили одобрение генерал-губернатора Иркутского и Колыванского И.А. Пиля, доложившего о намерениях своего протеже в Петербург. При этом сановник выдвинул идею объединения российских промысловых компаний в указанном регионе. В дальнейшем наместник регулярно докладывал императрице об «успехах усердия и стараний» Шелихова, и под влиянием этой информации отношение Екатерины II к начинаниям «Колумба Росского» стало более благожелательным. Указом от 31 декабря 1793 г. она удовлетворила его просьбу о передаче Северо-Восточной компании работников из числа крестьян-переселенцев, ссыльных и каторжан, а Пилю повелела и впредь «доносить нам об успехах сей компании».
Через несколько месяцев генерал-губернатор направил Шелихову детальную программу дальнейших действий в Америке и на Курильских островах. Она предусматривала строительство крепости в подходящем месте американского побережья; возле нее предлагалось заложить поселение, с четкой планировкой улиц и площадей, жилыми домами, складскими помещениями и церковью. Пиль считал целесообразным, чтобы будущие поселенцы помимо «звериных промыслов» занимались также хлебопашеством, огородничеством, скотоводством и птицеводством, разведением льна и конопли, производством холста. При наличии залежей железной руды следовало, по его мнению, наладить на месте выплавку железа и изготовление якорей, болтов и гвоздей. Кроме того, русским вменялось в обязанность обучать жителей Америки «всем тем работам, изделиям и упражнениям, кои сами они знают». Этот документ означал, по существу, первый шаг к признанию шелиховско-голиковской компании единственной представительницей интересов России на Тихом океане.
На борту компанейских судов, доставивших осенью 1794 г. на Кадьяк инструкцию Пиля, туда прибыла также православная духовная миссия во главе с архимандритом Иоасафом. Она была отправлена из Петербурга в конце декабря 1793 г., через полгода после обнародования указа Екатерины II о создании церкви на Аляске, изданного 13 мая того же года. На миссию возлагалась задача «проповеди Слова Божия в Америке и просвещения тамошних народов в вере христианской и в познании должностей, в благоустроенных обществах необходимых».
Миссионеры много сделали для смягчения колонизационной практики. Они принимали участие в школьном обучении детей аборигенов, создали письменность для алеутов, оставили труды по этнографии Алеутских островов и Аляски. На Кадьяке была построена церковь (1796). Высочайшим указом от 19 июля 1796 г. Иоасаф был посвящен в сан «епископа Кадьякского и прочих прилежащих к тому в Америке островов». Однако, по ряду причин, хиротония (официальная церемония рукоположения) затянулась и состоялась лишь 10 апреля 1799 г. в Иркутске. На обратном пути епископ погиб при кораблекрушении, в результате чего деятельность православной миссии была надолго парализована.
В очередном пространном донесении генерал-губернатору от 20 ноября 1794 г. Шелихов высказал мысль о целесообразности значительного расширения сферы и масштабов российского судоходства в тихоокеанском бассейне. Поддержав это предложение, наместник незамедлительно доложил о нем в столицу, причем рекомендовал императрице принять меры к посещению русскими судами Калифорнии и Мексики. В контексте вышеупомянутого донесения для обозначения владений России в Новом Свете был употреблен термин «Российская Америка». Он фигурировал, впрочем, уже в предыдущем «всеподданнейшем рапорте» И.А. Пиля от 28 февраля того же года, где присутствовало выражение «матерая Российская Америка с ее островами».
Однако, рассмотрев в начале 1795 г. рекомендацию высокопоставленного чиновника, Совет при высочайшем дворе никаких конкретных решений не принял, что объяснялось, скорее всего, отсутствием заинтересованности со стороны правительства. Готовое поощрять активность Шелихова, пока тот обходился в основном собственными ресурсами, оно не испытывало особого желания предпринимать какие-либо усилия на казенный счет. Сдержанная позиция петербургского двора, видимо, была отчасти обусловлена и сложившейся к середине 90-х годов международной ситуацией, в частности состоянием русско-испанских отношений. В тот период Россия стремилась втянуть Испанию в антифранцузскую коалицию, а затем удержать пиренейскую монархию в ее составе.
К тому же вскоре после того как упомянутый выше генерал-губернаторский рапорт достиг Петербурга и за год с небольшим до смерти императрицы, Шелихов внезапно скончался (20 июля 1795 г.), а в конце 1796 г. ушел в отставку его могущественный покровитель И.А. Пиль. Таким образом, не стало человека, являвшегося главным инициатором исследования и освоения Северо-Запада Америки, а петербургскому двору в сложной европейской обстановке второй половины 90-х годов хватало и иных забот.
