Император Китая представлял собой высшую власть в государстве: издавал эдикты, имеющие силу закона, руководил деятельностью исполнительных органов, являлся высшей апелляционной инстанцией и военным лидером (решающее сражение с Галданом Канси возглавил лично); кроме того, он почитался высшим авторитетом в религиозных, ритуальных и интеллектуальных вопросах. Центральный аппарат империи включал в себя такие структуры, как Императорский секретариат, шесть ведомств (Чинов, Церемоний, Налогов, Наказаний, Общественных работ и Военное ведомство), а также Цензорат — контрольный орган, наблюдавший за деятельностью чиновников на всех административных уровнях. Столице подчинялись провинции и военные губернаторства на северо-востоке, а впоследствии на присоединенных к империи западных землях. В результате проведенной в первый период правления Канси административно-территориальной реформы три крупные провинции страны (Шэньси, Цзяннань и Хугуан) были разделены надвое, так что общее число провинций возросло до 18. Кроме того, над провинциальным уровнем был создан более высокий — наместничество, обычно объединявшее две или три провинции. Провинциальная администрация возглавлялась губернатором, подчинявшимся наместнику, и чиновниками по финансовым, экзаменационным и судебным делам. Местная администрация располагалась в округах и уездах. Всего в Китае XVIII в. в 18 провинций входило около 180 областей и более 1200 уездов.
Основой китайской армии в цинский период стало сословие «знаменных» (цижэнь), состоявшее главным образом из потомков тех, кто принимал участие в завоевании Китая. Оно было объединено в восемь маньчжурских, восемь монгольских и восемь китайских «знамен». Базовой единицей «знамен» были цзолин — объединения семей, которые при мобилизации должны были выставить определенное количество боеспособных мужчин (принадлежность к цзолинам обычно передавалась по наследству). При этом цзолины были прежде всего структурами, использовавшимися для учета, а реальную службу знаменные проходили в частях и гарнизонах, где военнослужащие, относившиеся к разным «знаменам», служили вместе. Кроме «знаменных войск» (цибин) в состав армии империи также входили войска «зеленого знамени», состоявшие почти исключительно из китайцев. Они использовались, главным образом, для поддержания внутреннего порядка, хотя часть из них принимали участие и в войнах Цинской империи с ее соседями.
Одной из центральных проблем, вставших перед императором после объединения страны, стала консолидация управленческой элиты. Важным аспектом этой проблемы являлось соблюдение в государственном аппарате баланса между маньчжурскими и китайскими чиновниками, а также между выходцами из разных регионов страны. В период регентства (1661–1669) предпочтение решительным образом отдавалось маньчжурской аристократии и традиционным маньчжурским властным институтам, тогда как китайская ученая элита оказалась отодвинутой на второй план и даже во многих случаях столкнулась с угрозой репрессий за недостаточно лояльное отношение к новой правящей династии, коррупцию и неуплату налогов. Получив реальную власть, император Канси старался учитывать интересы всех группировок: он приостановил преследования неплательщиков налогов, восстановил стабильную работу системы экзаменов на конфуцианскую ученую степень и ввел региональные и этнические квоты в госаппарате, а также на экзаменах на степень цзюйжэнь, открывавшую путь к получению чиновничьей должности. В 1679 г. по инициативе императора были проведены еще и специальные экзамены, в ходе которых предполагалось отобрать наиболее талантливых ученых из числа тех, кто не находился на государственной службе (во многом, из-за своих антиманьчжурских настроений), и привлечь их к участию в реализации государственных проектов. Ожидания, возлагавшиеся на эти экзамены, не вполне оправдались, однако такая мера положила начало сближению власти с ученым сословием.
Для предотвращения раскола среди чиновничьей и интеллектуальной элиты император во многом полагался на неофициальную систему управления. Им был создан так называемый «Южный кабинет» (Наньшуфан) — личный секретариат, действовавший параллельно и во многом взявший на себя функции Императорского секретариата (Нэйгэ). В «Южном кабинете», противопоставленном как официальному бюрократическому аппарату, так и маньчжурской аристократии, были собраны виднейшие китайские ученые, ставшие советниками и наставниками императора, а также знаменитые каллиграфы и живописцы того времени.
