Вопросы дворцового управления, ранее входившие в ведение евнухов, теперь были переданы Управлению императорского двора (Нэйуфу), которое состояло в основном из потомков китайцев, перешедших на службу маньчжурам до начала завоевания Внутреннего Китая в 1644 г. и имевших статус лично зависимых слуг императора. Эти люди зачастую свободно владели как китайским, так и маньчжурским языком, и были преданы императору, что делало их надежными посредниками. Именно они осуществляли контроль над такими ключевыми (и доходными для дворцовой казны) отраслями, как соляные монополии, императорские текстильные мануфактуры в Сучжоу и Нанкине, фарфоровое производство в Цзиндэчжэне, взимание пошлин с внутренней и иностранной торговли и т. д. Первоначально именно на основе Управления императорского дворца была введена в практику система так называемых «конфиденциальных докладов», которые доставлялись лично императору в запечатанном виде, а после прочтения им отсылались обратно с его пометками и резолюцией. Такая система позволяла императору получать информацию о положении дел на местах и фракционной борьбе при дворе и позднее была распространена на «Южный кабинет» и провинциальную администрацию, а в правление следующего императора стала одной из основ государственного устройства. Император Канси также имел обыкновение назначать для разрешения кризисных ситуаций специальных уполномоченных — часто из чиновников низших рангов или даже членов императорской гвардии. Таким образом, была создана неофициальная система государственного управления, действовавшая параллельно бюрократическому аппарату, имевшая собственные информационные каналы и подчинявшаяся непосредственно императору.
Еще одной важнейшей проблемой для Китая того периода стало преодоление экономической депрессии второй половины XVII в., ставшей результатом опустошительных войн в период маньчжурского завоевания.
Серьезный удар по экономике страны нанес и мятеж трех «князей-данников» (саньфань) — китайского военачальника У Саньгуя и потомков военачальников Шан Кэси и Гэн Чжунмина, активно участвовавших в завоевании Китая на стороне маньчжуров, за что они и их семьи получили в управление огромные территории на юге и юго-западе Китая. Позднее они выступили против цинских властей. В 1681 г. мятеж был подавлен, однако к этому времени хозяйство центральных и восточных провинций пришло в упадок, западная провинция Сычуань в значительной степени обезлюдела и начала заселяться заново только в начале XVIII в. В целях блокады государства Чжэнов на Тайване все население прибрежной полосы юго-восточных провинций было отселено в глубь страны, что негативно сказалось не только на самих переселенцах, но и на состоянии внешней торговли. Благодаря этому Китай, не имевший с позднеминского времени значительного внутреннего источника серебра и импортировавший его из Юго-Восточной Азии, Филиппин и Японии, столкнулся с резким дисбалансом серебра и меди, являвшихся основой его двусоставной денежной системы. В этих условиях выплата значительной части налогов в серебре означала для большинства населения страны существенное падение уровня доходов и, как следствие, покупательной способности. Кроме того, большие объемы серебра изымались государством из оборота для покрытия военных расходов. Все это в конечном итоге и привело к депрессии в экономике.
Одной из важнейших мер по восстановлению хозяйства в период Канси стало приведение в порядок разрушенной системы ирригационных сооружений. Исполнение ключевых проектов в этой области контролировалось самим императором. Так, в период с 1684 по 1707 г. Канси совершил шесть инспекционных поездок в регион нижнего течения Янцзы, целью которых помимо установления контактов с китайской ученой элитой Янчжоу, Сучжоу и Нанкина стал надзор за ирригационными работами на Хуанхэ и Великом канале (центральной водной артерии между Южным и Северным Китаем, по которой к столице доставляли рис, полученный в качестве налоговых поступлений). Позитивное значение для восстановления внешней торговли, финансов государства и экономики юго-восточных провинций имело снятие запрета на проживание в прибрежной полосе после капитуляции тайваньских властей и присоединения острова в 1683 г.: многие жители провинции Фуцзянь смогли вернуться к прежним занятиям морскими промыслами и торговлей.
