С началом войны авиационный полк перебросили на Кубань, и он вступил в бой. В течение двух недель почти все лётчики погибли. У тех, кто оставался на земле, настроение сменилось с «Ну, мы им дадим!» до подавленного. На фронтах Великой Отечественной войны М.И. Балясников с июня 1941 года. Сначала воевал на Северо-Кавказском фронте (с. Крымская, Тихорецкая, Старотиторовская, г. Моздок). Затем в Черноморской группе войск (г. Новороссийск), на Степном и 2-м Украинском фронте в составе 5-й Воздушной армии. В конце войны – в Восточной Пруссии.
В конце июля 1942 года создалась реальная угроза прорыва немецких войск на Кавказ. Наши войска вели ожесточенные и неравные бои с противником, силы которого по пехоте превосходили в 1,4 раза, по артиллерии – в 2 раза, по танкам – в 9,3 раза, а по авиации – почти в 8 раз. Был создан Северо-Кавказский фронт под командованием Маршала Советского Союза С.М. Буденного. Особое внимание уделялось обороне подступов к Закавказью с севера по рекам Терек, Урух и Кубани и к перевалам Главного Кавказского хребта. Здесь наступали главные силы 1-й немецкой танковой армии, которым совместно с 17-й армией удалось форсировать Кубань в районе Армавира. Сдерживая натиск противника, делавшего отчаянные попытки любой ценой прорваться к майкопским, грозненским и бакинским нефтепромыслам, наши войска отходили в предгорья. Обе стороны несли большие потери.
На Северном Кавказе, – вспоминал М.И. Балясников, – наши войска в 1942 году отступали с боями, уходя в горы и по Военно-Грузинской дороге в Закавказье. По ней непризывной вереницей шли войска и техника. Передвигались только ночью, без огней, до рассвета. Иногда на дороге то там, то тут от полученных пробоин вспыхивали факелом автомашины. Их сталкивали тут же в ущелья. Днём немецкие самолеты полностью контролировали воздух и охотились за всем, что передвигалось по земле.
Однажды, как всегда с наступлением рассвета, колонна машин отдельного батальона аэродромного обслуживания, в котором М.И. Балясников был начальником штаба, остановилась на дороге. Водители стали прятать свои машины в придорожных кустарниках, под горными скалами, в расщелинах. Вскоре послышался гул немецких самолетов, и началась обычная ежедневная бомбёжка. Выстрелы наших зениток, редко размещенных в горах, не представляли для немцев никакой угрозы. Бомбёжка застала Михаила Ивановича, когда, присев на табуретке и прижавшись спиной к колесу автомашины-фотолаборатории, в которой ехала и его семья (жена, сын и дочь), тот работал с документами. Он посмотрел на небо в сторону самолетного гула и увидел, что прямо на него летит бомба. От летящей бомбы не мог оторвать взгляд. Наступило леденящее душу безразличие и мёртвое оцепенение. Рассудок выключился. Такой степени страха на войне после никогда не испытывал. Даже в конце войны в Восточной Пруссии, где свирепствовали немецкие снайперы, всё было проще: идет человек и вдруг, упал. Смотришь – убит.
Бомба разорвалась рядом, там, где ещё несколько десятков минут назад водитель хотел поставить нашу машину, и где в это время стояла машина хирурга медсанбата, в которой ехала его беременная жена, тоже хирург. Взрывной волной нашу машину, фургон – лабораторию, очень сильно тряхнуло, дверь резко распахнулась. Раздался страшный женский крик – один из осколков бомбы попал в живот жене хирурга. Этот крик вывел Михаила Ивановича из оцепенения. Он увидел, как потрясенный муж вытаскивает из кобуры пистолет, чтобы прекратить мучения своей жены. Татьяна Васильевна Балясникова вспоминала, как она бросилась к распахнувшейся двери фургона и увидела, что мужа нет. Около машины валялись табуретка, на которой он сидел, и документы. Ей стало плохо. Оказалось, что увиденная сцена заставила Михаила Ивановича сорваться с табуретки, и он успел отвести пистолет в руке хирурга в сторону. Через мгновение хирург вышел из шока и тут же начал делать операцию. Свою жену он спас.