Поначалу Дарнли и сам был очарован ловким итальянцем. Они вместе играли, вместе спали. Но по мере того как функции и почести Риццио росли, а глупость Дарнли свела его к политическому бессилию, привязанность короля к слуге-министру опустилась по шкале чувств до ненависти. Когда Мария забеременела, Дарнли решил, что она носит ребенка Риццио. Рэндольф поверил в это; и поколение спустя Анри Кватр заметил, что Яков I Английский, должно быть, «современный Соломон», поскольку его отцом был арфист Давид.27 Подогрев свое мужество виски, Дарнли вместе с графом Мортоном, бароном Рутвеном и другими дворянами вступил в заговор с целью убийства Риццио. Они подписали «ленту», в которой обязались поддерживать протестантизм в Шотландии и передать Дарнли «матримониальную корону» — полные права короля Шотландии — и право наследования в случае смерти Марии. Дарнли обещал защитить подписавших договор от последствий «любого преступления» и восстановить Мюррея и других изгнанных лордов.28
6 марта 1566 года Рэндольф раскрыл заговор Сесилу.29 9 марта он был приведен в исполнение. Дарнли вошел в будуар, где Мария, Риццио и леди Аргайл ужинали; он схватил и удержал королеву; Мортон, Рутвен и другие ворвались в комнату, вытащили Риццио из комнаты, несмотря на беспомощные протесты Марии, и закололи его на лестнице — пятьдесят шесть ран для верности и надежности. Кто-то зазвонил в набат; толпа вооруженных горожан направилась к дворцу, предлагая разрубить Марию «на куски».30 Но Дарнли убедил их разойтись. Всю ту ночь и весь следующий день Мэри оставалась во дворце Холируд, в плену у убийц. Тем временем она играла на страхе и любви Дарнли, и он помогал и сопровождал ее, когда на следующую ночь она сбежала и скрылась в Данбаре. Там, поклявшись отомстить, она обратилась ко всем верным сторонникам с призывом встать на ее защиту. Возможно, чтобы разделить своих врагов, она отозвала Мюррея в свой совет.
Самым эффективным из тех, кто предложил ей защиту, был Джеймс Хепберн, четвертый граф Ботвелл. Странный и роковой персонаж: не красивый, но сильный телом, страстями и волей; авантюрист на суше и на море, мастерски владеющий шпагой и рапирой; покоряющий мужчин своей холодной дерзостью, манящий женщин своими разговорами, безрассудством и репутацией соблазнителя; но при этом человек превосходного образования, любитель и автор книг в эпоху, когда многие знатные шотландцы не могли написать свое имя. Поначалу королева невзлюбила его, поскольку он плохо отзывался о ней; но это один из способов завоевать интерес женщины. Затем, видя его воинские качества, она назначила его лейтенантом Пограничья; узнав о его знакомстве с кораблями, она сделала его лордом-адмиралом; узнав о его желании заполучить руку леди Джейн Гордон, она способствовала их браку.
Теперь, опасаясь убийц Риццио и подозревая соучастие своего мужа, она обратилась к Ботвеллу за защитой и советом. Она не приняла его поспешно, но его мужские качества — мужество, сила и уверенность — были тем, чего так жаждала ее женская натура и чего она не нашла ни у Франциска II, ни у Дарнли. Она заметила, как уважение к его мечу и войскам заставило заговорщиков скрыться или подчиниться; вскоре она почувствовала себя достаточно уверенно, чтобы вернуться в Холируд. Хотя Нокс одобрил убийство Риццио, Мария на некоторое время успокоила министров, улучшив их содержание. Простые шотландцы, никогда не любившие лордов, симпатизировали ей, и еще несколько месяцев она пользовалась всеобщей популярностью. «Я никогда не видел королеву столь любимой, уважаемой и почитаемой, — писал французский посол, — и столь великой гармонии среди ее подданных».31 Тем не менее, приближаясь к своему заключению, она была одержима мыслью, что ее убьют или свергнут с престола в ее беспомощности.32 Когда она благополучно родила мальчика (19 июня 1566 года), вся Шотландия ликовала, словно предвидя, что этот мальчик станет королем и Шотландии, и Англии. Мария была в апогее.
Но с Дарнли она была несчастна. Его возмущало ее новое доверие к Мюррею и растущее восхищение Ботвеллом. Поговаривали, что Ботвелл похитит королевского младенца и будет править от его имени.33 Дарнли обвинил дворян в убийстве Риццио и заявил о своей невиновности; в отместку они послали королеве доказательства его участия.34 Аргайл, Летингтон и Ботвелл предложили королеве развестись с ним; она возразила, что это может поставить под угрозу престолонаследие. Летингтон ответил, что они найдут способ освободить ее от Дарнли без ущерба для ее сына. Она не согласилась; она предложила скорее удалиться из Шотландии, чтобы позволить Дарнли править; и она закончила беседу предостережением: «Я не желаю, чтобы вы делали что-либо, что могло бы нанести урон моей чести или совести; и поэтому, молю вас, пусть дело будет так, как оно есть, пока Бог по Своей благости не исправит его».35 Несколько раз она заговаривала о самоубийстве.36