Поначалу Мария вела себя как невинная женщина. Она скорбела, сетовала и клялась отомстить; она занавесила свою комнату черной шторой от света и оставалась там в темноте и одиночестве. Она приказала провести судебное расследование и объявила денежное и земельное вознаграждение за информацию, которая приведет к поимке преступников. Когда на городских стенах появились плакаты, обвиняющие Ботвелла в убийстве, а некоторые из них — в причастности к нему королевы, в прокламации содержался призыв к обвинителям явиться со своими доказательствами и обещание защиты и вознаграждения информаторам. Автор(ы) плакатов отказались явиться, но граф Леннокс призвал королеву немедленно предать Ботвелла суду. Ботвелл поддержал их требование. 12 апреля он предстал перед судом; Леннокс, то ли не имея доказательств, то ли опасаясь солдат Ботвелла в столице, остался в Глазго; Ботвелл был оправдан, и парламент официально объявил его невиновным. 19 апреля он убедил Аргайлла, Хантли, Мортона и дюжину других дворян подписать «ленту Эйнсли», подтверждая свою веру в его невиновность, обязуясь защищать его и одобряя его брак с Марией. Теперь она публично благоволила к Ботуэллу и добавила к уже сделанным ему дорогим подаркам множество других.
23 апреля она навестила сына в Стирлинге; ей было суждено больше никогда его не увидеть. На обратном пути в Эдинбург она и Летингтон были застигнуты Ботвеллом и его солдатами и силой доставлены в Данбар (24 апреля). Летингтон протестовал; Ботвелл угрожал убить его. Мария спасла его, и он был освобожден; после этого он присоединился к врагам королевы. В Данбаре возобновились переговоры о разводе Ботвелла. 3 мая он и Мария вернулись в Эдинбург; она объявила себя свободной от принуждения; 7 мая он получил развод, а пятнадцатого, когда ее католический духовник отказался их обвенчать, они были обвенчаны по протестантскому обряду некогда католическим епископом Оркнейским. Католическая Европа, прежде преданная Марии, теперь ополчилась против нее как против заблудшей души. Католическое духовенство Шотландии держалось от нее в стороне; протестантское министерство требовало ее низложения; народ был настроен враждебно; немногие сочувствующие приписывали ее безрассудное увлечение любовному зелью, которое дал ей Ботвелл.
10 июня вооруженный отряд окружил замок Бортвик, где находились Мэри и Ботвелл. Им удалось бежать, причем Мэри переоделась мужчиной. В Данбаре Ботвелл собрал тысячу человек, и с ними он и Мария попытались силой вернуться в Эдинбург. У Карберри-Хилл (15 июня) им противостояли равные силы, несущие знамя с фигурами мертвого Дарнли и младенца Якова VI. Ботвелл предложил решить вопрос в одиночном бою; Мэри отказала ему; она согласилась сдаться, если Ботвеллу будет позволено бежать; позже она утверждала, что лидеры мятежников обещали ей верность, если она мирно присоединится к ним.42 Ботвелл бежал на побережье и добрался до Дании; там, после десяти лет заключения в тюрьме датского короля, он умер в возрасте сорока двух лет (1578).
Мария сопровождала своих похитителей в Эдинбург под крики солдат и жителей: «Сжечь шлюху! Сожгите ее!» «Убейте ее!» «Утопите ее!»43 Ее поместили под охраной в доме губернатора; под ее окном, где она появилась растрепанной и полураздетой, толпа продолжала угрожать ей самыми грубыми эпитетами. 17 июня, несмотря на ее бурные протесты, ее перевезли в отдаленное и более безопасное место заключения на остров в Лох-Левене, озере примерно в тридцати милях к северу от столицы. Там, по словам ее секретаря Клода Нау, она преждевременно родила близнецов.44 Она направила обращение к французскому правительству, но оно отказалось вмешиваться. Елизавета поручила своему посланнику пообещать Марии защиту и пригрозить дворянам суровым наказанием, если они причинят вред королеве. Нокс призвал казнить Марию и предсказал, что Бог наслал на Шотландию великую чуму, если Мария будет пощажена.45 20 июня лорды закрепили ларец с письмами. Она обратилась в парламент с просьбой о слушании дела; парламент отказал ей, сославшись на то, что письма в достаточной степени разрешили ее дело. 24 июля она подписала свое отречение от престола, и Мюррей стал регентом ее сына.
