Елизавета приказала перенести судебное разбирательство в Вестминстер. Там Мюррей представил Ларец писем на рассмотрение ее Совета. Мнения о подлинности документов разделились, но Елизавета постановила, что не может принять Марию, пока подлинность не будет опровергнута. Мария попросила показать ей письма, либо оригиналы, либо копии; члены комиссии отказались, и Мария так и не увидела ни копий, ни оригиналов.51 Комиссия распустилась, не объявив о своем решении (11 января 1569 года); Мюррей был принят Елизаветой, а затем вернулся в Шотландию с письмами; Мария, разгневанная и непокорная, была переведена под более строгую опеку в Татбери на Тренте. Иностранные правительства выразили протест; Елизавета ответила, что если бы они видели доказательства, которые были представлены комиссии, то сочли бы ее обращение с Марией скорее мягким, чем суровым.52 Испанский посол посоветовал Филиппу вторгнуться в Англию и пообещал сотрудничество католической северной Англии. Филипп скептически отнесся к такой помощи, и Алва предупредил его, что Елизавета может приказать убить Марию при первых признаках вторжения или восстания.
Восстание пришло. 14 ноября 1569 года графы Нортумберленд и Уэстморленд во главе повстанческой армии из 5700 человек вошли в Дарем, свергли совет англиканского причастия, сожгли Книгу общей молитвы, восстановили католический алтарь и отслужили мессу. Они планировали броситься в Татбери, чтобы освободить Марию, но Елизавета помешала им, переведя Марию в Ковентри (23 ноября 1569 года). Граф Сассекс с армией, состоящей в основном из католиков, быстро подавил восстание. Елизавета приказала повесить всех захваченных мятежников и их попустительских слуг, причем «тела нельзя было снимать, они должны были оставаться, пока не развалятся на куски там, где их повесили».53 Так было казнено около шестисот человек, а их имущество было конфисковано короной. Нортумберленд и Уэстморленд бежали в Шотландию. В феврале 1570 года Леонард Дакрес возглавил еще одно восстание католиков; он тоже потерпел поражение и бежал через границу.
В январе 1570 года Нокс написал Сесилу письмо, в котором советовал ему немедленно отдать приказ о смерти Марии, поскольку «если вы не ударите по корню, то ветви, которые кажутся сломанными, распустятся снова».54 К этому времени он закончил свою «Историю реформации религии в Шотландии» — книгу, не претендующую на беспристрастность, повествование неточное, но яркое и жизненное, стиль причудливый и идиоматичный, острый на язык проповедника, называвшего шлюху шлюхой. Горький человек, но великий человек, построивший свою мечту о власти более полно, чем Кальвин, ненавидящий всей душой, сражающийся мужественно, до последней капли расходующий невероятную энергию упорной воли. К 1572 году он выбился из сил. Он больше не мог ходить без поддержки, но каждое воскресенье ему помогали добраться до кафедры в церкви Святого Джайлса. 9 ноября 1572 года он проповедовал в последний раз, и все прихожане проводили его до дома. Он умер 24 ноября в возрасте шестидесяти семи лет, почти таким же бедным, как и родился; он «не делал купли-продажи из Слова Божьего». Он оставил потомкам право судить его. «Чем я был для своей страны, пусть этот неблагодарный век и не узнает, но грядущие века будут вынуждены свидетельствовать об истине».55 Немногие люди оказывали столь решающее влияние на убеждения народа; немногие из его времени сравнялись с ним в поощрении образования, фанатизма и самоуправления. Он и Мария разделили между собой душу Шотландии: он — Реформацию, она — Ренессанс. Она проиграла, потому что не знала, подобно Елизавете, как их поженить.
