В 1596 году он отправился с Эссексом, помог взять Кадис, а в 1597 году снова отправился с ним на Азорские острова и в Испанию. Вернувшись в Англию, он нашел хорошее место в качестве секретаря сэра Томаса Эгертона, лорда-хранителя Большой печати; но он сбежал с племянницей лорда-хранителя, женился на ней (1600) и решил содержать ее поэзией. Дети появлялись так же легко, как и рифмы; часто он не мог их прокормить или одеть; здоровье его жены подорвалось; он написал защиту самоубийства. Наконец Эгертон смирился и выслал семье пособие (1608), а в 1610 году сэр Роберт Друри предоставил им квартиру в своем особняке на Друри-Лейн. Год спустя сэр Роберт потерял единственную дочь, и Донн анонимно опубликовал в качестве элегии по ней свою первую большую поэму «Анатомия мира». Смерть Элизабет Друри он расширил до разложения человека и вселенной:
Он скорбел, видя, «как хромает и калечится» эта Земля, некогда бывшая сценой божественного искупления, а теперь, согласно новой астрономии, являющаяся лишь «окраиной» мира. В одном настроении он превозносил «священный голод науки», в другом — задавался вопросом, не погубит ли наука человечество:
И тогда он обратился к религии. Постоянные болезни, зловещая смерть друга за другом привели его к страху Божьему. Хотя его разум все еще сомневался в теологии, он научился не доверять разуму как еще одной вере, и решил, что старое вероучение должно быть принято без дальнейших споров, хотя бы для того, чтобы принести душевный покой и безопасность хлеба. В 1615 году он стал англиканским священником; теперь он не только читал проповеди в мрачной и волнующей прозе, но и сочинял некоторые из самых трогательных религиозных стихов на английском языке. В 1616 году он стал капелланом Якова I, а в 1621 году — деканом собора Святого Павла. Он никогда не публиковал эротическую лирику своей юности, но позволял копиям распространяться в рукописях; теперь он «сильно раскаивается, — сообщал Бен Джонсон, — и стремится уничтожить все свои стихи».60 Вместо этого он написал «Священные сонеты» и, насвистывая в темноте, бросил вызов смерти:
В 1623 году, оправившись от тяжелой болезни, он записал в своем дневнике знаменитые строки: «Смерть любого человека уменьшает меня, потому что я причастен к человечеству; и поэтому никогда не посылаю узнать, по ком звонит колокол; он звонит по тебе».62 В первую пятницу Великого поста 1631 года он встал с больничной койки, чтобы произнести то, что люди вскоре назовут его похоронной проповедью; его помощники пытались отговорить его, видя, как (по словам его преданного друга Изаака Уолтона) «болезнь оставила ему только столько плоти, сколько покрывало его кости».63 Произнеся свою проповедь, красноречиво свидетельствующую о воскресении, и «преисполнившись радости от того, что Бог дал ему возможность исполнить этот желанный долг, он поспешил в свой дом, из которого не выходил, пока… благочестивые люди не отнесли его в могилу».64 Он умер на руках своей матери, терпеливо переносившей его грехи и с любовью слушавшей его проповеди, 31 марта 1631 года.