Едва Земский собор утвердил указ об опричнине, как правительство Басманова приступило к разгрому княжеско-боярской оппозиции1140. В первую очередь оно подвергло преследованиям князей Оболенских, игравших выдающуюся роль в думе в период Избранной рады. В феврале 1565 г. царь велел заточить в монастырь князя Д.И. Ерша-Немого1141. Боярин Ерш был одним из высших командиров русской армии и родственником царя1142. С заточением его пресекся род князей Телепневых, одна из главнейших ветвей Оболенского княжеского дома. В феврале 1565 г. были убиты знатные воеводы князья И.И. Кашин и Д.Ф. Щепин-Шевырев. Шевыреву уготована была самая мучительная казнь. Его посадили на кол1143. Передают, будто Шевырев умер не сразу и «аки не чювши муки тоя лютыя (что в общем весьма сомнительно. –
В начале опричнины аресту подвергся боярин князь B.С. Серебряный-Оболенский, прославленный воевода, сыгравший выдающуюся роль при взятии Юрьева и Полоцка. Но он пробыл под арестом недолго: не прекращавшиеся ни на один день военные действия вынудили правительство освободить его на поруки. За опального князя не поручился ни один член Боярской думы. Он не нашел необходимого числа поручителей даже среди дворян и должен был воспользоваться услугами московского купечества1153. Этот единственный в своем роде случай свидетельствовал о том, что былому могуществу Оболенских пришел конец.
Опричнина как бы мимоходом завершила разгром боярского рода князей Оболенских. Но её главные удары обращены были не против них, а против суздальской знати: князей Суздальских – Шуйских и их родичей.
Старшее поколение Суздальских князей, выдвинувшееся в годы боярского правления, почти целиком сошло со сцены к середине 60-х годов. Единственным его представителем оставался боярин князь А.Б. Горбатый, выдающийся воевода, стяжавший славу завоевателя Казани. Участник боярских смут 40-х гг., он был одним из главных покровителей Сильвестра в последующее время. После отставки Сильвестра Горбатый стал признанным вождем оппозиции в Боярской думе. Царь потребовал головы непокорного боярина на первом же совещании с думой, посвященном вопросу об учреждении опричнины. После провозглашения опричнины он приказал казнить Горбатого и его пятнадцатилетнего сына1154. Младший родственник Горбатых князь А.И. Нохтев-Суздальский, получивший боярский чин за несколько лет до опричнины и никогда не пользовавшийся большим влиянием, был вскоре же переведен на службу в Старицкий удел. Прочие Шуйские были ко времени опричнины людьми совсем молодыми, за исключением одного лишь князя И.А. Шуйского1155. В силу знатности и успешной военной карьеры И.А. Шуйский мог претендовать на получение боярского чина в первую очередь. Однако правительство не доверяло ему и в течение многих лет отказывалось допустить его в Боярскую думу. Царь проявлял крайнюю подозрительность по отношению к Шуйским, свидетельством чему служит следующий эпизод. Во время службы Шуйского в Смоленске в Литву сбежал один из его холопов. Узнав об этом, царь, не мешкая ни часу, отстранил воеводу от дел и «свел» в Москву1156. Только после падения правительства Басманова князь И.А. Шуйский с большим запозданием получил боярство и в 1571 г. вошел в земскую Боярскую думу1157.
Казнив боярина кн. А.Б. Горбатого, царь не только обезглавил род Суздальских князей, но и добился полного изгнания Шуйских из Боярской думы в первые же месяцы опричнины.
Крупной политической мерой, направленной против суздальской знати, явилось зачисление в опричнину древнейшего политического центра Северо-Восточной Руси города Суздаля с уездом. Как отметил С.Б. Веселовский, из всех опричных уездов только в Суздальском и Можайском было некоторое количество старых вотчинных земель1158. Однако он утверждает, будто вотчинные владения Суздальских князей в Шуе и Суздале были незначительны1159. Неизвестно, пишет он, были ли вотчины в Суздале у князей Горбатых, нет никаких сведений и о землевладении князей Шуйских1160.