28 августа 1941 года в 5:00 вместе с эсминцами арьергарда был направлен в Минную гавань столицы советской Эстонии для эвакуации защитников города. В 16:00 того же дня в составе эскадры, сформированной близ острова Нарген, начал движение от северной части острова. Вначале в голове строя шли пять тральщиков, далее ледокол, эсминец «Яков Свердлов», следом крейсер «Киров», подлодка и лидер эсминцев «Ленинград». Позже «Свердлов» получил приказ перейти на позицию 60° (чуть впереди) по левому борту «Кирова».
Последующие события были хорошо описаны командиром корабля капитаном 2 ранга Спиридоновым в рапорте:
Подходя «к своему месту», я был огорошен событиями, чередующимися с молниеносной быстротой – с одного из тральщиков получен семафор: «У вас плавающая мина на носу. Уклонитесь». Сигнальщик левого борта докладывает: «Слева 60 градусов перископ подводной лодки». Обнаружив перископ в расстоянии 8 кабельтовых, я приказал старшему лейтенанту Орлову открыть огонь. Одновременно отдал приказание об изготовлении бомб и уже принял решение идти на лодку с целью таранить её и бомбить, как вдруг сигнальщик правого борта доложил: «Киров» застопорил ход». Оглянувшись, я обнаружил, что крейсер «Киров», двигаясь на самом малом ходу, спустил на беседку краснофлотца, который резал автогеном тралящую часть минного защитника. В это же время командир отделения сигнальщиков доложил: «Слева след торпеды». Обнаружив в 2–3 кабельтовых след торпеды, я понял, что больше сделать ничего не могу, как только пожертвовать миноносцем. Кроме того, если я даже хотел уклониться от неё, то я ничего предпринять в данном положении не мог; это мне было известно, как бывшему начальнику кафедры торпедной стрельбы.
Дальнейшие события засвидетельствовали не только моряки, спасшиеся со «Свердлова», но и находившимися на вахте моряки главного крейсера «Киров» под бортом которого это практически произошло. Как пишет сигнальщик с «Кирова» Александр Панасенко, «Яков Свердлов» поднял сигнал «торпеда слева» и дал звуковой сигнал сиреной», после чего увеличил ход и с разворотом влево принял торпеду на себя. Таким образом, ценой своей гибели эсминец своим корпусом спас крейсер: если бы «Свердлов» не подставил борт под торпеду, то «Киров» скорее всего тоже затонул или был сильно поврежден.
Так родился миф о героической гибели эсминца, спасшего такой ценой флагманский корабль эскадры кораблей. Однако в ходе последующих исследований и в том числе осмотра самого эсминца. В начале лета 2018 года в указанный историком район Финского залива вышло исследовательское судно «Yoldia» с российскими и финскими водолазами на борту. 16 июня 2018 года в районе мыса Юминда на глубине 75 метров водолазы обнаружили две части корпуса эсминца: носовую – перевёрнутую вверх килем, и кормовую с орудиями и надстройкой, лежавшую на ровном киле. На корме сохранился герб СССР и чётко читаемое название корабля «Яков Свердлов». На кормовой палубе водолазы сфотографировали три 102-миллиметровых орудия главного калибра, а также характерную для этого эсминца надстройку с запасным штурвалом и машинным телеграфом. По характерным повреждениям удалось установить, что корабль погиб не от торпеды подводной лодки, а от мины. Действовать в таком районе, напичканном минами, никакая подводная лодка просто действовать не смогла бы.
Командиры:
капитан 2 ранга Д. Н. Вердеревский (1911 год – 20 января 1914 года)
капитан 2 ранга П. П. Палецкий (20 января 1914 – 27 апреля 1915 года)
капитан 2 ранга М. А. Беренс 2-й (27 апреля 1915 – 28 ноября 1916 года)
капитан 2 ранга А. К. Пилкин (28 ноября 1916 года – 1917 год)
военмор Н. Ю. Рыбалтовский 1918-?
военмор А. М. Лавров?
военмор И. П. Шабельский (26 мая 1927 – 13 января 1931 года)
военмор Капустин Андрей Степанович (10.1933-01.1934)
военмор В. И. Иванов (1934 год)
военмор В. Ф. Трибуц (декабрь 1934 декабрь 1936 года)
военмор Евсеев Александр Куприянович (12.1936–1938)
капитан 2 ранга А. М. Спиридонов (1940 год – август 1941 года).
В ходе подрыва корабля на мине 28 августа 1941 года погибли 116 человек команды:
1. капитан-лейтенант Богданов Анатолий Александрович – командир БЧ-1
2. инженер капитан 3 ранга Чекаленко (Чепкаленко) Лев Григорьевич – командир БЧ-5 (Ленинград)
3. младший политрук Топориков Федор Иванович – военный комиссар БЧ-5 (Ленинград)
4. техник интендант 2 ранга Вылуск Яков Семенович – начальник службы снабжения
5. капитан Панкратов Петр Григорьевич – начальник связи 71 АП, 1908 года, Орловская область, д. Александровка
6. краснофлотец Абакумов Сергей Логинович – машинист котельный (Ярославская область)
7. краснофлотец Александров Климентий Александрович – машинист (Ленинградская область)
8. краснофлотец Алешин Иван Григорьевич – ученик марсового (Курская область)
9. краснофлотец Апаев Георгий Макарович – радист (Баку)
10. краснофлотец Барышников Георгий Иванович – марсовый (Майкоп)
11. краснофлотец Батов Евгений Иванович – ученик рулевого (Архангельск)
12. краснофлотец Беликов Георгий Семенович – минер (Киев)
