Напротив, Немецкому ордену удалось предотвратить разграбление Пруссии, а затем и Ливонии, где владения ордена были секуляризованы в 1561 году. Кроме того, когда прочие владения — в частности, в Южной Европе — были утрачены, ордену все же удалось сохранить и упрочить их большую часть в империи. Орден был реорганизован. Положение по окончании кризиса позволило Немецкому ордену в империи под руководством правящих из Мергентхайма верховного и немецкого магистров не только сохранить свои владения до секуляризации в эпоху Наполеона. Владения ордена, как и прочие владения монастырей и знати, были неотделимы от империи, и после преодоления последствий Тридцатилетней войны его экономика, как и многих упомянутых мелких владений, успешно развивалась. Барочные замки ордена в Майнау, Альтсхаузене, Эллингене, Мергентхайме и прочих центрах — зримое подтверждение его благоденствия. Когда эти территории были секуляризованы и объединены с Баденом и Вюртембергом, то, естественно, стерлись политические границы, которые в XIX веке могли бы помешать социально-экономическому развитию. Но во время секуляризации исчезли не политические границы, а господствовавшие политические отношения.
И все же эволюция с 1525 года и до эпохи Наполеона кажется такой убедительной, что вполне объясняет дальнейшее пребывание ордена в том регионе, который традиционно давал почти всех его магистров, тем более при поддержке императора из династии Габсбургов. На самом деле положение ордена после секуляризации 1525 года было на редкость шатким, и его вполне могли упразднить, — к тому же его владения были разбросаны по всей империи.
Лишь одна их часть в Европе была подвластна немецкому магистру и являла собой его «государство». Напротив, управляемые земельными комтурами баллеи продолжали сохранять самостоятельность, тем более что традиционно пополнявшие орден сыновья аристократов привычно взирали на соседние дома ордена как на коллективную собственность и что в XV веке соседним территориальным князьям удавалось присоединять баллеи к своим компактным территориям, так что земельные комтуры в конце концов стали не столько ответственными лицами ордена в его регионах, сколько прелатами территорий. Порой с ними обращались как с представителями сидящего на земле рыцарства. Примером тому — включение баллея Боцен (Больцано) в графство Тироль, результатом которого стало ограничение возможностей не только немецкого магистра, но и самого верховного магистра, ибо Боцен, как и Кобленц, Австрия и (с конца XIV века) Эльзас-Бургундия принадлежали к так называемым камер-баллеям верховного магистра, занимая третье место среди владений Немецкого ордена в империи после государства немецкого магистра и баллеев.
Стремление к консолидации ордена имело не в последнюю очередь цель сохранить для себя баллеи в империи, до тех пор подвластные верховному магистру. Но прежде следовало ответить на вопрос, кто же займет место ушедшего верховного магистра. Немецкий магистр потребовал, сославшись на (фальсифицированные) статуты Вернера фон Орзельна, признать себя временно исполняющим обязанности главы ордена. Представители подвластных верховному магистру баллеев выступали за избрание нового верховного магистра, исполняющего свои обязанности наряду с немецким магистром. Но избрание нового верховного магистра означало бы признание утраты Пруссии. Однако избранному в 1526 году новому немецкому магистру Вальтеру фон Кронбергу лишь с большим трудом удалось обрести то, чего добивался еще его предшественник, — быть признанным орденом и империей в качестве главы ордена на посту верховного магистра. При этом все решила не столько расстановка сил внутри ордена, сколько то, что в 1527 году император Карл V оказался готовым порекомендовать Вальтера фон Кронберга на руководящий пост. Впрочем, он получил императорскую грамоту только через девять месяцев. Споры о том, на что будут направлены средства, обещанные императором и находившимся при принятии решения посредником, затянулись по причине затруднительного финансового положения немецкого магистра.
