Здесь священники ордена быстро расстались со старой верой и орденом, и на этом он, во всяком случае в Тюрингии, так сказать, развалился. Вместе с братьями священниками исчезли получаемое за мессы и исповеди доходы, на которые орден в Тюрингии в основном и жил. В 1539 году тюрингский капитул ордена решил отказаться от «глупых (орденских) обетов». У ордена осталось только три комтурства в Тюрингии и шесть в Саксонии, в которых ютилось небольшое число рыцарей евангелической Церкви. К концу 1801 года, то есть незадолго до почти полного упразднения ордена, в Тюрингии жил один рыцарь, а в Саксонии их было шесть. Впрочем, тогда это были не самые низкие показатели и Саксония была еще одним из крупных баллеев. Во всем ордене насчитывалось всего 60 рыцарей.
Позволим себе лишь наметить путь, пройденный с XVI до начала XIX века и закончившийся роспуском ордена в эпоху Наполеона.
Несмотря на потери, которые после утраты Пруссии и Ливонии давали знать о себе и в XVI веке, ордену удалось сплотиться и реорганизоваться. Это особенно заметно в приобретении франконским комтурством Мергентхайм статуса резиденции верховного магистра и главного города региона, непосредственно подчиненного верховному магистру, а также (в иной степени) центра ордена. Хотя неизменные притязания на Пруссию, а значит, и на резиденцию верховного магистра в Кёнигсберге, долгое время не позволяли объявить Мергентхайм резиденцией верховного магистра и он был чем-то вроде Бонна, на время ставшим столицей ФРГ, это ни в коем случае не мешало учреждению необходимых центральных ведомств, но в Мергентхайме, естественно, в скромных размерах, как и пристало малой территории начала Нового времени.
Таким образом, в Мергентхайме точно так же, как и на других территориях того времени, действовали в качестве высших ведомств надворный совет и надворная палата со своими функционерами. Эти светские должностные лица повсеместно захватывали управление территорией Немецкого ордена, в чем и заключалось отличие власти Мергентхайма от управления владениями ордена самими братьями. И все же уже в Пруссии, по крайней мере с начала XV века и прежде всего при дворе верховного магистра, то есть в центральной администрации, оплачиваемые функционеры светского или духовного происхождения, которые вовсе не были братьями ордена, начинали все более активно участвовать в его управлении. В Мергентхайме духовными делами ордена в инкорпорированных и свободных от надзора епископов приходах занимался монастырский совет — третье центральное ведомство. Это была не только простая необходимость, но и признак того, что консолидация власти ордена проходила как во внутриполитической, так и в церковной сфере. Не забудем, что Немецкий орден затронула католическая реформа второй половины XVI века. В 1606 году в Мергентхайме была открыта семинария.
В каком-то смысле возврат к монашеским обычаям несравним с реформой ордена, возвращавшей его тогда же к изначальным военным задачам. Правда, как и в XV веке, орден порывался укрепиться на границе с язычниками, чтобы постоянно вести оборону каждого участка боевых рубежей. И все же в 1606 году новый устав ордена делал упор на срочную воинскую службу молодых рыцарей, которым полагалось прослужить три года на венгерской границе или в других местах. Только тогда им могли доверить комтурство и предоставить достойное их социального статуса довольствие, что ныне, как и десятки лет назад, было целью вступавших в орден братьев рыцарей. Как и в XV веке, Немецкий орден стал поистине «госпиталем немецкой знати», и, как и тогда, эта формулировка не содержала никакого пересмотра ранней истории ордена, но констатировала неизменный, безусловный порядок вещей, оправдывавший действия ордена в критической ситуации. В 1696 году был учрежден собственный полк верховного и немецкого магистров, в котором рыцари Немецкого ордена, естественно, служили только как офицеры. Нередко они несли службу в иностранных военных подразделениях, а некоторые выступали администраторами правителей, главным образом — императора.
В 1590 году эрцгерцог Максимилиан стал первым Габсбургом на посту верховного магистра. С 1641 года этот пост занимали преимущественно представители императорской династии. В 1732–1761 годах во главе ордена стоял Климент Август: епископ Падерборна, Мюнстера, Хильдесхайма и Оснабрюка и одновременно архиепископ Кёльнский. Как и при Фридрихе Саксонском и Альбрехте Бранденбургском, верховный магистр вновь стал одним из Духовных князей. Этот пост занимали предназначенные к служению Церкви представители знатных правящих династий, тем самым обретая возможность дорасти до высшего духовного сана.
