13 апреля 1204 года Константинополь был захвачен рыцарями Четвёртого крестового похода, которые его сожгли и практически полностью разорили. Город стал столицей Латинской империи крестоносцев, в котором экономическое господство перешло к венецианцам. В Константинополе был произведён своеобразный раздел храмов между католической и православной церквями. Из 300 городских церквей около 250 было сохранено за православными, 7 перешло венецианцам, около 30 — французам, 2 храма стали императорскими. Существовали также храмы, которые находились в совместном использовании как православных, так и католиков. На столице Латинской империи сказались финансовые проблемы её правителей. В городе прекратилось городское строительство, его стены ремонтировались только частично. В городе проходил процесс отстраивания храмов или возведения их на месте прежних, но происходило это не часто. Вместо Константинополя греки создали Никейскую империю, крупнейшую и самую жизнеспособную из средневековых греческих государственных образований; её императоры продолжали считать себя настоящими правителями Византии (Романи́и), а официальным названием государства было Римское (ромейское) царство, Никея играла в ней лишь роль важнейшей военной крепости. Правители при этом проводили бо́льшую часть времени в эгейских резиденциях Нимфея, а монетный двор и казна располагались в Магнезии. Империя несколько десятилетий вела успешные войны на два фронта: на западе — с латинянами, болгарами и Эпирским деспотатом; на востоке ей приходилось сдерживать расселение турок из Конийского султаната на запад Малой Азии. Для этого здесь сложилось особое сословие военных поселенцев, получившее название акриты. Главной целью Никейской империи была реставрация Византии и возвращение Константинополя. Пока эти цели не были достигнуты, Никейская империя была весьма военизированным и довольно жизнеспособным греческим государством.
Идеология Никейской империи, а также её постоянная конкуренция с итало-французскими (собственно романскими) государствами сыграла важную роль в постепенной трансформации национального самосознания греков. В отличие от Византии, правители которой долгое время пытались представить себя как некое аморфное романо-греческое государство, идеология Никейской империи имела узкую греческую направленность. Хотя названия
Феодор Ласкарис был наиболее видным претендентом на престол потому, что стоял в родстве с династией Ангелов и уже был избран царём в Константинополе, перед самым его падением. Избранный в патриархи Михаил Авториан в 1208 году торжественно короновал Ласкариса императорской короной. В Никею со всех концов империи стали прибывать представители православного духовенства, служилого и поместного сословия, чтобы искать защиты под державой Ласкариса и принести свои силы на служение национальному делу. Наиболее опасным врагом Ласкариса был Алексей Великий Комнин, создавший в Трапезунде такую же империю, какая основалась в Никее. Однако Ласкарис разбил высланное против него трапезундское войско и устранил соперников, выставленных против него султаном иконийским в лице Маврозома и Манкафы.
Так как Никейская империя одинаково угрожала и латинянам, и сельджукам, то составился союз Иконии и Константинополя против никейского императора. Султан иконийский требовал от Ласкариса, чтобы он уступил власть законному царю, бывшему императору Алексею III. Но под Антиохией на Меандре греки нанесли сильное поражение сельджукам, причём Алексей III попался в плен и был заключен в монастырь. Таким образом, Ласкарис присоединил к своим владениям Антиохию в 1211 году.
В 1214 году между Никейской империей и латинским императором был заключен мирный договор, по которому за латинянами осталась в Азии узкая полоса от Никомедийского залива к Чёрному морю, границы же Никейской империи с одной стороны обозначены были Никомедийским заливом, с другой — Кизиком и Эгейским морем. Со стороны иконийского султаната к Никее отошли области до верховьев Сангария и Большого Мендереса (в прошлом —
Этот мир продолжался и по смерти Генриха в 1216 году и был скреплён браком между Ласкарисом и Марией, дочерью Иоланты, императрицы Латинской империи.
Никейский император был в бешенстве, узнав, что Русь вышла из под власти Вселенского Патриарха. Мануил Первый, к которому обратился император, развел руками — Увы! Но мы сами виноваты, потеряв Константинополь и часть земель! Мы показали свою слабость вот Русь и решила выбрать своего Патриарха.
— Они осмелились на Великого князя надеть царскую корону! — неистовствовал Ласкарис. — Они объявили этого Варяга русским Василевсом! Это не лезет ни в какие ворота!
