Двадцать четвертого декабря 1940 года с Филби восстанавливает связь новый советский резидент в Лондоне — А. В. Горский. Он понимает: работа в школе Филби как разведчику неинтересна, и с его согласия Филби, договорившись с нужными людьми, переходит на оперативную работу. Среди этих нужных людей — друг его отца Валентин Вивиан, заместитель директора СИС по внешней контрразведке. Филби получает должность руководителя испанского сектора СИС, ведущего контрразведывательную работу в Испании, Португалии и североафриканских владениях Франции. Сектор должен был противостоять проникающим в Англию с этих территорий иностранным разведкам.
Филби занимается немецкой агентурой на Пиренейском полуострове. Среди прочего он получает доступ к информации, необходимой для советской разведки, в том числе к дешифрованным телеграммам абвера. Тогда же ему удалось добыть первую информацию о попытках контактов британской разведки и Канариса. Позднее, в 1941 году, он же получит информацию о сепаратных переговорах союзников с немцами.
Добросовестность, трудолюбие и аналитические способности Филби были оценены, и он быстро продвигается по службе. Его сослуживцами и приятелями были Ян Флеминг и Грэм Грин. Филби до конца своих дней сохранил с Грином дружеские отношения.
На новом посту Филби смог добывать для русских разнообразную и чрезвычайно ценную информацию. Чтобы ее пополнять и уточнять, он использовал как свою должность, так и общение с многочисленными коллегами по СИС, а также контакты с сотрудниками МИ-5, министерства иностранных дел и сотрудниками американской разведки.
Обычно информация поступала, так сказать, рутинная: различные аспекты деятельности английской разведки. Однако бывали и неожиданные находки вроде дешифрованной телеграммы немецкого посла в Токио Риббентропу о выступлении Японии против Сингапура.
В августе 1943 года Филби повысили — он стал руководителем сразу нескольких отделений: обслуживающего Пиренейский полуостров, ведущего контрразведывательную разработку немецкой разведки на территории Германии, Польши, Чехословакии и поддерживающего связи эмигрантского правительства в Лондоне с польской контрразведкой. Он также обеспечивал с контрразведывательной точки зрения все военные операции союзников, проводимые Эйзенхауэром, и поддерживал связи между отделом контрразведки СИС и МИД Англии.
В ноябре 1944 года Филби стал начальником 9-го отдела (секции) «по борьбе с коммунизмом». Пятнадцать кодошифровальщиков работали над перехватами дипломатических телеграмм СССР и коммунистических организаций. С приходом Филби отдел выделили в самостоятельное подразделение, но в работе он тесно контактировал с отделом контрразведки и пользовался его агентурно-оперативными возможностями. Какое-то время Ким даже имел доступ к сейфу начальника отдела контрразведки.
В 1942 году в Центре вдруг стали рассматривать всю информацию, идущую от Филби и его «пятерки», как дезинформацию, а самому Филби стали меньше доверять. Почему? Причин было несколько. Во-первых, среди тех, кто с самого начала работал с ними, были «иностранный шпион» Малли и невозвращенец Орлов. Во-вторых, в 1942 году Филби не предоставил информацию о работе СИС в СССР, то есть «подозрительно преуменьшал значимость работы английской разведки против нас».
Таким же оставалось отношение к Филби и в 1943 году. В письме Центра в резидентуру от 25 октября 1943 года значилось: «…[мы] пришли к выводу, что они (т. е люди Филби и он сам) известны СИС и контрразведке, работают по их указаниям и с их ведома… Невозможно также допустить, чтобы СИС и контрразведка могли доверить такую ответственную работу и на таких ответственных участках лицам, причастным в прошлом к партийной и левой деятельности, если эта деятельность не проводилась с ведома этих органов».
Однако глубокий анализ переданной Филби и другим членам «пятерки» в 1944–1945 годах информации позволил убедиться в том, что предательства не было. Подлинность информации была подтверждена документальными материалами, полученными разведкой СССР благодаря другим оперативно-техническим и агентурным возможностям. В июле 1944 года за плодотворную работу от имени наркома госбезопасности Киму Филби была объявлена благодарность. Отношение к нему и его группе сразу изменилось. А в 1945 году ему была назначена пожизненная пенсия.
К сожалению, в 1948 году опять появились слухи о том, что Филби передает ложную информацию и что он работает против СССР, но довольно быстро они сошли на нет.
Ким Филби достиг цели, которую ему поставила советская разведка в самом начале его деятельности: он стал не просто сотрудником английской разведки, но одним из ее руководителей.
