1 сентября 1939 года произошло нападение Германии на Польшу, а 4 сентября Нидерланды объявили о своем строгом нейтралитете, что вполне устраивало немецких оккупантов. Однако уже 10 мая 1940 года Германия атаковала Нидерланды и Бельгию. Армия Нидерландов состояла всего из 10 дивизий и почти не имела танков и поэтому, несмотря на проявленное упорство, смогла оказать лишь весьма слабое сопротивление.
Стремясь принудить Нидерланды к капитуляции, немецкая авиация 14 мая нанесла удар по Роттердаму, разрушив центр города со многими историческими зданиями. На город сбросили 97 тонн бомб, и при бомбардировке погибло около 1000 человек. 78 000 жителей города остались без крова.
13 мая королевская семья и правительство эвакуировались в Великобританию, а 15 мая, чтобы избежать дальнейших потерь, Нидерланды капитулировали. Также эвакуировались большая часть ВМФ Нидерландов и некоторые военные подразделения. Были вывезены значительные ценности и большая часть торгового флота.
Политика нейтралитета не спасла Нидерланды от Второй мировой войны. 10 мая 1940 года гитлеровские войска вторглись в Нидерланды. Голландская армия пыталась оказать сопротивление, но силы были неравными. Стремясь склонить Нидерланды к скорейшей капитуляции, немецкая авиация нанесла массированные удары по Роттердаму, в результате чего историческая часть города была стерта с лица земли. Чтобы избежать дальнейших жертв, 15 мая 1940 года правительство Нидерландов заявило о капитуляции страны. За два дня до этого королевская семья и премьер-министр перебрались в Лондон. Нидерланды испытали на себе нацистский «новый порядок». Началось преследование неугодных нацистскому режиму. На территории Нидерландов нацистами были построены концентрационные лагеря Вестерборк и Герцогенбуш.
По сути, нидерландская армия продержалась всего 40 дней. Королева Вильгельмина создала в Лондоне правительство в изгнании, а главы министерств, оставшиеся в стране, сформировали свое альтернативное правительство. Вскоре Гитлер распорядился о создании немецкой гражданской администрации во главе с комиссаром Рейха Артуром Зейсс-Инквартом. По мнению некоторых историков, Гитлер считал голландцев родственным народом, относящимся к «нордической расе». Именно поэтому управлять Нидерландами он назначил не военного, а штатского чиновника.
В годы оккупации многие нидерландцы уходили в подполье, борясь против нацистов. Королева Вильгельмина по подпольному радио из Лондона обращалась к своим соотечественникам, призывая их оказывать сопротивление нацистам и верить в скорую победу.
В начале войны в стране жили около 140 000 евреев, подвергшихся преследованиям с началом немецкой оккупации.
В сентябре 1940 года почти все еврейские газеты были закрыты, а в ноябре все евреи были уволены с государственной службы, включая Людвика Эрнста Виссера, президента Верховного суда Нидерландов. Вскоре немцы начали «аризацию», приказав всем еврейским предпринимателям зарегистрировать свои предприятия. В январе 1941 года правительство распорядилось о регистрации и самих евреев.
В течение 1941 года положение евреев резко ухудшилось. Один из руководителей СС Рейнхард Гейдрих создал в Нидерландах Центральное бюро еврейской эмиграции. Евреям было запрещено появляться в общественных местах, для них были введены комендантский час, ограничения на перемещения, посещение школ и университетов, а с апреля 1942 года было приказано носить отличительный знак. Началось массовое расхищение произведений искусства и прочей собственности евреев.
