Когда в июне 1846 года Костомаров был избран на кафедру русской истории университета, прочитав пробную лекцию на заданную тему, Тарас Григорьевич был первым, с кем он поделился своей радостью. «Выходя из университета, на пустыре, отделявшем тогда университет от Старого города, я встретил Тараса Григорьевича; мы пошли с ним вдвоем городом, и Шевченко, выразив мне свою радость по поводу того, что радовало меня тогда, запел песню про казака, который обвенчался с девушкой, не зная, что эта девушка была его сестра, и затем оба превратились в двухцветный цветок, по-малорусски „брат-и-сестра“, а по-русски „Иван-да-Марья“. Мимо нас проходили прохожие, но Шевченко, не обращая внимания на то, что происходило вокруг, выводил свою песню чуть ли не во все горло. Это был пароксизм странности, что напоминало давних запорожцев».
Вскоре после этого Костомаров выехал из Киева на отдых в Одессу, а Тарас Григорьевич отправился с профессором Иванишевым раскапывать какую-то могилу. По возвращении из Одессы, в сентябре, Николай Иванович сменил квартиру, перейдя в Старый город. Вернулся из своей поездки и Шевченко и пришел к нему на новоселье с подарком: это был старый череп из разрытой могилы. Николай Иванович поставил его у себя на полке книжного шкафа. Осенью 1846 года они виделись не так часто, как раньше, потому что Николай Иванович был очень занят подготовкой лекций, которые читал в университете, а Тарас Григорьевич, поселившись довольно далеко от Костомарова со своим товарищем Сошенко, художником, был занят своей работой. Так было до зимних каникул, когда у Костомарова свободного времени стало побольше.
В первый день праздника Рождества Христова произошло событие, о котором уже говорилось, приведшее к печальным последствиям в судьбах Костомарова и Шевченко. Вечером в этот день они собрались у общего приятеля Николая Ивановича – Гулака, молодого человека, очень образованного и чрезвычайно симпатичного. Говорили о делах славянского мира, высказывали надежды на будущее объединение славянских народов в одну федерацию государственных обществ, и Костомаров при этом развивал мысль о том, как было бы хорошо учредить ученое славянское общество, которое бы имело широкую цель наладить взаимосвязь между разрозненными славянскими народами. Эти рассуждения были подслушаны соседом, жившим через стену, и он написал донос в Тайную полицию.
Не подозревая о надвигающихся неприятностях в его судьбе, вызванных доносом, Н. Костомаров намеревался купить недалеко от Киева дачу. Узнав, что в местечке Бровары продается участок земли, десятин на сто, с барской усадьбой, отправился туда, пригласив с собой Шевченко. «Мы нашли в усадьбе, – вспоминал Николай Иванович, – находившейся в вышеупомянутом городке, двух пожилых дам, из которых одна оказалась хозяйкой и владелицей участка, который продавался. Мы провели там полдня до сумерек. Уголок этот мне понравился, и я тогда же договорился о цене, но, не помню, через какие-то вопросы, связанные с документами на владение, пришлось отложить осуществление купчей до весны. Возвращаясь обратно в Киев, мы чуть не утонули. Пошли напрямик по льду через Днепр, а перед тем была продолжительная оттепель, и лед местами начал покрываться водой. Было темно, и мы, сбившись с дороги, попали в прорубь, но, к счастью, там было мелко, и закончилось все тем, что мы, ужасно промокши, прибыли домой, чуть двигаясь от холода. Только молодость и привычка к погодным изменениям, чем отличались мы оба, спасли нас от лихорадки». Шевченко вскоре после того уехал в Черниговскую губернию к знакомым помещикам.
29 марта 1847 года, в пятницу, в жизни адъюнкт-профессора Костомарова произошло событие, которое изменило его судьбу на несколько последующих лет. Николай Иванович как раз возвратился из университета, когда к нему подошел помощник попечителя учебного округа М. Юзефович и сообщил: «На вас донос, я пришел вас спасти; если у вас есть что писанного, возбуждающего подозрение, давайте скорее сюда». Как потом вспоминал Николай Иванович: «За свои бумаги в кабинете мне нечего было бояться, но я вспомнил, что в кармане моего наружного пальто была черновая полупорванная рукопись того сочинения о славянской федерации, которую еще на Святках я передал для переписывания Гулаку. Я достал эту рукопись и искал огня, чтобы сжечь ее, как вдруг незаметно для меня она очутилась в руках моего мнимого спасителя, который сказал: „Ничего не бойтесь“. Он вышел и вслед за тем вошел снова, а за ним вошли ко мне губернатор, попечитель, жандармский полковник и полицеймейстер. Они потребовали ключей, открыли мой письменный стол в кабинете. Потом забрали мои бумаги и, завязавши их в простыни, опечатали кабинет, вышли из моей квартиры и велели мне ехать вместе с ними. Я едва успел подойти к матери, поцеловать ее оледеневшую от страха руку и сказать: „прощайте“».
