Костомарова привезли на квартиру губернатора и спросили: «Вы знаете Гулака?» – «Знаю», – ответил Николай. «Он сделал на вас донос, явился в Третье отделение Собственной Его Величества канцелярии и представил рукопись, в которой излагалось о будущем соединении славян». – «Я не знаю этой рукописи», – сказал Костомаров. «Но черновая рукопись, взятая у меня помощником попечителя, предстала предо мною в обличение моих слов: улика была налицо. Меня отправили в подольскую часть и посадили в отвратительной, грязной комнате, поместивши меня с двумя полицейскими солдатами. Через день, в воскресенье утром, полицмейстер Галяткин вошел ко мне и, злобно потирая руки, сказал: „Каково тут вам, г. профессор, не совсем удобно? Оно было бы приятнее дома с молодой женой“. пристав подольской части обращался со мною добродушнее и принимал во мне сердечное участие. Вечером в воскресенье меня повезли в закрытом экипаже на мою квартиру, где я простился с матерью и невестою».
Костомаров возвратился в часть: его немедленно на перекладных повезли в Петербург. Нравственное состояние Костомарова было до того убийственно, что у него появилась мысль во время дороги уморить себя голодом. Николай отказывался от всякой пищи и питья и имел твердость духа проехать таким образом пять дней. 7 апреля Костомарова привезли в Петербург. Здесь еще стояла зима, они въехали на санях. Костомарова привезли прямо в Третье отделение Канцелярии Его Величества, ввели в здание и длинными коридорами провели в комнату, где кроме кровати с постелью стояла кушетка, обитая красной шерстяной материей, а между двумя окнами помещался довольно длинный письменный стол. Первым делом арестованного Николая Костомарова раздели донага; его одежду унесли и одели в белый стеганый пикейный халат, оставив под замком. В верхней части двери были стекла, за которыми виднелись стоявшие на часах жандармы с ружьями. Не прошло и часа, как вахмистр принес одежду Николаю Ивановичу, велел ему одеваться и объявил, что его требует к себе граф Алексей Федорович Орлов, бывший тогда шефом жандармов. Костомарова повели в кабинет, где он увидел великорослого, красиво сложенного старика, увешанного орденами. «Государь очень жалеет, – сказал он, – что вы попали в эту неприятную историю, тем более что мы получили от вашего начальства самый лестный об вас отзыв; но я надеюсь, что вы оправдаетесь; конечно, вы награды от Государя не получите, потому что вы все-таки виноваты: у вас взяли гнусную вещь». Затем он начал вкратце излагать содержание рукописи, взятой у Костомарова в Киеве. «Что же за такие штуки? – прибавил он. – Эшафот! Но я уверен, что не вы написали эту мерзость; будьте откровенны и дайте возможность спасти вас. У вас есть старушка-матушка, подумайте о ней; да вы же притом и жених; от вас будет зависеть возможность снять с себя хотя бы половину той кары, которую вы заслужили». Костомарова увели вновь, а вслед за тем принесли на бумаге вопросные пункты.
С этого дня начались допросы. От Николая Ивановича добивались, знал ли он о существовавшем обществе имени Кирилла и Мефодия. Костомаров отвечал: «…не считаю его существовавшим когда-либо иначе как только в предположении, которое не сбылось и ему не сбыться; …это общество только обговорено, но до реальных действий ему… еще далеко». Бездействуя в заключении, Николай Иванович однажды воспользовался посещением Дубельта, обходившего все камеры, и попросил позволить ему читать книги и газеты. «Нельзя, мой добрый друг, – сказал тот, – вы чересчур много читали, ну а когда кто обопьется воды, надобно давать уже понемногу; вы, мой добрый друг, много знаете, больше, чем следует, и хотите все больше и больше знать». Ни книг, ни газет Костомарову все-таки не дали. В начале мая 1847 года делопроизводитель канцелярии с разрешения Дубельта принес Костомарову показания Белозерского и объяснил, что такого рода показания понравились судьям, а потому и ему следует написать в таком духе. Собственно, Белозерский говорил то же, что и Костомаров, но выразился так: общество было, однако не успело распространиться. Видя, чего хотят от них, Николай Иванович написал в новых своих показаниях, что хотя ему казалось, «что нельзя назвать обществом беседу трех человек, но если нужно назвать его таким образом ради того, что оно было как бы в зародыше, то я назову его таким образом. Я изменил свое прежнее показание, тем более что оно было написано под влиянием сильного нравственного потрясения и, как находили мои судьи, имело в себе невольное противоречие. Затем мне делали вопросы относительно колец с именем Кирилла и Мефодия, найденных у меня, Гулака и Белозерского. Я объяснил, что это не имело никакого отношения к предполагаемому обществу и кольца надеты были только в знак памяти просветителей славянства».
