Об этом научном споре вспоминал также его свидетель Н. Чернышевский: «В субботу в большом университетском зале состоялся диспут между Николаем Ивановичем и Погодиным, который специально для этого прибыл из Москвы. Сбор средств за купленные билеты шел в пользу бедным студентам. Собрано было около 2000 рублей серебром. Каждое слово Костомарова публикой встречалось сочувственно и с аплодисментами. После его окончания Костомарова студенты вынесли из зала на руках. И хотя предмет дискуссии был чрезвычайно научным, в зале было около 1500 человек. Костомаров пользовался таким уважением, которого не было ни у одного из профессоров со дня основания университета».
Другой свидетель этого научного спора отмечал, что «все присутствующие ощущали в этом словесном поединке борьбу нового начала и старого мышления».
Н. И. Костомаров придерживался не только прогрессивных научных взглядов, он публично заявил о необходимости доступа к университетскому образованию представителям всех сословий, о необходимости предоставления свободы преподавания и свободы выбора студентом лекционного курса, о предоставлении права на обучение в университетах женщинам, проявляя при этом себя прогрессивно мыслящим гражданином. Некоторые из его современников вспоминали: «… для нас Костомаров, как Виктор Гюго, был носителем идеи свободы и прогресса в науке и искусстве».
В этот период возобновились отношения между Костомаровым и Шевченко, который изредка приходил к нему, но чаще они встречались в доме графа Толстого, его покровителя. «Шевченко, – вспоминал Николай Иванович, – посещал меня один, а иногда и два раза в неделю. Поговаривали, что во время его последней поездки в Малороссию с ним случилась какая-то неприятность, что к нему цеплялась полиция, на него был послан некий донос и вследствие этого он вынужден был уехать из Малороссии раньше, чем ему самому хотелось бы. Но сколько я ни пытался узнать это от него самого, он отделывался ничего не значащими фразами, признаваясь, однако, что действительно к нему приставал некий становой пристав, но без важных последствий. Видя, что он в этом не хочет быть со мной откровенным, я не стал больше расспрашивать, а он во время всех своих посещений сам не заводил об этом речи. Посмеиваясь над моим жилищем, он говорил, что моя квартира поистине гусарская, и уж совсем не профессорская, и в ней приличнее было бы увидеть кучу пустых бутылок вместо ученых книг и бумаг.
Однажды он устроил мне такую шутку. Придя ко мне вечером и услышав от меня, что я очень занят подготовкой к завтрашней лекции и должен буду работать до полуночи, он пошел в трактир, застал там каких-то своих знакомых и сел за чай, а половым приказал завести орган и играть именно те арии, которые, как он слышал от меня, мне особенно надоели. Часа два подряд мучила меня эта музыка, наконец терпение лопнуло: понимая, что Шевченко нарочно дразнит меня, я вбежал в трактир и умолял его, ради человечности, перестать мучить меня такими пытками. „А захотелось тебе поселиться в застенке, – сказал он, – зато и терпи теперь муку!“ Другие собеседники, что слышали наш разговор, приказали половым прекратить музыку, но Шевченко закричал: „Нет, нет! Давайте из Трубадура, Риголетто и Травиаты, я это очень люблю!“ С тех пор, однако, он не приходил ко мне иначе как на мое приглашение, зная наверняка, что я буду свободен, и тогда, ожидая гостя, для меня любого и дорогого, я припасал бутылку рома к чаю…
Говоря о своих литературных занятиях, он был со мной более доверительнее, чем о своих прежних житейских приключениях. Он часто и охотно читал наизусть еще неопубликованные собственноручные рукописи, стихи и по моему желанию оставлял их у меня ненадолго. Между прочим, показывал он мне тогда маленькую книжечку в переплете, в которой записаны были произведения того лихого времени, когда он находился на военной службе. Ему тогда было запрещено писать. Он держал эту книжку не иначе как за голенищем, и, как он сам говорил, если бы у него нашли ее, то подвергли бы его жесточайшему наказанию уже за то, что осмелился писать наперекор высочайшему запрету, не говоря о том, что большая половина стихотворений, написанных его рукой в этой книжечке, была по своему содержанию нецензурного характера. Кроме того, в это время мы часто виделись у покойного графа Федора Петровича Толстого. Как покойный граф, престарелый художник, так и его жена, и все семейство очень уважали Шевченко и любили его, так же высоко ценя его двойной талант – художника и поэта, как и его прекрасную, чистую душу, что искрилась во всех его разговорах и поступках».
Так прошли зима и весна 1860 года. Летом этого же года Костомаров переехал на квартиру на Васильевский остров и был почти соседом Шевченко, который жил постоянно в Академии искусств, в своей мастерской, где занимался граверным искусством.