Харьковский университет также предлагал Н. И. Костомарову занять кафедру русской истории. 19 декабря 1864 года профессор И. Г. Сокальский извещал его телеграммой: «В эту минуту Вы блестяще избраны профессором. Горячо поздравляю». Но и на этот раз Н. И. Костомаров не был допущен к преподаванию в университете. «Министр… объявляет мне, что он не утвердит меня ни в один университет и что если я хожу по Петербургу и невредим, то за это надо благодарить Господа Бога», – писал Николай Иванович. Затем, чтобы решить этот вопрос раз и навсегда, Министерство народного просвещения закрепило пожизненно за Н. И. Костомаровым профессорскую зарплату, лишив его возможности преподавать.
Н. И. Костомаров был одним из организаторов журналов «Основа» и «Вестник Европы», в которых активно сотрудничал. Он написал ряд предисловий, объяснений и выводов для множества различных научных и популярных изданий, осуществлял их общую редакцию. Одним из первых Н. И. Костомаров занимался редактированием произведений Т. Г. Шевченко, издание которых начал в 1866 году.
Весь 1867 год историк усиленно работал над монографией «последние годы Речи Посполитой», которая появилась в 1869 году в «Вестнике Европы». За этот труд ученый был удостоен премии Академии наук.
За рубеж Николай Костомаров совершал поездки для отдыха, лечения и научных исследований в 1857,1861, 1864, 1865 и 1876 годах. Он побывал в Австрии (1857,1864), Бельгии (1864), Италии (1857, 1864), Монако (1861), Германии (1857,1861, 1864), Польше (1857,1865, в другие годы – эпизодические посещения), Сербии (1864), Финляндии (1876), Франции (1857,1861), Чехии (1857,1864), Швейцарии (1857, 1861), Швеции (1857). Он также много путешествовал по Российской империи, в частности посещал Грузию, Эстонию, Литву. Бывая в Австрии, Костомаров по совету врачей главным образом проводил водолечение, преимущественно в Вене. Австрийская столица имела свежий и чистый воздух, а также городские учреждения с бассейнами. Кроме того, он познакомился с архитектурными памятками и условиями жизни и традициями местного населения. В письмах из Австрии Костомаров отмечал тяжелое налоговое бремя, довлеющее над населением, существующие ограничения в свободе мысли для интеллигенции.
Знакомство Костомарова с Бельгией связано с поездкой в город Остенде. Впечатления от этого города он описал в «Автобиографии», отметив, что остендские пейзажи чрезвычайно скучные и однообразные, прогулки невозможны, так как в самом городе и в его окрестностях нет ни одной рощи.
