Осенью 1860 года прошел слух, что Шевченко собирается жениться. «Тогда встретил я Тараса Григорьевича, который уже давно ко мне не заходил, в Большом театре на спектакле „Вильгельма Телля“, а он, замечу попутно, обожал эту оперу и по-детски увлекался пением Тамберлика и де Бассини, имея привычку при этом выкрикивать по-украински: „Матери его сто копанок чертей, как же славно!“. „Ты, Тарас, действительно женишься?“ – спросил я его. „Наверное, женюсь тогда, когда и ты!“ – ответил Шевченко. С того вечера Тарас Григорьевич снова начал посещать меня, но о своих романтических приключениях не говорил ни слова.
В конце 1860 года, а может быть, в январе 1861 года (наверняка не припомню), Шевченко пришел ко мне во вторник вместе с Павлом Ивановичем Якушкиным, известным собирателем народных великорусских песен… Сейчас я не могу вспомнить, был ли еще хоть раз у меня Тарас Григорьевич после его прихода ко мне с Якушкиным, то было его последнее посещение. Точно помню, что вскоре после того он заболел, или, правильнее сказать, усилилась и обострилась болезнь, которая уже ранее подтачивала его здоровье. Об этом уже давно говорили и с сочувствием называли его пьяницей, но я никогда не видел его пьяным, а замечал только, что когда подадут ему чай, то он наливал такую силу рома, что кто-либо другой, казалось, не устоял бы на ногах. Он ведь никогда не доходил до состояния пьяного. В последнее время мы с ним виделись не так часто, не более одного или двух раз в неделю, потому что я был очень занят чтением и подготовкой университетских лекций. Узнав, что Шевченко болеет, я посетил его дважды. В феврале 1861 года я пошел к нему узнать о состоянии его здоровья. Он сидел за столом, вокруг него были незавершенные работы. Он сказал, что его здоровье значительно улучшилось и на следующей неделе он непременно придет ко мне. Между прочим, тогда показал мне золотые часы, недавно им купленные. Это были первые часы, которые он собирался носить: до того времени отсутствие достаточных средств не позволяло ему и думать о такой роскоши. Тарас Григорьевич относился к этим часам с каким-то детским восторгом. Я попрощался с ним, взяв с него обещание прийти ко мне на следующей неделе, а если будет и далее болеть, то сообщить мне, и я сам приду к нему. Через несколько дней я узнал, что Тарас в своей невесте нашел мало той поэзии, которую рисовало ему воображение, и наткнулся на прозаическую действительность, которая показалась ему пошлостью. А 25 февраля 1861 года утром ко мне пришел не помню кто из его знакомых с вестью, что Шевченко утром скоропостижно скончался. Он велел солдату, который ему прислуживал, поставить ему самовар и спускался по лестнице из своей спальни, где была его мастерская, на последней ступеньке упал головой вниз, солдат бросился к нему, но Шевченко уже не дышал.
В тот же вечер я прибыл в академическую церковь. Тело поэта уже лежало в гробу; над ним псаломщик читал Псалтырь. Хоронили его на Смоленском кладбище во вторник на Масляной. Над его гробом в церкви до выноса на кладбище произносились надгробные речи на украинском, русском и польском языках. Людей собралось очень много. Гроб с покойным поэтом несли студенты. Сразу же после похорон земляки Шевченко, жившие в столице, учинили совет о том, чтобы просить у правительства разрешения перевезти прах Шевченко в Украину и похоронить над Днепром, на круче, как завещал сам поэт в одном из своих стихотворений».
Впоследствии Николай Иванович с горечью говорил о том, что «время с 1859 по 1860 год пролетало так быстро, как сон», что он «и не успел даже наговориться с Тарасом по душам как следует: все казалось, что успеется». Когда же произошло непоправимое, изрек: «Вчера погребоша казака Тараса и плакала по нем в си людие!»
После трехмесячной поездки в Европу Костомаров в начале августа ненадолго возвратился в Петербург, а затем уехал на месяц в Москву для работы с архивными рукописями.
В сентябре 1861 года Николай Иванович, возвратившись из Москвы в Петербург, застает студенческие волнения из-за введенных новых ограничений по принятому университетскому уставу. Вот как он сам описывает это: «12 октября больше трехсот студентов были окружены войсками, арестованы и отправлены под арест. И хотя студенты приходили ко мне, пытаясь вовлечь меня в их противостояние с властями, я категорически отказывался, ссылаясь, что мое поле деятельности есть наука, а не политика. Такая моя позиция не находила отклика у них. В начале 1862 года освобожденные из-под ареста студенты, ввиду закрытия университета, выступили с идеей организации чтения лекционного курса вне его стен. Ряд профессоров, в том числе и Костомаров, поддержали эту идею: прочитать в пользу бедных студентов без оплаты полный лекционный курс, чтобы свои ученые знания принести на пользу студенчеству. Лекции читались в большом зале городской думы. Таким образом, после закрытия университета образовывался свободный от министерской опеки университет, слушателями которого могли быть как представители всех сословий, так и без различия их пола».
