При формировании Гитлером своего первого коалиционного кабинета Фрик стал одним из трех его членов-нацистов, получив 30 января 1933 года крайне важный (если не сказать ключевой) портфель имперского министра внутренних дел. Фактически это было единственное министерство, контролируемое НСДАП, так как Гитлер стал рейхсканцлером, а третий нацист – Герман Геринг – имперским министром без портфеля (планировалось, что в будущем он возглавит Имперское министерство авиации). Наиболее важным было то, что через свое министерство Фрик имел возможность контролировать земельные правительства и находившуюся в их подчинении земельную полицию, которая по своей численности в несколько раз превосходила численность того же рейхсвера. Именно Фрик на самом первом этапе стал главным локомотивом (после, естественно, Гитлера) нацификации Германии и процесса превращения ее в тоталитарное государство. Правда, то, что в результате получилось, совсем не вязалось с тем, чего планировал достичь Фрик: он стремился к жестко централизованному государству, где были бы установлены соответствующие законы, которые предполагалось исполнять. В результате же возникло нечто невероятное, он еще больше запутал систему компетенций, где, как оказалось, места «централизатору» Фрику не было. В то же время именно он (и его аппарат) готовил декрет «О защите немецкого народа» от 4 февраля 1933 года и Указ президента «О защите народа и государства» от 28 февраля, которые ограничили прописанные в Веймарской конституции гражданские права населения.
Сразу же после своего назначения Фрик 9 марта 1933 года распустил своей властью правительство Баварии, куда был назначен имперским комиссаром нацист, отставной генерал-майор Франц Ксавер Риттер фон Эпп. 31 марта Фрик на основании Закона о ликвидации бедственного положения народа и государства распустил все земельные правительства (кроме прусского, во главе которого стоял Геринг). Новые правительства должны были формироваться, исходя из соотношения депутатов различных партий в Рейхстаге, т. е. в них должны были отсутствовать представители левых партий, а относительное большинство голосов принадлежать НСДАП. 7 апреля во всех землях были учреждены должности имперских наместников, которые имели право формировать и смещать местные правительства, распускать парламент, назначать и увольнять чиновников и судей. В подавляющем большинстве случаев наместниками стали гаулейтеры соответствующих земель. Этими декретами земли Германии в течение всего двух месяцев были полностью лишены автономии, федеральная структура Германии, существовавшая столетия, была ликвидирована. 22 июня 1933 года Фрик издал закон, запретивший деятельность Социал-демократической партии Германии (СДПГ).
30 января 1934 года реорганизация Германии была завершена – официально (декретом Рейхстага) ликвидированы народные ассамблеи земель, а имперские наместники подчинены непосредственно Фрику, по заявлению которого «отныне все земельные власти становятся всего лишь административными единицами рейха». Фрик принял участие и в разработке Нюрнбергских законов 15 сентября 1936 года, ограничивших права евреев на территории рейха. Он находился, казалось бы, на вершине власти – тем более что с ликвидацией самостоятельности земель он получал полный контроль над германской полицией и всем карательным аппаратом. Но все было не так просто – на авансцену Третьего рейха выходил Генрих Гиммлер с его СС, под контроль которого из рук Фрика уходила полиция. Все, к чему стремился Фрик, – создание донельзя централизованного государства с отлаженным бюрократическим механизмом, – пошло прахом.
Во главе МВД Фрик предпринял целый ряд жестких мер по реализации национал-социалистической расовой (и антисемитской) программы. Уже 7 апреля 1933 года вступил Закон о восстановлении профессиональной государственной службы, который, в частности, вводил запрет на занятие должностей госслужбы для евреев и коммунистов. 14 июля 1933 года был принят Закон о предотвращении рождения потомства с наследственными заболеваниями (вступил в силу 1 января 1934 года), который предусматривал принудительную стерилизацию целых категорий граждан «во благо общественного здоровья». Фрик санкционировал развертывание программы уничтожения умственно неполноценных и неизлечимо больных (эвтаназия) – т. н. программа Т4, которую частично курировал 4-й отдел (здравоохранение) его министерства.
