Красные войска были разбросаны по четырем фронтам, не хватало вооружения, боеприпасов, продовольствия, обмундирования. Из-за нехватки нефти и угля паровозы топили хлопковым маслом и сушеной рыбой, которая накопилась в районе Аральского моря. Трудящиеся перешли на голодный хлебный паек — с мая 1918 года выдавалось по четверти фунта (100 граммов) в день на человека, а осенью норма была сокращена до 50 граммов. В крае вспыхнула эпидемия холеры и тифа, уносившая ежедневно сотни жертв.
Коммунистическая партия и правительство Туркестана напрягали все силы для укрепления обороны республики. В июле 1918 г. был создан военно-политический штаб, осуществлявший главное руководство всеми вооруженными силами республики. ТуркЦИК и Совнарком обратились к населению с призывом: «Социалистическое отечество в опасности и для защиты его все к оружию». («Наша газета», № 149, 23 июля 1918 г.).
Спешно было организовано обучение военному делу членов профсоюзов, шла мобилизация членов партии и профсоюзов в ряды Красной Гвардии. По требованию трудящихся местных национальностей их стали обучать военному делу в Ташкенте, Самарканде, Андижане и других городах. Партийные организации развернули широкую разъяснительную работу, мобилизуя трудящихся на борьбу против врагов революции. В сентябре 1918 г. начала свою деятельность Чрезвычайная следственная комиссия по борьбе с контрреволюцией. Усиливаются органы милиции на местах. Создаются боевые дружины, которые становятся главной силой поддержания порядка в городах края.
В ответ на антисоветские террористические выступления эсеров в Москве и других городах России — покушение на В. И. Ленина, убийство В. Володарского и М. Урицкого, VI съезд Советов Туркреспублики (октябрь 1918 г.) объявил «красный террор организованным массам буржуазии» и предупредил, что «всякая попытка контрреволюции и буржуазии свалить власть Советов рабочих, солдатских и дехканских депутатов как в центре, так и на местах, будет подавляться самым беспощадным образом».
В конце октября 1918 года был созван Краевой съезд депутатов Красной Армии и Красной Гвардии, решения которого имели важное значение в деле организационного строительства армии, укрепления дисциплины, усиления политико-воспитательной работы и повышения боеспособности вооруженных сил Туркреспублики. В начале ноября 1918 г. для руководства обороной республики был создан высший военно-политический орган — Верховная Военная коллегия.
Враги Советской власти не только извне, но изнутри стремились задушить молодую республику. Большую опасность представляли контрреволюционные подпольные организации, действовавшие под руководством и при помощи империалистических агентов.
Сразу же после победы социалистической революции в России англичане создали в Мешхеде (Северный Иран), недалеко от границ Туркреспублики, свою миссию во главе с матерым шпионом генералом Маллесоном. Отсюда координировались действия многочисленной агентуры, засланной в Туркестан. Империалисты готовили удар, поэтому «штат» диверсантов и шпионов увеличивался. В Ташкенте появились Бейли, Блеккер, Джунковский, Тишковский, и другие. Английские агенты были организаторами антисоветского выступления Дутова, белоказаков под Самаркандом, эмира бухарского в марте 1918 г., белогвардейцев и эсеров в Ашхабаде, поддерживали кокандских автономистов и басмачей. Они же организовали антисоветский мятеж в Ташкенте.
Активно содействовал активизации контрреволюционных сил агент американских империалистов Р. Тредуэлл, имевший консульские полномочия.
Весной 1918 г. Бейли и Джунковский, бывший комендант Петрограда, создали подпольную белогвардейскую «Туркестанскую военную организацию» (ТВО) из бывших офицеров и генералов царской армии. Она стала центром единения всех антисоветских сил в Туркестане. В руководство ТВО вошли генералы Кондратович, Ласточкин, Гордеев, Павловский, полковники — Руднев, Цветков, Бутенин, Савицкий, Ораз-Сардар, Зайцев, Крылов, Лебедев, Александров, подполковники — Блаватский, Корнилов, Иванов, офицеры — Гагинский, Стремковский, Фельдберг и др. Из невоенных активную роль в ТВО играли инженер-геолог Назаров, английский шпион Тишковский, «левый эсер» Ашур Ходжаев и другие. Главный штаб ТВО находился в Ташкенте, а его отделы были созданы почти во всех городах Туркестана, в том числе и в Асхабаде.
Вокруг организаций ТВО группировались все контрреволюционные силы края — кадеты, меньшевики, правые эсеры и буржуазные националисты, басмачи и реакционное мусульманское духовенство, бывшие чиновники, дашнаки, бундовцы.