Активное участие в освобождении купцов принимал, как уже отмечено, магистр Ливонии, организовавший с этой целью несколько посольств в Москву. Во время четвертого посольства в 1496 г. из-под ареста были освобождены восемь человек, находившихся в свое время в Новгороде для обучения русскому языку. Иван III согласился освободить ганзейцев с условием, что Ревель выдаст виновных в казни русских подданных.
В 1496 г. оставшиеся в заключении купцы писали в Любек о своем тяжелом положении, опасаясь еще худшего, и просили организовать посольство ганзейских городов для их освобождения, при этом просили не экономить на расходах посольства, видимо надеясь в будущем их возместить. Аналогичное письмо купцы отправили орденскому магистру, который в свою очередь обратился к Любеку с предложением подумать о посольстве в Москву и не оставлять бедных купцов без помощи. Очевидно, Любек устранялся от непосредственного участия в переговорах, полагая, что это дело ливонских городов, и в первую очередь Ревеля, коль скоро именно он дал повод к закрытию новгородской конторы.
В результате длительных переговоров и неоднократных посольств орденского магистра к великому князю, в начале 1497 г. были освобождены все ганзейские купцы за исключением ревельских, которые были задержаны в Москве до выдачи виновных в гибели русских. Ревельские купцы получили свободу только в 1505 г.
Несмотря на закрытие конторы, города продолжали обсуждать незаконченные расчеты двора св. Петра с приказчиком и священником. Бывший священник двора Иоанн Греве обратился с жалобой, что он не получил плату за свою службу во дворе в Новгороде. Это дело обсуждалось даже на ганзейском съезде в Любеке в 1498 г., в результате чего было решено вернуть Греве причитавшиеся ему деньги.
Аналогичная просьба была высказана Гансом Гертвигом, истратившим свои личные средства на строительство двора в бытность приказчиком. Особую заинтересованность в удовлетворении этих жалоб проявлял Дерпт, поскольку и священник и приказчик были его гражданами. Магистрат Дерпта неоднократно обращался с письмами в Ревель, который, судя по всему, ведал финансовыми делами конторы. Одновременно Дерпт просил прислать книги купцов, которые увез с собой ревельский посол Готтшалк. По ним Дерпт намеревался узнать, каковы были подлинные расходы на строительство двора, и определить действительные расходы приказчика. В ответ Ревель указал, что деньги, поступавшие от купцов в виде налогов и штрафов, складывались в специальные кружки, висевшие на Готском и Немецком дворах. Только приказчик, назначенный Дерптом, имел ключи от этих кружек и обязан был ежегодно изымать из них деньги и половину отсылать на Готланд за аренду Готского двора, а другую половину отправлять в казну Дерпта. Тем самым Ревель отклонял претензии Дерпта.
Переписка между Ревелем и Дерптом по тому поводу, несмотря на постановление ганзейского съезда 1498 г., продолжалась несколько лет. Наконец летом 1500 г. Ревель отправил в Дерпт купеческие книги, после просмотра которых было установлено, что приказчику конторы Гертвигу полагалось вернуть 56 рублей серебром. Из-за отсутствия средств в своей казне Дерпт обратился за помощью к вендским городам, чтобы расплатиться со священником и приказчиком.
В течение 20-летия после закрытия конторы в Новгороде ганзейские города были обеспокоены восстановлением и делами конторы в Новгороде. Особенно они активизировали свою деятельность после освобождения всех купцов в 1505 г. Начиная с 1506 г., на каждом общеганзейском и ливонском съездах, которые происходили ежегодно, а иногда и чаще, обсуждались вопросы новгородской конторы.
В 1507 г. Кенигсберг в письме к Любеку выразил опасение, что восстановлению новгородской конторы могут помешать голландцы, которым покровительствует римский император, настроенный против Ганзы. Реальная угроза потерять новгородскую контору возникла для ганзейских городов в 1508 г., когда шведский резидент Эрих Турессон вел переговоры с Василием III о предоставлении шведам двора в Новгороде. Великий князь был готов уступить им Немецкий двор, о чем Турессон и сообщил в Швецию. Однако изменение политической обстановки и ухудшение русско-шведских отношений помешали осуществлению этих намерений.
20 августа 1508 г. в Новгороде произошел большой пожар, во время которого сгорела вся Торговая сторона. Вот как писал об этом новгородский летописец: «…и николи же в Великом Новеграде таковый пожар не бывал, ни в прежних летах, но велми страшен, ни в летописцах такового пожару не обретахом толь злого». Несомненно, что после такого опустошающего пожара от Немецкого и Готского дворов сохранились лишь жалкие остатки.
