В 1436 году Василий II направил Св. Иону в Царьград с новой просьбой о поставлении его в митрополиты. Там вторично не посчитались с желанием великого князя. Император Иоанн VIII окончательно убедил патриарха Иосифа, что только уния с Римом может спасти Византию от турок. Папа Евгений IV обещал ему поднять против султана всю Европу, если Восточная Церковь соединится с Западной. Ряд византийских иерархов при этом наивно полагали, что такое «соединение» может произойти при взаимных уступках и даже надеялись убедить католиков в истинности догматов Православия. Их чаяния основывались на том, что трезвые голоса самих латинян о признании правоты греков звучали в то время на католическом Соборе в Базеле. Этот Собор заседал с 1431 года, присвоив себе звание «вселенского». Папу Евгения IV Базельский Собор отлучил от церкви, и он, не зная, как упрочить свой подорванный престиж, решил созвать собственный, также «вселенский», Собор в итальянском городе Ферраре. Главной темой папского Собора стал вопрос о соединении церквей латинской и Православной. Императору Иоанну VIII было всё равно, о чём поведут спор богословы. Он ждал лишь военной и денежной помощи от Запада, а патриарх Иосиф, по просьбе царя, склонял к унии греческих епископов. Сам патриарх мучился совестью, но оправдывал себя необходимостью «спасти империю». Поставить Св. Иону на Московскую кафедру в это время патриарх не мог, хотя, возможно, и хотел в глубине души. Во всяком случае, внешне епископ Рязанский в Царьграде был принят очень радушно и всячески обласкан. «Жалеем, - сказали царь с патриархом, - что мы ускорили поставить Исидора, и торжественно обещаем тебе российскую митрополию, когда она вновь упразднится». А тот Исидор, которого так «ускорили» произвести в митрополиты всея Руси, был греком из Фессалоник: весьма учёным (гуманистом), ловким и хитрым, беспринципным, сладкоречивым, и успевшим уже побывать у папы, где он снискал особое к себе расположение. На Соборе Исидор готовился сыграть важнейшую роль, именно как глава Русской Церкви. Он задумал распространить греко-латинскую унию до самой Москвы. А Святому Ионе пришлось возвращаться из Царьграда в числе спутников нового митрополита.
С большой торжественностью Исидор был принят великим князем. Почтение к Константинополю в Москве сохранялось, несмотря на все разногласия и на чувство неудовлетворённости, вызванное вторичным отказом патриарха. Снова Василий II смирился. «Но изумился, - пишет Н.М.Карамзин, - сведав, что митрополит намерен ехать в Италию...» Исидор доказывал важность «будущего осьмого Собора и необходимость для России участвовать в оном». Напомним, что римский папа именовал свой Собор «восьмым вселенским». Однако напрасно старался учёный грек. Пышные выражения не ослепили великого князя. Василий Васильевич ответил: «Отцы и деды наши не хотели слышать о соединении Законов греческого и римского; я сам не желаю его. Если мыслишь иначе, то иди; не запрещаю тебе. Помни только чистоту Веры нашей и принеси оную с собою». Исидор клятвенно обещал исполнить наказ князя. Но думал совсем о другом.
Выехав из Москвы в сентябре 1437 года с большой свитой (около 100 человек), Исидор «благоговейно» проследовал по русским городам. Посетил Тверь, Вышний Волочек, Новгород и Псков, однако только он покинул Россию, как сразу обнаружил склонность к латинству. В ливонском Дерпте, встреченный католическим епископом, Исидор приложился сначала к их кресту (крыжу), а потом к тому, который вынесли православные священники. В Риге униата осыпали ласками, веселили музыкой, пирами. Магистр ордена предложил ему корабль до ганзейского Любека, откуда путь его лежал через всю Германию до Нюрнберга и Аугсбурга, затем через Тироль в Италию.
Спутники Исидора дивились западным ремёслам, возрожденческому искусству, но более всего изумлялись тому, как радушно и по-свойски там встречали их митрополита (будущего папского кардинала). Василий Васильевич, предвидя недоброе, послал с Исидором своего доверенного - Суздальского епископа Авраамия, и при нём священника Симеона. Сей Симеон, по прозвищу «Суздалец», вернувшись домой, описал в книге свои приключения на Соборе и во время своего бегства. Авраамий убежать не смог, но, оставшись в Италии, он не сделался героем, как Святой Марк, митрополит Эфесский, который один не подписал унию, несмотря на все уговоры и угрозы.
