Насытившись кровью, крестоносцы приступили к разделу империи, которую считали уже покорённой, и к выбору «своего» латинского императора. На место убывшего из столицы православного патриарха Иоанна X Каматера папа Иннокентий III назначил кардинала Фому Морозини. За «императора» полагалось голосовать. Дандоло сам отказался от этого титула; Бонифатий, страстно его желавший, не получил необходимой поддержки. Хитрых венецианцев более устраивал простодушный Балдуин, граф Фландрский (он всё ещё мечтал о завоевании Гроба Господня). Его и выбрали, как кандидата менее одиозного и не столь одарённого умом.
Венеция получила все права на беспошлинную торговлю, и в придачу - побережье Ионического моря (Эпир). Граф Блуа был назначен «герцогом Никейским». Бонифатий завладел Солунью (Фессалониками), где организовал собственное королевство, почти независимое от «императора» Балдуина. Дож Дандоло с его венецианскими (по большей части еврейскими) банкирами сделался фактическим хозяином Царьграда и морских проливов. Так на территории Византии образовалась чуждая греческому населению «Латинская империя». Она изначально не была жизнеспособной, и тем не менее, просуществовала более полувека.
Греки не сразу оправились от удара, нанесённого крестоносцами, зато пробудились нравственно. Православный народ, не замечавший прежде различий между своею верой и западной, быстро почувствовал эти различия, а простые граждане начали каяться, что вовремя не поддержали своих господ. Защиту Константинополя они считали делом одних дворян и наёмных воинов. До смены власти им казалось, что подати платить всё равно кому - рыцарям или византийской знати. Окрестные сельчане поначалу даже радовались, скупая задёшево товары, награбленные в столице. Однако очень скоро они испили чашу феодального гнёта и ощутили духовное иго католицизма.
Опомнились и церковные иерархи с богословами. До вторжения крестоносцев не все они сознавали степень лицемерия и глубину падения папистов. Если латинское
Это ужаснуло греков, возмутило и побудило взяться за оружие.
В ту ночь, когда крестоносцы ворвались в Константинополь, а правящий патриарх Иоанн Каматер был изгнан (или бежал), произошла ещё одна смена царей. Алексей Дука, отчаявшийся в успехе обороны, всё бросил и скрылся в неизвестность. Императором спешно избрали Феодора Ласкариса. Короновать его было некогда и некому. И Феодор с остатками войска перебрался на азиатский берег. Он закрепился в Никее, которую не уступил крестоносцам, несмотря на все их атаки, и оттуда повёл освободительную борьбу.
Противостав Западу, Никея сделалась центром притяжения всех греческих сил. Патриарх Иоанн укрылся во Фракии (в Дидимотихе), где латинское засилье было свергнуто уже в феврале 1205 года, а на Пасху Болгарский царь Колоян, призванный фракийскими греками, разгромил крестоносцев под Адрианополем. Иоанн Каматер не захотел перейти к никейцам и скончался в 1206 году. Новый патриарх Михаил Авториан, избранный уже в Никее, короновал Феодора I Ласкариса. Таким образом было положено начало династии никейских царей, отнявших у латинян большую часть их завоеваний и подготовивших окончательное освобождение Царьграда.
Никея, а затем и другие «имперские центры» Византии (Эпир, Фессалоники, Трапезунд), не всегда дружные меж собой, но объединённые общей идеей воссоздания греческой державы, вели непрерывные войны с латинской «Романией» (так крестоносцы называли свою империю), пока не пал последний оплот западного владычества.
Вифинию (область вогруг Никеи) в эти годы отличает бурный экономический рост, подъём патриотизма и военной мощи, но вместе с тем и так называемый
Судьбы вождей, возглавивших захват Константинополя, глубоко трагичны. Они подобны судьбам всемирно известных злодеев-богоборцев (Марата и Робеспьера, Ленина и Свердлова) и целого ряда римских императоров, воздвигавших языческие гонения на Христиан. Все они - и Нерон, и Деций, и Юлиан Отступник, со множеством других гонителей, от начала своих пагубных деяний прожили не более трёх с половиною лет (время власти антихриста); и то же самое случилось с главарями крестоносцев, разоривших Константинополь.