В 1906-1907 гг. "Протоколы" выходили как брошюра под названиями "Врачи рода человеческого", "Корень наших бед" - в Петербурге, а также и в Казани. Ещё "Протоколы" были изданы с выходными данными местного отделения Красного креста в Царском Селе и были предназначены, главным образом, для императора и его придворных. Издание сопровождалось пояснением, принадлежащим Бутми: "Протоколы эти, как тайные, были добыты с большим трудом, в отрывочном виде, и переведены на русский язык 9 декабря 1901 года. Почти невозможно вторично добраться до тайных хранилищ и в секретные архивы, где они запрятаны, а поэтому они не могут быть подкреплены точными указаниями места, дня, года, где и когда они были составлены". Единожды солгавший вынужден врать многократно, что очевидно из следующего "пояснения": основным доказательством истинности "Протоколов" Бутми называет "сквозящие в каждой строке протоколов бесстыдное самохвальство, презрение ко всему человечеству, а так же беззастенчивость в выборе средств для достижения своих целей, то есть качества, которые присущи в такой мере одним только иудеям".
Нилус противоречит Бутми в издании Протоколов 1905 г.: "Эти протоколы были тайно извлечены (или похищены) из целой книги протоколов. Всё это добыто моим корреспондентом из тайных хранилищ сионистской Главной Канцелярии, находящей ныне на французской территории". Нилус, как и Бутми, вынужден лгать, создавая у читателей впечатление о "Протоколах".
Деятели "Союза русского народа" такие, как Шмаков, Марков II и другие, пытались использовать "Протоколы" для борьбы с воинствующим еврейством. Но П. Столыпин им помешал. По его приказу два жандармских офицера Мартынов и Васильев провели секретное расследование, в результате которого было совершенно точно установлена подложность "Протоколов" и их авторов. Столыпин доложил об этом Николаю II, который был глубоко потрясён этим событием. Если, по свидетельству генерала К.И. Глобачёва, бывшего одно время начальником петербургского охранного отделения, царь, читая "Протоколы", делал пометки на полях книги: "Какая глубина мысли!", "Какая предусмотрительность!", "Какое точное выполнение своей программы!", "Наш 1905 год точно под дирижёрством мудрецов", то, после ознакомления с материалами расследования, он написал: "Протоколы изъять, нельзя чистое дело защищать грязными руками". "Чистым делом" царь, вероятно, считал борьбу "с дирижерством мудрецов".
Положение изменилось в 1917-1918 гг., когда вначале царь, а за ним и Временное правительство были свергнуты, большевики захватили власть, и началась гражданская война. Обстоятельством, которое способствовало распространению "Протоколов" по всему миру, явился расстрел царской семьи в Екатеринбурге 17 июля 1918 г. Здесь удивительную роль сыграл случай. Ему было угодно, чтобы императрица взяла с собой книгу Нилуса в своё последнее пристанище - в дом Ипатьева. Через неделю после расстрела императорской семьи город отбили белогвардейцы. 28 июля останки императорской семьи были обнаружены в стволе заброшенной шахты судебным следователем Наметкиным. Среди вещей царской семьи, обнаруженных в Ипатьевском доме, следователь нашёл книгу Нилуса, а также нарисованную на оконном проёме комнаты, занимаемой венценосными супругами, свастику. Находки "прозвучали" как откровение. Нашедшие эти предметы поверили, что это было завещанием погибшей императрицы; они как бы свидетельствовали белым о начале царствования Антихриста, о том, что силы тьмы воплотились в еврействе. В это легко было поверить, так как евреи участвовали в казни царской семьи и вообще играли заметную роль в Октябрьской революции. Офицеры белых армий, как правило, не хотели понимать, что участие евреев в революции объясняется дискриминацией, которой те подвергались при царском режиме, и что царей и прежде убивали, причём чистокровные русские. Но большинство людей искало простого объяснения той катастрофы, которая разразилась в России и смела старый мир. Гражданская война только разгоралась. Она продолжалась ещё два года, пока белогвардейцы не были разгромлены.
В этот период "Протоколы" впервые были использованы для подстрекательства к убийствам евреев. За "Протоколами" стояли всё те же деятели. С 1910 г. "Союз русского народа" уже формально не существовал, но его прежние руководители подвизались теперь в различных белых армиях, образовывали новые националистические организации типа "Союз русских национальных комитетов" или "Русская дума". В 1918 г. "Протоколы" были изданы в Новочеркасске. Этот опус распространял среди белогвардейцев Пуришкевич, один из основателей "Черной сотни", занимавший пост в отделе пропаганды штаба генерала Деникина. В Крыму при генерале Врангеле черносотенцы, субсидируемые его правительством, говорили на всех перекрёстках о "Протоколах" и "жидомасонском всемирном заговоре".
