Механизм же действия флюидов в живых организмах он описывает следующим образом:
1. «Все действия природы при образовании непосредственных зарождений состоят в том, что она организует в клеточную ткань небольшие скопления студенистого или слизистого вещества, оказавшиеся при благоприятных условиях в ее распоряжении, наполняет эти маленькие ячеистые скопления флюидами, способными служить их содержимым, и вносит в эти тела жизнь путем приведения в движение этих флюидов с помощью тонких флюидов возбудителей, беспрестанно притекающих к ним из окружающей среды.
2. Клеточная ткань является той основой, в которой образовалась вся организация и в которой под влиянием движений содержащихся в ней флюидов, мало-помалу изменивших эту ткань, постепенно развились различные органы.
3. Сущность движения флюидов в податливых частях живых тел, которые их содержат, заключается в том, чтобы прокладывать себе пути, создавать места скопления и выхода, образовывать каналы и, следовательно, различные органы, видоизменять эти каналы и эти органы соответственно различному характеру движений или различию природы флюидов, обуславливающих эти движения и видоизменяющихся здесь, наконец, в том, чтобы постепенно увеличивать, удлинять, разделять и укреплять эти каналы и эти органы за счет веществ, непрерывно образующихся и отделяющихся от основных флюидов, находящихся в движении, веществ, часть которых ассимилируется и присоединяется к органам, в то время как другая выделяется наружу.
4. Сущность органического движения состоит не только в том, чтобы содействовать развитию организации, увеличивать части [тела] и обуславливать рост, но также и в том, чтобы умножать число органов и выполняемых ими функций».
Иными словами, по мнению Ламарка, флюиды, проникая в неживую слизь, вызывают зарождение жизни. При упражнении органов в них притекают флюиды и изменяют эти органы. При возникновении потребности в новом органе, флюиды устремляются в соответствующее место и создают новый орган. И все эти изменения закрепляются в наследственности, которую также определяют флюиды. Этим Ламарк объясняет и самозарождение, и соматическую индукцию, и закон градаций.
Таким образом, теория эволюции Ламарка представляет собой, пусть и недоказанную, но целостную систему взглядов, чем она выгодно отличается от трансформизма Бюффона и других авторов. Тем не менее современники не приняли этой теории. Ж. Кювье называл ее печальным заблуждением. И лишь через 50 лет после выхода в свет «Философии зоологии» справедливость, хотя и частично, но была восстановлена. Недаром в «Происхождении видов»
Ч. Дарвин назвал Ламарка своим предшественником, который «первым остановил всеобщее внимание на вероятности предположения, что все изменения в органическом мире происходили на основании законов природы, а не вследствие чудесного вмешательства».
Основной причиной неприятия теории Ламарка было то, что он предложил механизм эволюции, но не доказал ни его реальности, ни существования процесса эволюции как такового. Единственным, причем косвенным доводом в пользу этой теории является констатация факта, что все организмы образуют ряд по сложности организации. Но этот факт был известен еще со времен Аристотеля и никем никогда интерпретировался как результат эволюции. Важное значение имеет и другое обстоятельство. «Философия зоологии» является лишь одной из большой серии работ Ламарка, в которых он, подобно античным философам, пытался нарисовать общую картину мира. В работах «Исследования о причинах главных факторов физики» (1794) и «Мемуары о физике и естественной истории» (1797) Ламарк, продолжая идею Эмпедокла о четырех элементах (огонь, земля, воздух и вода), комбинация которых создает все многообразие «вещей», пишет о том, что элемент огня создает «материю звука», и все физические процессы объясняет действием флюидов. В 1802 г. выходит его работа «Исследования о живых телах», где он пытается объяснить процесс размножения и онтогенез, и снова через действие все тех же флюидов. В частности, процесс оплодотворения он трактует как проникновение флюидов (пар семени) в неживое яйцо, а процесс онтогенеза как формирование органов за счет движения флюидов.
В «Философии зоологии» (1809) теории эволюции Ламарк посвящает лишь первую из трех частей. Во второй же он излагает свои представления о процессе оплодотворения, онтогенезе и самозарождении. А в третьей части он пытается объяснить с позиций теории флюидов нервную деятельность животных и психику человека.