Генерал-майор Николай Владимирович Губернаторов в то время работал старшим следователем следственного отдела 6-го Управления КГБ и, по его словам, имел негативное мнение о всех трех бывших председателях – Серове, Шелепине и Семичастном, «явно случайно оказавшихся не на своем месте – по протекции Н.С. Хрущёва. <…> Шелепин, видимо, вскоре понял, что в КГБ он лавров не заработает, тем более что со стороны большинства чекистов он не ощущал ни симпатии, ни поддержки. Поэтому, обуреваемый корыстными амбициями, он при содействии своего благодетеля Н.С. Хрущёва вернулся в ЦК КПСС. При этом он добился назначения вместо себя председателем КГБ своего друга, тридцатисемилетнего комсомольца В.Е. Семичастного. Тот же в свою очередь привел в КГБ целую когорту своих приятелей комсомольцев. С лихой удалью и молодым задором он взялся за наведение порядка в инакомыслии. В работу разведки и контрразведки Семичастный не вникал, подготовкой и обновлением кадров не занимался. Многочисленные совещания, на которых Семичастный выступал с пустыми и трескучими речами, только раздражали опытных чекистов. Начались громкие провалы в разведке. А когда Светлана Аллилуева бежала в США и объявила там о публикации написанных ею мемуаров, в ЦК КПСС решили Семичастного снять».
Именно в 50-х – начале 60-х годов на путь предательства становятся высокопоставленные сотрудники ГРУ Генштаба Вооруженных сил СССР подполковник Пётр Попов, полковники Дмитрий Поляков и Олег Пеньковский. Остается на Западе нелегал подполковник Рейно Хейханен, который сдает резидента советской нелегальной разведки в США полковника Вильяма Фишера (Рудольфа Абеля). Из зарубежных резидентур уходят к противнику и перебираются в США сотрудники внешней разведки подполковник Юрий Растворов, майоры Пётр Дерябин и Анатолий Голицын. А предательство полковника польской разведки Михала Голеневского приводит к аресту в Англии советских нелегалов высочайшего уровня – Гордона Лонсдейла (полковника Конона Молодого) и Джорджа Блейка. Весной 1964 года в Женеве уходит на Запад сотрудник Второго Главка (контрразведка) КГБ при СМ СССР капитан Юрий Носенко – сын сталинского наркома и куратор Ли Харви Освальда, стрелявшего в президента США Джона Кеннеди.
Начиная с 1954 года «образованный на основе МВД и МГБ Комитет государственной безопасности (КГБ) неоднократно подвергался чисткам, бездумным переформированиям, – продолжает Губернаторов, – за это время были полностью заменены почти все руководители подразделений в центре и на местах… Органы КГБ оказались ослаблены и не смогли эффективно противостоять усиливавшейся подрывной деятельности противника…».
За истекший послевоенный период не было построено ни одного здания для КГБ. Разведка (ПГУ) располагалась на 7-м этаже основного здания и просто задыхалась от скученности. В небольших кабинетах ютились по 15–20 сотрудников. Второй Главк (контрразведку) немного разместили за счет «передислокации» Следственного управления в Лефортовскую тюрьму. А внутреннюю тюрьму заняли оперативные подразделения. Высшая школа КГБ размещалась в неприспособленном старом здании на Ленинградке. Высшая разведывательная школа (ВРШ), которая по-прежнему именовалась 101-й школой, сиротливо ютилась в ветхих деревянных бараках за городом в лесу.
Хрущёв ненавидел Сталина и чекистов и по личным мотивам. Это было связано с его сыном от первого брака, оказавшимся… предателем. Как пишет Арсен Мартиросян, «всю правду о старшем лейтенанте Леониде Никитиче Хрущёве никто и никогда не узнает. И всего лишь по той простой причине, что проклятый кукурузник, получив доступ к архивам, провел в 1953–1956 годах их чистку и изъял из личного дела сына протоколы допросов в немецком плену и другие компрометирующие Леонида документы».
В частности, Николай Добрюха, который помогал писать мемуары бывшим председателям КГБ Семичастному и Крючкову, задается вопросом: «Почему из “личного дела” сына Хрущёва так в наглую выдраны страницы, касающиеся тех военных лет, когда в судьбе его Лёньки появились вопросы? А взамен, хотя и наспех, но уверенно выдранных, от которых, правда, остались клочки, через 10–15 лет после войны вдруг возникли новые, датированные уже 60-ми годами…»
Чего же опасался Хрущёв? 17 февраля 1998 года «Независимая газета» опубликовала статью уже известного читателю бывшего первого заместителя Второго Главка (контрразведка) КГБ СССР генерал-майора Вадима Николаевича Удилова под заголовком «За что Хрущёв отомстил Сталину». На вопрос корреспондента «НГ», можно ли найти в архивах КГБ какие-либо документы или фотографии, касающиеся событий, о которых он рассказывает, Вадим Николаевич ответил: «Нет, вы ничего уже не найдёте. Хрущёв, придя к власти, сразу же позаботился, чтобы никаких следов этой истории не осталось».
