По версии Удилова, ещё в начале 1941 года Леонид Хрущёв совершил уголовное преступление на почве злоупотребления алкоголем и должен был предстать перед судом военного трибунала. Однако благодаря отцу отделался лишь легким испугом. Вторым преступлением Леонида Хрущёва было убийство сослуживца во время попойки, после чего, по свидетельству Степана Микояна, который дружил с Леонидом, его судили и дали восемь лет, разрешив искупить вину кровью на фронте. Однако, по словам Удилова, истребитель, пилотируемый Леонидом Хрущёвым, ушел в сторону расположения немцев и бесследно исчез. Это произошло 11 марта 1943 года в районе города Жиздра. Поскольку обломки самолета найти не удалось, было высказано предположение, что Хрущёв совершил побег.
Когда Сталин узнал об этом, он приказал только что созданной военной контрразведке «Смерш» и 4-му Управлению НКВД СССР разыскать сына Хрущёва и доставить его в Москву вместе с документальными уликами, подтверждающими факты его предательства. Жиздра находится на границе Дятьковского района, который контролировался брянскими партизанами, что облегчало решение поставленной задачи. Леонида Хрущёва доставили в Москву, и Военный трибунал приговорил его к высшей мере наказания – расстрелу.
Узнав об этом, Хрущёв немедленно вылетел в Москву с фронта. О том, что было дальше, рассказывает заместитель начальника 9-го Управления КГБ СССР, Герой Советского Союза генерал-майор Михаил Степанович Докучаев: «Поскрёбышев доложил, что товарищ Хрущёв прибыл и ожидает в приёмной… Хрущёв заплакал, а потом стал рыдать. Мол, сын виноват, пусть его сурово накажут, только не расстреливают. Сталин сказал: “В сложившемся положении я ничем помочь не могу”. Хрущёв упал на колени. Умоляя, он стал ползти к ногам Сталина, который не ожидал такого поворота дела и сам растерялся. Сталин отступал, а Хрущёв полз за ним на коленях, плача и прося снисхождения для сына. Сталин просил Хрущёва встать и взять себя в руки, но тот был невменяем. Сталин вынужден был вызвать Поскрёбышева и охрану… Когда сотрудники охраны и врачи приводили Никиту Сергеевича в чувство, он всё время твердил: “Пощадите сына, не расстреливайте…”»
Окончательное решение о судьбе сына Хрущёва принималось на заседании Политбюро. Начальник ГУКР «Смерш» генерал-полковник Абакумов доложил материалы дела и удалился. Первым выступил первый секретарь Московского обкома ВКП(б), начальник Главного политуправления Красной Армии генерал-полковник Александр Сергеевич Щербаков, который в своем выступлении сделал упор на необходимость соблюдения принципа равенства всех перед законом. Нельзя, сказал он, прощать сынков именитых отцов, если они совершили преступление, и в то же время сурово наказывать других. Что тогда будут говорить в народе? Щербаков предложил оставить приговор в силе.
Затем слово взял Лаврентий Павлович Берия. Он напомнил о прежних проступках сына Хрущёва и о том, что того уже дважды прощали. После этого выступили Молотов, Каганович и Маленков. Мнение у всех членов Политбюро было единым: оставить приговор в силе. Сталин выступил последним. Ему было не просто принимать решение – ведь его сын Яков также находился в плену. Своим решением он подписывал приговор и собственному сыну. Удилов отмечает, что в заключение Сталин сказал: «Никите Сергеевичу надо крепиться и согласиться с мнением товарищей. Если то же самое произойдет с моим сыном, я с глубокой отцовской горечью приму этот справедливый приговор!»
Едва придя к власти, Хрущёв начал подло расправляться со всеми причастными к бесславному финалу его сына. Берия был просто застрелен у себя дома. Абакумов просидел в тюрьме до 1954 года и тоже был расстрелян вопреки всем законам через час с четвертью после оглашения приговора. Был расстрелян начальник следственной части МВД СССР Лев Емельянович Влодзимирский, через руки которого проходили все дела в отношении партийного, военного и хозяйственного руководства страны. Сына вождя Василия Сталина – подлинного Героя и прославленного лётчика – в буквальном смысле слова сгноили в тюрьме. Генерал-лейтенант Судоплатов, сотрудники которого участвовали в розыске Леонида Хрущёва, отсидел неизвестно за что «от звонка до звонка» 15 лет в том же Владимирском централе, где сидел Василий Сталин. Искоренялось все, связанное с увековечением имени Щербакова – городу Щербакову (Рыбинску) и Щербаковскому (Ростокинскому) району Москвы вернули прежние названия.
По свидетельству писателя Ивана Стаднюка, комиссия по реабилитации – так называемая комиссия Шверника – после ХХ съезда КПСС по заданию Хрущёва пыталась доказать, что его сын совершил подвиг и вины на нем нет. Однако даже в те времена Военная коллегия Верховного суда СССР «не нашла возможным снять с него судимость». И тем не менее в книге мемуаров Хрущёва помещена фотография его сына с надписью: «Леонид Никитич Хрущёв, летчик, погиб в боях за Родину».
