На допросах Попов рассказал не только о своих шпионских связях, но и выложил компромат на всех, кого знал – это для сведения тех, кто думает, что в 1937 году показания «выбивали». Вот что говорит Зотов: «Обидно, что он, конечно, мог бы не рассказывать, по-человечески, хотя я сторонник, чтобы он все до конца рассказал. Но там, где нет вреда ни государству, ни делу… Порядочность надо какую-то иметь. Рассказывать о тех офицерах, с которыми встречался и которые ничего от него не получали, никакой информации. Просто встречался, выпивал. Ну зачем об этом рассказывать? Мне даже противно было. А я должен был записывать, что с такими, с такими было. Некоторые ребята, хотя на них никаких компроматов не было, были уволены из ГРУ. Это уже шкура, шкурнические интересы свои. Продавать – значит всех продавать. Заработать какой-нибудь капитал перед следствием. Брезгливое у меня отношение к нему было, как к физиономии, как к человеку. Но служба заставляет, чтобы у меня к нему никакой ненависти. Потому что я делом занимался. Установить деловой контакт, чтобы он мне тоже поверил. И мы с ним работали дружно».
По словам Зотова, для семьи Попова это, конечно, был страшный удар. Ведь они гордились тем, что он работал в Австрии, в Германии. Жена даже сказала ему: «Иуда ты, тебя надо не расстрелять, тебя надо повесить!» Приговор был суровый – 7 января 1960 года Попова приговорили к высшей мере наказания. Но еще страшней приговора для него были слова жены: «Ты мерзавец, ты подонок!»
По словам генерал-лейтенанта Александра Александровича Здановича, в результате разоблачения Попова стало ясно, что «к середине 50-х годов американцы пришли к выводу, что никакая техническая разведка, никакие разовые агенты большой пользы принести не могут. Нужна агентура, которая имеет доступ к серьезной политической и военной информации – и они нацелились на представителей разведывательных служб Советского Союза». С другой стороны, «впервые был разоблачен сотрудник американского посольства, кадровый разведчик, который действовал под прикрытием, с позиций посольства. Это первое дело такого масштаба и такого уровня в послевоенный период».
В этих новых условиях генерал-лейтенант Олег Михайлович Грибанов предложил дважды в год на протяжении двух недель силами оперативных групп Второго Главка (контрразведка) КГБ и 7-го Управления (наружное наблюдение) КГБ проводить масштабную слежку за сотрудниками посольств США и Великобритании, включая членов их семей. Одна из таких оперативных групп 30 и 31 декабря 1961 года взяла под наблюдение Анну Чизхолм, жену второго секретаря посольства Великобритании Родрика Чизхолма, который, по сведениям, полученным от советского разведчика и сотрудника МИ-6 Джорджа Блейка, был резидентом английской разведки. Оперативники зафиксировали нахождение Анны Чизхолм в подъезде дома № 11 по Мало-Сухаревскому переулку в Москве вместе с неизвестным мужчиной, ушедшим от наблюдения. В январе 1962 года у дома в одном из арбатских переулков, в который вошла Анна Чизхолм, неизвестный был замечен и установлен. Им оказался сотрудник действующего резерва ГРУ Генштаба ВС СССР, полковник Олег Владимирович Пеньковский.
За ним было установлено круглосуточное наружное наблюдение дома и на работе. Во время встречи с английским бизнесменом Гревиллом Винном, использовавшимся британской разведкой в качестве курьера, Пеньковский включил в номере гостиницы «Украина» радио и открыл краны в ванной. Но техническим экспертам Второго Главка все же удалось расшифровать обрывки разговора, и они стали первым свидетельством шпионской деятельности Пеньковского.
В течение 1962 года, будучи уже под наблюдением, Пеньковский закладывал информацию в тайники, часть из которых находилась в подъездах жилых домов в районе Цветного бульвара, Пушкинской улицы (Большая Дмитровка) и Арбата, а один тайник был замаскирован в надгробии Сергея Есенина на Ваганьковском кладбище. Тем не менее Пеньковского не брали с поличным в течение почти десяти месяцев, и именно это обстоятельство до сих пор является наиболее дискуссионным в деле Пеньковского. Предположим, что пытались выявить все его связи. Но оправданно ли это по сравнению с тем ущербом, который он успел нанести Советскому Союзу своей шпионской деятельностью? В общей сложности он передал на Запад 111 пленок «Минокс», на которых было заснято 5500 документов общим объёмом в 7650 страниц, содержащих сведения о районах расположения советских межконтинентальных баллистических ракет, материалы о научных разработках советского военно-промышленного комплекса, личные данные на более чем 600 советских разведчиков ГРУ и КГБ.
