Наркомом внутренних дел Молдавии был ближайший соратник Берии майор ГБ Николай Степанович Сазыкин, о котором мы подробно рассказывали выше, в разделе о военной контрразведке. Он подозревал румын не только в проведении подрывной антисоветской деятельности, но и в поддержке троцкистских организаций – как за границей, так и на территории Советской России. Например, газета «Правда» от 21 июля 1937 года в статье «Шпионский интернационал» писала: «Выполняя задание обер-шпиона Троцкого, Гелертер (от нем. Gelehrter – учёный
Когда на рассвете 22 июня 1941 года Германия вероломно вторглась в пределы Советского Союза, румынская армия развернула военные действия против Красной Армии вдоль Прута и Дуная. В семейном архиве внучки Семёна Кузьмича – Виолетты Ничковой, с которой мы хорошо знакомы, сохранились воспоминания деда, написанные им в 1980 году к 60-летию Одесского пединститута: «Вероломное нападение фашистской Германии на нашу Родину застало меня на пограничной заставе в Молдавии. Через несколько дней после участия в боях на границе я по приказу наркома внутренних дел вернулся в Кишинев, где включился в проведение крупных оперативных операций. Вскоре я был назначен заместителем начальника отдельной разведывательной группы на Юго-Западном фронте. Когда Одесса оказалась в осаде, наша группа под руководством полковника Балдина получила указание прибыть в осажденную Одессу. Из горящего порта Николаева, который штурмовали немецко-фашистские войска, мы с несколькими офицерами группы на торпедном катере ранним утром добрались до Одессы <…> где создавались подпольные группы, которые в случае захвата города фашистами должны были бить их, укрываясь в одесских катакомбах. Две группы, сформированные Центром с нашим участием, возглавили ставшие впоследствии легендарными Героями Советского Союза Молодцов и Колошин. Мне пришлось непосредственно готовить этих чекистов к смертельно опасной борьбе. Наступил день, когда по приказу верховного главнокомандования наши войска должны были оставить Одессу. Мы обратились к командованию фронта разрешить нам тоже остаться в Одессе для подпольной работы. Но нам приказали вместе с отходящими кораблями уйти из Одессы и прибыть в Управление особых отделов Юго-Западного фронта».
Румыния вернула себе потерянные в 1940 году Бессарабию и Буковину и сверх того получила Транснистрию, столицей которой и стала Одесса. Все местные ресурсы, ранее являвшиеся государственной собственностью СССР, раздавались румынским предпринимателям. Русский и украинский языки были запрещены, из учебных заведений и библиотек изымались и сжигались все книги на русском. В школы региона были направлены учителя румынского языка, которые прикреплялись к каждому классу. В отношении евреев и коммунистов проводилась политика геноцида. По неточным данным, только зимой 1941/42 года в отдельно взятой Транснистрии было казнено 250 тыс. человек. Для сравнения: за все годы «сталинских репрессий» на территории Молдавии (автономной и союзной республик) за антигосударственную деятельность было расстреляно порядка 5 тыс. человек.
19 июля 1941 года нарком Сазыкин был произведен в комиссары ГБ 3-го ранга и назначен начальником ОО НКВД Южного фронта. Цвигун Указом Президиума Верховного Совета СССР от 22 декабря 1942 года был награжден медалью «За оборону Одессы». После эвакуации в ноябре 1941 года он был направлен в Управление НКВД по Смоленской области, где западнее Вязьмы, по данным Алексея Исаева, «в окружение попали 37 дивизий, 9 танковых бригад, 31 артиллерийский полк РГК и управления 19-й, 20-й, 24-й и 32-й армий Западного и Резервного фронтов. Организационно эти войска подчинялись 22, 30, 19, 20, 24, 43, 31, 32-й и 49-й армий и оперативной группы Болдина. Под Брянском в окружении оказались 27 дивизий, 2 танковые бригады, 19 артиллерийских полков РГК и управления 50-й, 3-й и 13-й армий Брянского фронта. Всего было окружено семь управлений армий (из 15 всего на западном направлении), 64 дивизии (из 95), 11 танковых бригад (из 13) и 50 артиллерийских полков РГК (из 64). Эти соединения и части входили в состав 13 армий и одной оперативной группы. Попытки деблокирования окруженных хотя и были поначалу запланированы, в действительности не предпринимались ввиду нехватки сил. Поэтому все прорывы предпринимались лишь изнутри “котла”». Общие безвозвратные потери Западного и Резервного фронтов РККА, полевых строительств Западного управления ГУБОПР и других гражданских наркоматов составили более 1 миллиона человек. Со всей очевидностью обнажилась страшная реальность: дорога на Москву была открыта.