Так что масоны начали восприниматься как пособники враждебной Швеции, способные однажды попытаться привести Павла к власти, свергнув императрицу. Екатерина отдала масонам приказ (устный и негласный) прекратить работу. Елагин благоразумно отошел в сторону и сложил с себя полномочия, а прочие масоны занялись поиском выхода. И выход тут только один — выйти из-под власти шведов. Но сделать это не так-то просто!
Хотя и сами русские масоны уже не были довольны шведским владычеством. Для начала, им так никто и не потрудился передать обещанное тайное знание тамплиеров. Зато собирать деньги, отдавать приказы и назначать руководителей шведы не забывали.
К тому же шведы не только в легендах возводили свой устав к тамплиерам, но ставили своей целью буквально возродить Орден Тамплиеров, вернуть ему земли и замки, восстановить рыцарство в Европе. Но восстановление средневекового, католического, рыцарского Ордена не вызывало никакого интереса в России, с тамплиерами и крестоносцами не связанной.
Среди недовольных властью шведов над русским масонством оказался и Шварц, уверенный, шведы исказили всю историю, и настоящее масонство восходит к Древнему Египту, а египетские тайны достались тамплиерам, но были утеряны при казни рыцарей Ордена. Исторические, реальные, тамплиеры были массово арестованы в пятницу 13 октября 1307 года, по приказу короля Филиппа IV Красивого, обвинены в колдовстве и казнены. Но, по мнению Шварца, выжившие рыцари перебрались в Шотландию и положили начало масонству. И цель его вовсе не в том, чтобы восстановить Орден, а в том, чтобы найти утерянное тайное знание Древнего Египта.
16 июля 1782 года в Германии начался Вильгельмсбадский конвент — большое собрание масонов, созванных для решения накопившихся проблем и вопросов. Прежде всего, это вопрос о происхождении масонства, его истории и предполагаемой связи с тамплиерами, от чего зависело, будут ли масоны пытаться на деле восстанавливать Орден Тамплиеров. Предстояло обсудить и вопросы руководства уставами, распределить сферы влияния и уточнить, кто кому подчиняется. Длился конгресс больше месяца, и за это время Шварц, как делегат от России, добился принятия решений, которые должны были спасти русское масонство.
Итог работы конвента, среди прочих его решений — принятие нового Исправленного Шотландского Устава. Это повлекло за собой передел сфер влияния и установление новых масонских провинций, одной из которых стала Россия. Домой Шварц вернулся как глава нового устава в России. И именно из этой поездки он привез в Россию еще и розенкрейцерство, в виде Теоретического Градуса Соломоновых Наук и учения Ордена Золотого и Розового Креста.
И теперь русские масоны — это именно русские масоны, они больше не находятся под управлением Швеции, не отсылают туда деньги и не выполняют приказы шведского короля. Единственное, на что теперь способен король — это созвать масонов на новый конвент, призвав туда и российских масонов, в числе прочих. В остальном масоны вышли из подчинения Швеции, что должно было снять все политические претензии к ним.
В России воцаряется новый устав, его принимают многие ложи, а не присоединившиеся к нему сторонники Швеции, как и ложи Елагина, остаются в меньшинстве. Казалось, все пошло на лад. Но, как оказалось, лишь казалось.
Екатерина не одобряла масонов, даже если больше они не связаны со Швецией. В 1785 она приказала задержать Новикова, испытать его на верность церкви и проверить его знание православия. Пока он доказывал свою приверженность христианству, в его типографиях прошли обыски, сотни книг были изъяты и опечатаны.
Вместе с масонами в немилости императрицы оказались и розенкрейцеры (между ними и масонами почти не было видно разницы). Их обвиняют в том, что они не преданы государству и государыне, не ставят служение интересам России на первое место. И в том, что чтут Библию! Но именно саму Библию и веру в Иисуса, а не конкретно доктрины православной церкви, от которых позволяют себе отступать.
По приказу императрицы Московский Университет отказался продлить договор аренды помещений, в которых располагалась типография Новикова.
Типография уничтожается. За масона устанавливается слежка и негласный контроль, начинаются аресты и допросы. Елагинские ложи закрыты. Масонские собрания запрещены. Очень многие подробности истории российских масонов и розенкрейцеров в наши дни известны именно из протоколов допросов арестованных тогда масонов и розенкрейцеров.