Мункэ был последним из великих ханов, чьей столицей был степной город Каракорум. По окончании междоусобной борьбы он продолжил реформы, которые начал Гуюк. Мункэ укрепил власть внутри империи, в частности благодаря тому, что в период чистки удалил многих могущественных лидеров и заменил их преданными ему людьми. Захватнические войны, приостановленные на время борьбы за наследство, возобновились. Однако Мункэ отказался продолжить военную кампанию в Европе, поскольку ханство Бату после достижения им независимости больше не имело права на помощь со стороны войск империи. Вместо этого Мункэ разделил армию на две части и послал одну из них под предводительством своего брата Хулагу в Иран, а вторая атаковала китайскую империю Сун. Иран должен был стать частью земель, наследуемых родом Джучи, но Мункэ использовал свое положение великого хана, чтобы создать новое ханство для своей семьи. Эти новые кампании по захвату густонаселенных и цивилизованных земель оказали глубокое влияние на политическую структуру монгольского государства, поскольку подготовили переход власти от монголов-степняков к монголам, контролировавшим развитые центры сельскохозяйственного и промышленного производства. Именно потомки Мункэ стали основателями династии Юань в Китае и государства Ильханов в Иране, изменив баланс сил в империи.
После неудачного начала войны с Сун Мункэ принял на себя непосредственное руководство войсками в Китае. В походе его сопровождал младший брат Хубилай, а самый младший брат Мункэ, Ариг-Буга, остался управлять в Каракоруме. Во время военной кампании 1259 г. Мункэ умер. Ариг-Буга и Хубилай (оба) объявили себя великими ханами, не заручившись поддержкой должным образом созванного
Эта борьба и ее последствия весьма отличались от предыдущих степных междоусобиц, поскольку затрагивали вопросы, определявшие основное направление государственного развития. Ариг-Буга следовал политике, которую начал Чингис-хан и продолжили следующие великие ханы. В соответствии с этой политикой центр империи располагался в степи и в ее столице — Каракоруме. Оккупация сельскохозяйственных регионов и городов считалась полезной, даже необходимой для обеспечения нужд населения степи, но действительная власть принадлежала тому, кто управлял степными территориями Внутренней Азии. Хубилай, осуществлявший командование войсками в Китае, понимал, что центр власти должен переместиться из степи в захваченные сельскохозяйственные регионы. К моменту смерти Чингисхана эти регионы составляли лишь небольшую часть империи, но после завоевания Угедэем Цзинь, вторжения Хулагу в Иран и атаки Мункэ на империю Сун положение коренным образом изменилось. Основным условием сохранения могущества стал контроль над захваченными землями с оседлым населением. Борьба велась не между кочевой и оседлой державами, поскольку прародиной Ариг-Буги и Хубилая была степь, а между кочевниками, контролировавшими сельскохозяйственные регионы, и степными кочевниками. Действия Хубилая продемонстрировали, что Китай должен был стать будущим центром монгольской власти в Восточной Азии, а собственно Монголия — периферией. Таким образом, резко уменьшалось влияние кочевой знати, проживавшей на территории степи.
Война Хубилая против Ариг-Буги доказала, что баланс сил в Восточной Азии изменился. Хубилай разбил Ариг-Бугу и отрезал Каракорум от источников снабжения. «Еду и питье в Каракорум обычно доставляли повозками из Китая. Хубилай-хан запретил такое сообщение, и в этой области разразился великий мор и голод»[282]. Монгольская столица для своего существования нуждалась в поставках извне. Этот город, хотя и являлся административным центром империи, располагался в местности, в которой ничего не производили. Хубилай показал, что тот, кто контролирует источники снабжения, контролирует и Каракорум. Ариг-Буга был вынужден перейти к поискам новой ресурсной базы. Первоначально он двинулся на северо-запад, в район Енисея, который отличался несколько большей, чем монгольская степь, производительностью, но все-таки был слишком скудным, чтобы удовлетворить требования Ариг-Буги.