Даже сторонникам степной партии для обеспечения своих нужд были необходимы районы с оседлым населением, занимающимся сельским хозяйством и промышленным производством. План Ариг-Буги провалился, когда, захватив чагатайские земли, Алгу отказал ему в предоставлении помощи. Вместо этого он убил представителей Ариг-Буги и заключил союз с Хубилаем. Это была выгодная сделка, так как Хубилай оценил помощь Алгу и разделил с ним империю. Он оставил ему западные земли, сохранив за собой восточные, и писал в одном из писем к Алгу:
Земля от кипчакской степи до Европы по решению Мункэ уже была отделена и отдана Бату; таким образом, власть Хубилая на нее не распространялась. Берке, брат Бату, не принимал участия в конфликте и пытался выступать в качестве посредника между враждующими партиями.
Ариг-Буга был вскоре окружен и разгромлен. Он сдался Хубилаю и был помилован, однако его сподвижников казнили. Таким образом, империя, созданная Чингис-ханом, прекратила свое существование и распалась на четыре великих ханства: Золотую Орду в русской степи, государство Ильханов в Иране, Чагатайское ханство на территории от Амударьи до Алтая и государство династии Юань в Китае и Монголии.
Хубилай столкнулся с проявлениями недовольства со стороны вождей кочевников, особенно Хайду из рода Угедэя, однако эти конфликты уже не являлись междоусобными войнами, а были раздорами между иноземной династией в Китае и ее соседями в степи. Политика, проводимая Хубилай-ханом и его преемниками из династии Юань по отношению к Монголии, была похожа на политику других иноземных завоевателей Китая. Подобно им, монголы научились сочетать ресурсы Китая и свои знания о степи для того, чтобы контролировать племена, жившие вдоль китайской границы. Они были способны проводить эффективные военные кампании в степи, но исключительно с целью защиты своих владений в Китае. Наибольшее внимание Хубилай уделял Китаю и завоеванию Сун.
В период правления Хубилай-хана центр монгольской державы переместился в Китай, что имело важные последствия для степных кочевников. Переезд столицы из Каракорума в Пекин и выбор династийного имени символизировали приоритет Китая над степью. Некогда «маргинальные» сельскохозяйственные районы стали фундаментом, на который опирались все монгольские ханства. В то время как Чингис-хан олицетворял собой империю, основу которой составляли исключительно степные области, его внуки посчитали необходимым сочетать степную экономику с экономикой районов, в которых проживало оседлое население. Чагатайское ханство зависело от эксплуатации ресурсов Трансоксании, государство Ильханов — экономики Ирана, а Золотая Орда — от взимания дани со славян и русских городов. Улус потомков Угедэя не имел такой экономической базы и перестал существовать как независимое ханство.
Система управления династии Юань в Китае весьма отличалось от системы управления ее маньчжурских предшественников. Маньчжуры полагались на дуальную форму государственной организации с разделением административных структур племен и китайского населения. В такой дуальной организации гражданская администрация находилась в руках китайских чиновников, игравших важную роль в управлении. Они также служили противовесом племенной знати, которая доминировала в военных структурах и пограничных районах. Почти сразу после основания маньчжурские династии начинали использовать квалифицированных китайских чиновников и попадали в зависимость от них. Монголы, напротив, первоначально игнорировали китайскую бюрократию, а в качестве чиновников привлекали иноземцев из Западной и Средней Азии. Иноземцы, использовавшие собственные методы управления, языки и алфавиты, не нуждались в услугах просвещенных китайских чиновников и их культурном багаже. Они не были связаны нормами китайской административной практики, которые вынуждены были признавать предшествующие иноземные династии.
Вместо дуальной организации монголы для поддержания власти в Китае использовали единую систему управления с иерархическим разделением этнических групп. В этническую иерархию входили четыре категории: монголы,
монголы 1 000 000